康熙六年（1667年），在沙俄的挑唆下，索伦族鄂温克酋长根特木尔叛逃尼布楚、投靠了俄国。根特木尔作为迭斡尔酋长，世代居住于尼布楚一带。由于不堪忍受俄国的侵扰，根特木尔于1653年南迁至嫩江流域，正式接受清朝的统治。然而在沙俄的挑唆下，最终根特木尔选择了叛逃俄国，这成为中俄早期关系史中一个极为重要的事件。

根特木尔叛逃的消息很快传到京城，康熙听后大为震惊，他认识到，这一苗头如果不趁早除了，将会严重威胁清廷的威信和统治，后康熙几次同沙俄就“归还逃人、停止挑衅”这一问题展开交涉，但沙俄都采取置之不理的态度。康熙九年（1670年）春，康熙命宁古塔将军巴海遣使赴尼布楚投递由康熙写给尼布楚总管阿尔申斯基的正式咨文，在咨文中就俄方对黑龙江流域的入侵提出质问，并在文件中提出，要求归还叛逃分子根特木尔，并且提议“倘贵国有言词通知我国，可派遣使臣前来与朕面谈”来解决两国边境争端问题。

康熙九年四月，阿尔申斯基派出以米格万诺夫为首的十人团队来到京城。阿尔申斯基依据沙皇的指示，给米格万诺夫的训令里要求康熙向沙皇纳贡称臣与自由通商。训令里面说道：“彼等应向博格德汗（俄对大清皇帝的称呼）陈明：诸多国家之国君和国王已率其臣民归依我大君主……彼博格德汗亦求得我大君主……沙皇陛下恩泽归依我沙皇陛下最高统治之下……永世不渝，向我大君主纳贡……双方在境内自由通商。”

这个文件充分暴露了沙皇的侵略野心，米格万诺夫将其递交给清廷。由于当时朝廷没有通晓俄文的翻译员，康熙并不知道阿尔申斯基训令中的内容，但本着和平的良好愿望，清廷依然友好地接待了俄国使礼。

会谈开始后，由于俄方缺乏诚意，尽提一些无理要求，使得会谈不欢而散。但出于礼貌，清廷依然送给了使团很多礼物。

随后，康熙帝手书《致沙皇国书》后交由俄方，其中明确提到，如沙皇“愿求永远和好”，则必须答应两个条件：

第一，归还叛逃分子根特木尔；

第二，以后不许侵犯大清疆界。

当时，因阿尔申斯基等使者不懂满文，孟格德就将《致沙皇国书》全部翻译成蒙文，再由阿尔申斯基将蒙文翻译成俄文。之后，这份《致沙皇国书》及其译文被送到转沙皇手里。在此期间，阿尔申斯基当面向孟格德做出保证：

如果沙皇允许遣返根特木尔，自当马上将他送返；并表示他已经通知下去，让雅克萨头目不得恣意妄为。

实际上，阿尔申斯基的这一番所谓的保证毫无诚意，只是为了敷衍清廷，根本没有想过兑现，之后，康熙又派孟格德又多次奔赴尼布楚交涉这一问题。

到达尼布楚后，孟格德即向阿尔申斯基痛陈俄方士兵在中国边境恣意妄为、杀人抢掠的事实，要求阿尔申斯基对其立即加以制止，阿尔申斯基口头上做了允诺，但俄方并没有因此收敛自己的行为。此后，孟格德多次奉命前往尼布楚进行交涉，但沙俄政府均置若罔闻，不加理会。逃犯问题就这样因为俄方的拖延而被搁置下来了。

康熙十四年（1675年），俄方又派出尼古拉为首的百人代表团来到北京。康熙十五年（1676年），尼古拉一行抵达嫩江流域，康熙派理藩院尚书阿穆瑚琅前往索伦与俄使协商，康熙在阿穆瑚琅出发前特地强调要搞清楚尼古拉此次的真实目的，以及他们对于清廷提出的合理要求的态度是什么。

经过双方谈判，阿穆瑚琅认为，俄方“虽有修好之意，亦不可信”。于是，将尼古拉一行人暂时留在索伦，请朝廷指示。

朝廷大臣鉴于俄方声称因“无人通晓”大清皇帝所给敕书，为此前来咨询详情，进献珍宝，并向皇帝问安，因此允许他们进京。

康熙十五年，俄方尼古拉等人到达京城，向朝廷递交一份国书和一份照会，内容是以通商为中心，并列举十二款，如允许互市，通路开放不绝；每年将四万两左右白银以及丝绸等物品运往俄国等。而对于先前康熙所交涉的问题，则置之不理。

尽管如此，朝廷依旧接待俄方使者。康熙还两次接见俄使，召到御前一起赐茶赐酒，并命令理藩院审议俄方要求。之后，清廷对俄国使者严正宣布：

一、俄国必须归还逃犯根特木尔；

二、俄军队不准在边境滋事，不得骚扰中国百姓；

三、派遣使者来大清，要遵守大清礼法。

清廷的意思是，只要俄方能履行以上三条原则，双方可以和好，正常经商，否则不必遣使前来。

尼古拉在京期间，还与外国传教士串联，获取情报。由此可见，他们出使大清，并不是为了和平，而是别有所图。

尼古拉回国后，俄方不但没有收敛，反而趁着中国三藩之乱，派兵侵犯中国边境。从康熙十五年（1676年）起，沙俄的扩张步伐一直没有停过，到康熙二十一年（1682年），沙俄以雅克萨为中心，多次骚扰中国索伦、赫哲、费雅喀等少数民族聚集地，烧杀抢掠，甚至继续往内地进攻，与此同时，他们还在黑龙江的各条支流上，建立多个新据点，康熙十六年（1677年），沙俄在黑龙江支流上建立西林穆宾斯克和多伦斯克；康熙十九年（1680年），又在额尔古纳河建立额尔古纳堡，并劫持人质，让当地人民强行纳税，沙俄军队在边境问题上的肆无忌惮，对清朝北方边境安全构成了巨大的威胁。

面对沙俄咄咄逼人的姿态，康熙仍寄希望于可以和平解决，所以他依然多次派人前往警告、阻拦，要求俄军停止侵略行为，康熙十九年（1680年），康熙特派大理寺卿明爱前往卜魁（今齐齐哈尔），与雅克萨俄军当局及逆行交涉，并明确提出大清的要求：必须拆除据点，且撤出中国领土，不然中方会诉诸以武力解决。但即便如此，俄方依然觉得大清软弱可欺，不但对大清的要求置之不理，反而变本加厉，公然屠杀当地居民，扩大据点。一些居民开始奋起抗击，侵略军十余人死于百姓的还击，还有当地的费雅喀等族人民也积极武装起来，准备参加反侵略战斗。

康熙在同沙俄的交涉中认识到，靠和平协商已经解决不了问题了，得出的结论是：

“若辈非创以兵威，则罔知惩畏，将至蔓延，遂决意征剿。”

所以同沙俄和平沟通时，依据形势的变化，康熙也在准备武力反击沙俄。他曾对臣子说：“罗刹扰我黑龙江、松花江一带，三十余年，其所窃据，距我朝发祥之地甚近，不速加剪除，恐边徼之民，不获宁息。朕亲政之后，即留意于此。”

康熙将宁古塔将军治所移到乌拉，并修筑城防，就是为了“以备老羌（沙俄）”。在巡视东北等地时，康熙特别留意沙俄问题，经过自己以及大臣的实地考察后，对黑龙江的敌情已经了如指掌，并不断增加军事力量。

为此，康熙采取了一系列措施，加强边防建设，准备剿灭沙俄侵略军：侦察地形敌情，派兵割掉侵略军在雅克萨附近种植的庄稼，又令蒙古车臣汗断绝与俄人的贸易，以困惫和封锁侵略者；屯戍要地，康熙二十一年（1682年）十二月，决定调乌喇（今吉林市北）、宁古塔兵1500人往黑龙江城一带，驻扎瑷珲、呼玛尔（今呼玛南）。后鉴于两处距雅克萨路途遥远，令呼玛尔兵改驻额苏里（今俄斯沃特德内西南）。次年七月，宁古塔副都统萨布素率军进驻额苏里。九月，确定在瑷珲筑城永戍，预备炮具、船舰。同时派乌喇、宁古塔兵五六百人、达呼尔（今黑龙江嫩江县境）兵四五百人，调往瑷珲一带；修整战具，设置驿站，运储军需。这些措施，适合当时东北边防斗争的需要和特点，因为黑龙江至外兴安岭地区距东北腹地遥隔数千里，同沙俄这样的入侵者斗争，单靠当地人民的部落武装是无法制止其侵略的，必须筹划全边，扼要屯兵戍卫，在适当地点控制一定兵力作机动，才能对付沙俄飘忽不定的反复侵扰。为此，需要建立相当数量的驿站和粮站，开辟水陆交通线和筹集运输工具，从而保障反击作战的胜利，并在反击胜利后建立一条较完整的边界防守线，才有利于长期的边防斗争。