除了儒家意识形态的瓦解，魏晋南北朝分裂还有其他原因。汉代选拔官员的制度一般被称为“察举制”，察举与后世通过科举考察官员有所不同，本质上仍是一种推荐任官的制度，每一个郡根据人口数量的多寡，郡守有权推荐若干士人出任官职。以最常见的举孝廉而论，大约每20万人可以推荐1人。学者一般认为，汉代通过将独尊儒术与察举制结合，建立起了一套相当有效的制度。独尊儒术使得儒家经典成为士人想要做官就必须阅读的书籍，在潜移默化之间统一了士大夫的思想。察举制一方面促进了儒家思想的传播；另一方面则使全国各地的精英都有机会进入中央做官，参与政治，大大扩展了两汉的统治基础。但是其中也有一个明显的弊端，就是当时有条件系统学习儒家经典，并且通过察举制获得做官机会的人，大都是出自地方上的世家大族，而非一般的老百姓。因此察举的权力，名义上虽然操持在朝廷任命的郡守手中，但实际运作的过程中则有被地方大族把持的危险。

因此，如何监督地方官员便成了一个棘手的问题。汉代疆域辽阔，在古代的交通与通信条件下，要对千里之外的地方官加以有效的监督，谈何容易。一方面，汉代非常重视对郡守人选的选拔，汉宣帝曾经有过一句名言，“与朕共治天下者，其唯良二千石乎”。“两千石”就是郡守的品秩。郡守作为莅民之官，在汉代非常受重视，一旦有突出的政绩就很有可能入朝为九卿，被提拔为宰相的例子也不鲜见。这算是正面的绩效奖励。另一方面，则是利用刺史制度予以监督。汉代的郡有100多个，数量不少，事实上造成了中央监察的困难。自汉武帝开始便分天下为十三刺史部，派出刺史巡行各郡，以“六条问事”，就是以六个主要的条目来考察官员是不是行为不法。其中的核心就是检查郡守有没有和地方的豪强相勾结，鱼肉地方，祸害百姓，比如其中一条是“二千石违公下比，阿附豪强，通行货赂，割损政令”。这一制度运行有效的奥秘，就是用品级比较低的官员来监督品级比较高的官员。汉代的郡守是二千石，刺史虽然权力很大，负责监察郡守有没有不法的行为，但是本身的品秩只有六百石。地位相对比较低的刺史有着非常强的晋升动力，因此，往往会努力地扳倒地位比自己高的郡守，避免了常见的官官相护的弊端。

历来讲到汉代制度的优点，刺史监察是经常被举出来的例子，明末的思想家顾炎武曾经赞赏这一制度是“秩卑而命之尊，官小而权之重。此小大相制、内外相维之意也”，就是用品级比较低的官员来监察品级比较高的官员，形成了一种有效的激励机制。这可以说是刺史制度设计上独具匠心的一面。

刺史监察在初期确实称得上运行有效，满足了中央监督地方的需求，但是时间一久，弊端也渐渐暴露出来。尽管刺史名义上品秩比较低，但是权力很大，郡守们的奖惩、升迁，都操持在他们的手中，逐渐反客为主，地位凌驾于郡守之上。起初，刺史仅有监察的职能，也没有固定的驻地，要在各郡当中巡行，后来慢慢有了固定的治所，甚至侵夺了郡守的行政权力，当然这些刺史的权力并不是制度化的。到了黄巾起兵之后，天下大乱，宗室刘焉上奏“以为刺史威轻”，建议把刺史改成州牧，提高品级与地位，选择有威望的大臣出任。刘焉的上表其实包藏着自己的私心，他已看到天下即将大乱，不想继续留在洛阳，想找一个比较安定的地方来躲避战乱。改置州牧的建议被采纳之后，刘焉就自己请求出任益州牧，他和他的儿子刘璋两人割据益州二十多年，直到被刘备消灭。我们读《三国演义》时，荆州牧刘表、冀州牧袁绍、徐州牧陶谦这些熟悉的称谓便源于这次改革。

从刺史到州牧，表面上看起来只是一个名称的变化，但影响深远。汉代地方是郡、县两级制，全国有100多个郡，虽然有些不便于管理，但是每个郡的力量都很有限，即使郡守有意图谋不轨，也很容易被镇压。但把刺史改为州牧之后，等于在郡的上面又增设了州一级，变成了州、郡、县三级制，州直接管辖郡，一个州牧控制的土地和人口约占据了天下的1/10。因此一旦州牧个人有了野心，很容易形成尾大不掉的局面，变成割据一方的诸侯。

历史的变化证明了这一点，在汉末群雄割据、互相混战的局面中，州恰恰成为最重要的行政单元。地方行政体制从二级制到三级制的转变，使得中央与地方的实力对比发生了变化——地方坐大，中央衰落，这也是造成长期分裂局面重要的制度性因素。另外，随着监察的松弛，察举制逐渐被地方大族所控制，最晚到东汉后期，本地世家大族的子弟，享有优先被推荐的权利，已被视为惯例。州郡僚佐中比较重要的职位按例都被地方上的大姓所垄断，州郡的大吏往往带有世袭性。

在这一背景下，出现了一种汉代人非常看重的人伦关系，即府主与故吏的关系。这一关系的重要性，可以举一个例子来说明。大家都知道，在东汉末年群雄逐鹿的局面当中，袁绍一度实力最强，拥有四州的地盘。或许有读者已经注意到，袁绍坐大所掘得的第一桶金，竟然来得非常容易。冀州这块天下最富饶的土地，是韩馥主动让给他的，袁绍没有花费一兵一卒。当时如果从实力对比而言，韩馥控制的冀州，号称“带甲百万，谷支十年”，粮食和军队都非常充沛。而袁绍与董卓决裂之后，虽然号召关东的诸侯起兵讨伐董卓，但他自身实力有限，与韩馥之间的实力对比相当悬殊。尽管韩馥本人对是否要把冀州让给袁绍，也很犹豫，但最终仍下定了决心，其中最关键的因素——他是袁家的故吏，袁家对他有恩，如果此时不回报袁家，反而兵戎相见的话，会被天下人耻笑。

因为征辟是汉代士人进入官场的第一步，因此辟举者(就是推荐的人)和被征辟的人(被推荐的人)之间所形成的府主与故吏的关系成为汉代人最看重的人伦关系。顾名思义，“故吏”的意思是“以前的属下”，但是这种关系并不随着官员任期的结束而终结，反而是终身性的，即故吏一直有回报府主的义务。著名的史学家钱穆将府主故吏的关系与君臣关系并提，认为汉代有“二重君主制”，故吏同时忠于皇帝与府主，这一说法有不少学者支持。因此我们看到，袁绍本人尽管才能平庸，但他却能够成为汉末最强大的割据势力，最重要的资本就是他出身显赫。袁家“四世三公”，就是连续四代人都做到了“三公”的高位，在这一过程当中，袁家门生故吏遍布天下。在当时的道德观念中，这些曾经受过袁家恩惠的人，都有义务回报袁家的恩德，成为袁绍可以利用的力量。史书记载，袁绍的叔父袁隗被董卓杀死后，天下的人都对他们家遭受的灾难感到同情，人人都想回报他们家的恩惠。于是，州郡的人起兵，都是假借着为袁家报仇的名义，由此可见袁家的影响之大。

这种府主与故吏的密切联系，在中央权力强大的时候尚看不出有多大的问题。一旦中央权力衰落，府主有意割据一方，而他们辟举的故吏大都又出身于地方上的大族，两者结合，便成为割据势力形成的一个非常重要的因素。

除此之外，黄巾起兵之后，东汉为了镇压黄巾，允许地方自行募兵。我们看到曹操、孙坚、刘备这三个三国的奠基者，尽管出身各自不同，但有一个共同点，他们都是在镇压黄巾的过程中，招募军队，拥有了自己的武装势力。这一举措虽然对于镇压黄巾起到了良好的效果，但同时也打开了地方军事化的“潘多拉的魔盒”，各地有野心的人都可以借此名义招募军队，互相攻伐，中央任命的刺史、郡守，经常被这些地方实力派驱逐，甚至杀害。天下大乱的格局，遂一发而不可收。