第三次忍界大战，那时晓组织并没有减员，每一次出动都能震动整个忍界。偏偏又多一个更加诡异的影子，每一次出动虽然没多大动静，但总能带走一只尾兽！
经过几番争斗，尾兽除了九尾，都被晓和影子瓜分了。
鼬不得不改变计划，因为这时候再去关注佐助的事，谁都可以看出来他还在为佐助着想。因为晓组织已经变得更加团结，没有一个人死，还有飞段他们，因为莫塔骷的背叛，变得异常暴怒。
莫塔骷进入晓组织之后，还和他们相处过一阵，特别是飞段，把他视为同类，但莫塔骷显然骗了他们，他们必须让莫塔骷付出代价。
最惨的是佐助，忍界大战之后，大蛇丸没等他成长起来就打算吃了他，还好他机灵逃走了。
随后佐助孤身一人，本身又桀骜不驯，碰到的又都是高手，若不是他是男二，有光环罩着，每一次他都会死。
鸣人也处在风浪中心，虽然木叶加紧保护着他，但外界的威胁越来越大，他们所处的暴风眼也变得越来越小。
鸣人这次什么都没做，就是跟着自来也修行，一直修行。
因为这时候自来也已经意识到，这不是木叶和鸣人的灾难，整个世界都可能灭亡。而鸣人，只要还活着就还有希望。
鸣人，一定是那个天命之子。
至于木叶已经死了多少人，还剩下多少人，自来也全部不允许鸣人过问，鸣人能做的，就只有在妙木山，一直修行。
鸣人很快学会了仙人模式，随后开始学习驾驭九尾，但九尾太强了，他在仙人模式下，也只能强行使用九尾所有的查克拉，这还是九尾没有影响的情况下。
但随后鸣人不得不出去了，因为木叶，只剩下他和自来也两个人了。
末日，这是火影世界的末日，所有的人都成了秽土转生和影子操控的傀儡，他们只是战斗物品，没有任何过往和身份。他们全部都只是双方的战斗力而已。
如今活着的人，其实还有一些。不过他们有了新的身份。
木叶的一些人，在佐助的带领下，活了下来。这次的英雄是佐助。不过，他是活着的所有人，因为只有佐助一个人，佐助也很快会死。
当然莫玲雨还活着，只是她不认识影子。她被保护了起来，影子并没有去见她，她什么都不知道，只知道被人囚禁了。而且好吃好喝的，就是，有些绝望。
莫塔骷，你在做什么？
莫玲雨时常问，这世上，唯一会这么做的人，难道不就莫塔骷一个吗？他进入晓组织，不是只是暂时的栖身之所吗？不还会为鸣人着想吗？什么时候变成了这样？
可是没人能回答她，莫塔骷在另外一个世界。她以为他又回来了。
影子是为了复活，为了能和莫玲雨团聚，可他在莫玲雨心中已经改变了。
鸣人出现之后，目睹了一个孤寂的世界。一个人都没有，大地上一片空白。
自来也同样茫然，他们师徒俩，像是傻子一样，不知往哪儿走。
“好色仙人？”
鸣人艰难问道。
“你事先知道吗？”
“从未想过。”自来也说道。从未想过这个世界会变成这样。“不过，你还在，鸣人，我相信你。”他好像真的相信了一样。
鸣人无言以对，能把世界弄成这样，那会是怎样的力量，他还能改变吗？
随后，他们身边出现了两队人，人数都在数千人，很多都是他们熟悉的人。
他们从天地两边走过来，一边是秽土转生，一边是傀儡。
大蛇丸消失了。兜加入了晓。
伊鲁卡，小樱，卡卡西，阿斯玛，夕阳红，三代，二代，等等，如同行尸走肉一般向鸣人走来。
另一边，土影，我爱罗，奇拉比，也木然的走来。
人出现了，鸣人被人包围了，可是，世界真的死了。
鸣人一下子化身成九尾，失去了理智。
自来也很难受，教了他这么久，没想到他还是老样子容易冲昏头脑。
而他之所以还冷静，是因为他失去了属于自身的勇气，他现在很羡慕鸣人，鸣人还能运转那么多的查克拉，可他，现在一点查克拉也没办法使用了。
自来也随后被卡卡西一个雷切击中了心脏，看到卡卡西漠然的样子，自来也笑了笑。
接着，就是更大的混战。两方再次厮杀了起来。
而鸣人在变成九尾以后，就遇到了对手。
晓组织，佩恩。小南，阿飞，绝，鼬，角都，飞段，蝎，迪达拉，鬼鲛。
以及影子，巫宗。
“是鸣人！”雏田和宁次几乎同时说道。
来了吗？
佐助睁开眼睛，已经进化成万花瞳的他，终于具备了真正的强者的气质。
战斗洗礼了佐助，他变强了，不止是实力，还有心性。
在他身边还有鹿丸，丁次，小李，牙，志乃，井野。
小樱因为救佐助一命，被飞段杀死了，佐助也是在哪个时候，开启了万花瞳。
飞段后来也变强了，就算他体术不是很厉害，但狠起来以后，他的实力也突飞猛进，再加上不死体质，佐助也不是对手。
小樱！佐助一瞬间想到和鸣人，小樱一个组的事，那时候他那么孤僻！
逝去的东西，逝去以后才知道，那太珍贵了。
佐助眼中透着爱与恨，已经成了更诡异的能量。
等佐助出现以后，鸣人已经被打倒了。
雏田第一个跳到了鸣人身边，一把把他抱了回来。
“喂，还没死吧？”
九尾突然道。
鸣人只觉得眼皮有些沉，勉强睁开以后，就看到一个白眼的女孩。
他努力睁开眼睛，看清了雏田的样子，他呆呆的看着她。
“雏田！”
“鸣人。”雏田一下子扑在了鸣人怀里，鸣人顿时愣住了，他紧抱着雏田，心想，原来还有人活着。
“喂喂，当我们不存在吗？”井野说道。
雏田顿时害羞了，却发现鸣人抱的更近，脸都是红透了。
鸣人听到井野的声音，抬起头，才发现佐助，鹿丸，牙。
他顿时觉得，又活了过来。