决心既下，朱棣和姚广孝便分别开始了紧锣密鼓的准备工作。

朱棣所做的，无非是“拉拢军官，勾结部队，招募勇士”；姚广孝呢，就在燕王府后苑替他训练兵马，修建地穴，打造兵器。做这些事情是会发出声音的，解决的方法很简单，就是多养点鹅鸭，这些家禽叫起来声音之大，足够掩盖打造兵器的声音了。

然而，朱棣的拉拢并非对每个人都有效，燕王府护卫倪谅就是这样一个人。他把朱棣意图谋反的事给告了，朝廷下令把燕王府的官属统统抓了。

可是没等朝廷动手，朱棣就得到了都指挥使张信的情报，于是决定立即起兵，理由都是现成的：齐泰、黄子澄这两个家伙是奸臣，我要杀了他们，“清君侧，靖国难”。

朱棣找的这理由很正当，因为太祖成法中，有一条就是专门针对靖难的。《皇明祖训》规定，若是有权臣篡权，藩王有清君侧的权力：“朝无正臣，内有奸逆，必举兵诛讨，以清君侧。”

不过太祖成法中还有另一条规定，那就是藩王起兵必须首先得到皇帝召唤，且事成之后必须五日内离京，这个朱棣倒是当作没看见了。

此时此刻的他，只是需要一个借口。

公元1399年8月6日（建文元年七月初五），朱棣正式起兵。此后，朱棣在前线冲锋陷阵，姚广孝留守北平辅佐世子朱高炽。虽然姚广孝没有跟在朱棣身边，但朱棣依旧什么都听他的。

比如公元1400年攻济南，围着打了三个月都没拿下（朱棣还差点被山东参政铁铉设计用城门砸死），姚广孝就写信给朱棣说，将士疲惫了，再打下去不但没用，可能还要吃亏，还是回来吧，于是朱棣就班师回朝了。回去稍做休整，姚广孝又说，好了别歇着了，该继续进军了，朱棣便又继续进军，果然打了胜仗，击败了平燕将军盛庸，破了战略要地西水寨。鉴于之前三个月拿不下济南的教训，姚广孝又写信给朱棣说，不要去打济南城池，绕过它直取京师（南京），那地方兵力单薄，攻下来一定不成问题。朱棣听了他的，果然一路势如破竹，不久就渡江进入了京师。

公元1402年，朱棣夺了江山，登基称帝。