宋学家为后人所尊者，莫如朱子。朱子于学，最宗濂溪及二程；然于其余诸家，亦皆加以研究评论。至其哲学思想，则未有出于周、张、二程之外者；不过研究更为入细，发挥更为透辟耳。故朱子非宋学之创造家，而宋学之集成者也。（陆子一派，仅修养之法，与朱子不同。哲学思想，亦不能出周、张、二程之外。）
人类之思想，可分为神学、玄学、科学三时期。神学时期，恒设想宇宙亦为一人所创造。遂有天主造物、黄土抟人等说。此不足论。玄学时期，则举认识之物分析之，或以为一种原质所成，或以为多种原质所成。所谓一元论、多元论是也。二者相较，又以一元论为较圆满。玄学之说明宇宙，至此而止，不能更有所进也。
宋学家以气为万物之原质，与古人同。而又名气之所以然者为理。此为当时之时代思想，朱子自亦不能外此。
有其然必有其所以然，乃人类思想如此，非事实也。就实际言，然与所以然，原系一事。故理气为二之说，实不如理气为一之说之的。然谓气之外，真有一使气如此之理则非，若明知理气是一，特因人类思想，有其然，必推求其所以然，因为假立一名，以资推论，则亦无所不可。朱子之论理气，即系如此。其所见，诚有不如后人莹澈之处。然世之讥之者，或竟疑朱子谓气之外别有所谓理之一物焉，则亦失朱子之意已。
《语类》云：“理气本无先后之可言。必欲推其所从来，则须说先有是理。然理又非别为一物，即存乎是气之中。”又云：“天地之间，只有动静两端，循环不已，更无余事。此之谓易。而其动其静，则必有所以动静之理。是则所谓太极者也。”（伊川论《复》卦云：“一阳复于下，乃天地生物之心也。先儒皆以静为见天地之心，盖不知动之端，乃天地之心也。”朱子又论之曰：“天地以生物为心者也。虽气有阖辟，物有盈虚，而天地之心，则亘古亘今，未始有毫厘之间断也。故阳极于外，而复生于内，圣人以为于此可以见天地之心焉。盖其复者气也；其所以复者，则有自来矣。向非天地之心，生生不息，则阳之极也，一绝而不复续矣，尚何以复生于内，而为阖辟之无穷乎？此则动之端，乃一阳之所以动，非指夫一阳之已动者而言之也。”）答刘叔文云：“所谓理与气，决是二物。但在物上看，则二物浑沦，不可分开，各在一处。然不害二物之各为一物也。若在理上看，则虽未有物，而已有物之理。”此皆谓理气之别，出于人之拟议，而非真有此二物也。（《语类》云：“太极，理也。动静，气也。气行则理亦行。二者常相依，而未尝相离也。当初元无一物，只有此理。有此理，便会动而生阳，静而生阴；静极复动，动极复静”云云。极似以理为实有其物者。此等处，最易招后人之訾议。然统观全体，则朱子未尝以理为实有一物，在气之外，固彰彰也。《语类》又云：“太极非是别为一物。即阴阳而在阴阳，即五行而在五行，即万物而在万物，只是一个理而已。”其说固甚明显已。）
《语类》：“问天地之气，当其昏明驳杂时，理亦随而昏明驳杂否？曰：理却只恁地，只是气如此。又问：若气如此，理不如此，则是理与气相离矣。曰：气虽是理之所生，然既生出，则理管他不得。如这理寓于气了，日用运用间，都由这个气。只是气强理弱。”朱子之意，盖亦如横渠，谓气之清虚者无碍，无碍则神；重浊者有形，有形则不免有碍也。如人，禀天地之气以生，元依据这个理。然形质既成，则其所受之理，即不免随其形质之偏，而有昏明之异。至此，则理亦不能超乎形气，而自全其善矣。所谓“管他不得”也。然此固非理之罪，所谓“理却只恁地”也。
又：“可机问：大钧播物，还是一去便休？还有去而复来之理？曰：一去便休耳，岂有散而复聚之气。”此说与伊川“天地之化，自然生生不穷，更何资于既毙之形，已反之气”同。殊与质力不灭之理相背，不免陷于断绝之讥。
朱子之论阴阳，亦以为同体而异用，与横渠同。《语类》曰：“阴阳只是一气。阳之退，便是阴之生。不是阳退了，又别有个阴生。”答杨元范曰：“阴阳只是一气。阴气流行即为阳，阳气凝聚即为阴。非直有二物相对”是也。
阴阳亦人之观念，而非实有其物，故逐细分析，可以至于无穷。（人非分别不能认识。凡人所认识，皆有彼此之分，即可以阴阳名之。）此理朱子亦见及。《语类》：“统言阴阳只是两端，而阴中自分阴阳，阳中亦有阴阳。乾道成男，坤道成女。男虽属阳，而不可谓其无阴；女虽属阴，而不可谓其无阳。人身气属阳，而气有阴阳；血属阴，而血有阴阳”云云。此说殊有裨于实用。知此，则知大小善恶等，一切皆比较之词，而非有一定之性质。以临事，不滞固矣。（如人之相处，凌人为恶，见凌于人为善，此通常之论也。然世实无凌人之人，亦无见凌于人之人，视所值而异耳。甲强于乙，则凌乙，而乙不敢凌甲。则甲为凌人之人，而乙为见凌于人之人。然丙弱于乙，乙又将凌之；丁更强于甲，亦不免凌甲；则甲又为见凌于人之人，乙又为凌人之人矣。知此，则知世无真可信之人，亦无真可托之国。同理，亦无真不可信之人，真不可托之国。吾国当日俄战前，群思倚日以排俄；德日战后，又欲结美以攘日；近日高唱打倒帝国主义，则又不分先后缓急，欲举外人一切排之；皆不知此等理误之也。故哲学思想真普及，则群众程度必增高。）
凡言学问，必承认因果。因果者，现象界中，自然且必然之规律也。此规律，以时间言，则不差秒忽；以空间言，则不爽毫厘；此为旧哲家所谓数。朱子之思想亦如此。《语类》云：“有是理，便有是气；有是气，便有是数。”又云：“数者，气之节候”是也。
理学家之所谓理，非普通人之所谓理也。普通人之所谓理，乃就彼所知之事，籀绎得之，约略言之而已。至理学家之所谓理，则必贯通万事而无碍，乃足以当之。盖就知识言，必于万事万物，无所不晓，而其所知乃真；以行为言，必其所知既真，而所行始可蕲其不缪也。此等思想，在今日科学既明，固已知其徒存虚愿。然在昔日，哲学家之愿望，固多如是。职是故，理学家之于物理，亦多有格致之功。以此虽非急务，固亦在其学问之范围内也。朱子之好学深思，实非寻常理学家所及。故于物理，探索尤勤，发明亦多。衡以科学，固多不足信。然自是当时哲学家一种见解，而于其学问宗旨，亦多有关系，固不可以不知也。今试略述其说如下：
朱子推想宇宙之生成，亦以阴阳五行之说为本。其言曰：“天地始初混沌未分时，想只有水火二者。水之滓脚便成地。今登高而望，群山皆为波浪之状，便是水泛如此。只不知因什么事凝了。初间极软，后方凝得硬。问：想得如潮水涌起沙相似。曰：然。水之极浊便成地。火之极清，便成风云雷电日星之属。”又曰：“大抵天地生物，先其轻清，以及重浊。天一生水，地二生火，二物在五行中最轻清。金木重于水火，土又重于金木。”又论水火木金土之次曰：“窃谓气之初，温而已。温则蒸溽，蒸溽则条达，条达则坚凝，坚凝则有形质。五者虽一有俱有，然推其先后之序，理或如此。”又曰：“天地初开，只是阴阳之气。这一个气运行，磨来磨去。磨得急了，便拶许多渣滓。里面无处出，便结成个地在中央。气之清者，便为天，为日月，为星辰，只在外常周环运转。地便在中央不动，不是在下。”又曰：“造化之运如磨。上面常转而不止。万物之生，似磨中撒出。有粗有细，自是不齐。”又曰：“昼夜运而无息，便是阴阳之两端。其四边散出纷扰者，便是游气，生人物之万殊。如磨面相似。其四边只管层层散出。天地之气，运转无已，只管层层生出人物。其中有粗有细，如人物有偏有正。”朱子设想宇宙之生成如此。
又推想宇宙之毁坏。其见地，亦与旧说所谓浑沌者同。《语类》：“问天地会坏否？曰：不会坏。只是相将人无道极了，便一齐打合，混沌一番，人物都尽。此所谓不坏者，即是坏。但不断绝了。”“或问：天地坏也不坏？曰：既有形气，如何不坏？但一个坏了，便有一个生得来。凡有形有气，无不坏者。坏已复生，不知其极。天地亦不能不坏，坏已不能不生。气之作用如此。”又曰：“万物浑沦未判，阴阳之气，混合幽暗。及其既分，中间放得开阔光朗，而两仪始立。邵康节以十二万九千六百年为一元，则是十二万九千六百年之前，又是一个大开辟，更以上亦复如此。真是动静无端，阴阳无始。小者大之影，只昼夜便可见。五峰所谓一气大息，震**无垠。海宇变动，山川勃湮。人物消尽，旧迹大灭。是谓洪荒之世。尝见高山有螺蚌壳，或生石中。此石即旧日之土，螺蚌即水中之物。下者却变而为高，柔者却变而为刚。”云：“有形有气，无不坏者。天地亦不能不坏，坏已不能不生。”可见其深信物理规则。又谓“虽坏而不断绝”，“动静无端，阴阳无始”；则其说，虽置之认识论中，亦无病矣。
生物之始，朱子亦以意言之。《语类》：“问初生第一个人时如何？曰：以气化。二五之精，合而成形，释家谓之化生。如今物之化生者甚多，如虱然。”又曰：“生物之初，阴阳之精，自凝结成两个，一牝一牡。后来却从种子渐渐生去，便是以形化。”
张子以鬼神为二气之良能，程子以鬼神为造化之迹，朱子则兼取其说。《语类》：“问：《近思录》既载鬼神者造化之迹，又载鬼神者二气之良能，似乎重了？曰：造化之迹，是日月星辰风雨之属。二气良能，是屈伸往来之理。”又曰：“且就这一身看，自会笑语，有许多聪明知识，这是如何得恁地？虚空之中，忽然有风有雨，忽然有雷有电，这是如何得恁地？这都是阴阳相感，都是鬼神。看得到这里，见得到一身只是个躯壳在这里，内外无非天地阴阳之气。如鱼之在水，外面水，便是肚里面水；鳜鱼肚里水，与鲤鱼肚里水一般。”又曰：“以二气言，则鬼者，阴之灵也；神者，阳之灵也。以一气言，则至而伸者为神，反而归者为鬼。日自午以前是神，午以后是鬼。月自初三以后是神，十六以后是鬼。草木方发生来是神，凋残衰落是鬼。人自少至壮是神，衰老是鬼。鼻息呼是神，吸是鬼。”如此，则宇宙之间，一切现象，无非鬼神矣。故曰：“以功用谓之鬼神，以妙用谓之神。”
如此，则所谓鬼神，初不足怪，亦不必以为无何则？不足怪，自不待以为无也。朱子论世俗所谓鬼神怪异者曰：“雨露风雷，日月昼夜，此鬼神之迹也。此是白日公平正直之鬼神。若所谓有啸于梁、触于胸，此则所谓不正邪暗，或有或无，或去或来，或聚或散者。又有所谓祷之而应、祈之而获，此亦所谓鬼神。同一理也。问：伊川言鬼神造化之迹，此岂亦造化之迹乎？曰：皆是也。若论正理：则似树上忽生出花叶，此便是造化之迹；又如空中忽然有雷霆风雨，皆是也。但人所常见，故不之怪。忽闻鬼啸鬼火之属，则便以为怪。不知此亦造化之迹，但不是正理，亦非理之所无也。”又曰：“如起风、做雨，打雷、闪电，花生、花结，非有神而何？自不察耳。才说见鬼神事，便以为怪。世间自有个道理如此，不可谓无，特非造化之正耳。此为得阴阳不正之气，不须惊惑。所以夫子不语怪，以其明有此事，特不语耳。南轩说无便不是。”此等说，今日观之，未为得当。然在当日，无实验科学可据；而自古相传之说，其势方盛，势难遽断为无。故虽有哲学思想者，于神怪之说，亦多认其有，而以物理释之。（如王仲任即其人也。）其说虽未得当。然其务以平易可据之理，解释奇怪不可思议之事，则固学者所有事，而与恒人不同者也。
理学家之论鬼神如此。其说，与世俗“人死为鬼，一切如人，特有形无质”之见，最不相容。自理学家之论推之，可决世俗所谓鬼神者为无有。然古代书籍，固多以鬼为有。宋儒最尊古者也，其敢毅然决此藩篱乎？曰：朱子固能之矣。此说也，见于朱子答廖仲晦之书。廖氏《原书》曰：“德明平日鄙见，未免以我为主。盖天地人物，统体只是一性。生有此性，死岂遽亡之？夫水，有所激与所碍，则成沤。正如二机，阖辟不已，妙合而成人物。夫水固水也，沤亦不得不谓之水，特其形则沤，灭则还复是本水也。人物之生，虽一形具一性，及气散而灭，还复统体是一而已。岂复分别是人是物之性。所未者，正惟祭享一书，推之未行。若以为果飨耶？神不歆非类，大有界限，与统体还一之说不相似。若日飨与不飨，盖不必问，但报本之道，不得不然，而《诗》《书》却明言神嗜饮食、祖考来格之类，则又极似有飨之者。窃谓人虽死无知觉，知觉之原仍在。此以诚感，彼以类应。若谓尽无知觉之源，只是一片太虚寂，则断灭无复实然之理，亦恐未安。君子曰终，小人曰死，则智愚于此，亦各不同。故人不同于鸟兽草木，愚不同于圣。虽以为公共道理，然人须全而归之，然后足以安吾之死。不然，则人何用求至圣贤？何用与天地相似？倒行逆施，均于一死，而不害其为人，是真与鸟兽禽鱼俱坏，懵不知其所存也。”廖氏之说，即以所谓鬼者，自理论推之，不能有；然古书明言其有，不敢决其为无；因而曲生一解，以为人死，仍有其知觉之源，凝然具在，不与大化为一。虽与世俗之见异，实仍未脱乎世俗之见之臼窠也。朱子答之曰：“贤者之见，所以不能无失者，正坐以我为主，以觉为性尔。夫性者，理而已矣。乾坤变化，万物受命，虽禀之在我，然其理，则非有我之所得私也。所以反身而诚，盖谓尽其所得乎己之理，则知天下万物之理，初不外此。非谓尽得我之知觉，则众人之知觉，皆是此物也。性只是理，不可以聚散言。其聚而生、散而死者，气而已矣。所谓精神魂魄，有知有觉者，皆气之所为也。故聚则有，散则无。若理，则初不为聚散而有无也。但有是理则有是气；苟气聚乎此，则其理亦命乎此耳。不得以水沤比也。鬼神便是精神魂魄。程子所谓天地之功用、造化之迹，张子所谓二气之良能，皆非性之谓也。故祭祀之礼，以类而感，以类而应。若性则又岂有类之可言邪？然气之已散者，既化而无有矣；其根于理而日生者，则固浩然而无穷也。上蔡谓我之精神即祖考之精神，盖谓此也。岂曰一受其成形，则此性遂为吾有，虽死而犹不灭，截然自为一物，藏乎寂然一体之中，以俟夫子孙之求，而时出以飨之邪？必如此说，则其界限之广狭，安顿之处所，必有可指言者。且自开辟以来，积至于今，其重并积叠，计已无地之可容矣。是又安有此理邪？且乾坤造化，如大洪炉，人物生生，无少休息，是乃所谓实然之理，不忧其断灭也。今乃以一片太虚寂目之，而反认人物已死之知觉，谓之实然之理，岂不误哉？又圣贤所谓归全安死者，亦曰：无失其所受乎天之理，则可以无愧而死耳。非以为实有一物，可奉持而归之，然后吾之不断不灭者，得以晏然安处乎冥汉之中也。夭寿不贰，修身以俟之，是乃无所为而然者。与异端为生死事大，无常迅速，然后学者，正不可同日而语。今乃混而言之，以彼之见，为此之说，所以为说愈多而愈不合也。”此论将世俗所谓有鬼之见，摧破殆尽。其曰理无断灭，气之根于理而日生者，浩然而无穷，可见宇宙虽不断灭，而人之自私其身，而不欲其亡，因之强执死后仍有一无体质而有精神之我，纯是虚说。如此，则既无天堂可歆，亦无地狱可怖；而犹力求不愧不作，全受全归，可谓无所为而为之。其情感，或不如信教者之热；其动机，则较之信教者高尚多矣。然宋学所以仅能为哲学，而不能兼神教之用者亦以此。（古书所谓有鬼者，自系世俗迷信之谈。以理学家之理释之，无论如何，无有是处。朱子《答吴伯丰书》曰：“吾之此身，即祖考之遗体。祖考之所以为祖考者，盖具于我而未尝亡也。是其魂升魄降，虽已化而无有；然理之根于彼者，既无止息；气之具于我者，复无间断。吾能致精竭诚以求之，此气既纯一而无所杂，则此理自昭著而不可掩。此其苗脉之较然可睹者也。上蔡云：三日斋，七日戒，求诸阴阳上下，只是要集自家之精神。盖我之精神，即祖考之精神；在我者既集，即是祖考之来格也。”此说虽勉强调和，然几于即以生人之精神，为鬼神矣。）
然朱子之说虽妙，而谓气聚则有，散则无；又谓气之已散者化而无有，根于理而日生者，浩然无穷；则殊与质力不灭之理相背；而与其大钧播物、一去便休之说同病。实信伊川大过致之也。《语类》：“横渠说：形溃反原。以为人生得此个物事。既死，此个物事，却复归大原去，又从里面抽出来生人。如一块黄泥，既把来做弹子了；却依前归一块里面去，又做个弹子出来。伊川便说是不必以既屈之气，为方伸之气。若以圣人精气为物、游魂为变之语观之，则伊川之说为是。盖人死则气散。其生也，又从大原里面发出来。”此二说者，比而观之，不必科学，亦不必森严之论理，即以常识推断，亦觉张子之说为是，小程之说为非。以张子能泯有无之见，而小程不然也。而朱子顾以程子之说为是，何哉？盖由先存一辟佛之见，故有此蔽。《语类》又曰：“释氏谓人死为鬼，鬼复为人。如此，则天地间只是许多人来来去去，更不由造化。生生都废。却无此理也。”此朱子所以不信横渠之说也。殊不知所谓生生，只是变化，并非自无出有。轮回之说，实较伊川之言，为合于论理也。
朱子既有此蔽，故于有无聚散，分别不甚清楚。其论鬼神皆然。《语类》：“问人死时，这知觉便散否？曰：不是散，是尽了。气尽则知觉亦尽。”又曰：“神祗之气，常屈伸而不已。人鬼之气，则消散而无余矣。其消散，亦有久速之异。人有不伏其死者，所以既死而此气不散，为妖为怪。如人之凶死，及僧道既死，多不散者。圣贤则安于死，岂有不散而为神怪者乎？”又曰：“死而气散，泯然无迹者，是其常道理恁地。有托生者，是偶然聚得气不散，又怎生去凑着那生气，便再生。然非其常也。”又曰：“气久必散。人说神仙，一代说一项。汉世说甚安期生。至唐以来，则不见说了。又说钟离权、吕洞宾。而今又不见说了。看得来，他也养得分外寿考，然终久亦散了。”又曰：“为妖孽者，多是不得其死，其气未散。若是尪赢病死的人，这气消耗尽了方死，岂复更郁结成妖孽？然不得其死者，久之亦散。如今打面做糊，中间自有成小块核不散的，久之，渐渐也自会散。”面糊中小块核，可云散而不可云无，朱子未之思也。（朱子之意，盖以尚有形迹者为散，毫无形迹，即寻常人所谓空者为无。然此说殊误也。）
朱子论人，则以为魄属鬼，气属神。其说曰：“人之语言动作是气，属神；精血是魄，属鬼。发用处皆属阳，是神；气定处皆属阴，是魄。知识处是神，记事处是魄。人初生时，气多魄少。后来魄渐盛。到老魄又少。所以耳聋目昏，精力不强，记事不足。”此据阴阳立说也。又据五行，谓水是魄，火是魂。以《左氏》有“人生始化曰魄，既生魄，阳曰魂”之语也。因谓人有魄而后有魂，故“魄为主为干”。（案此与邵子“阳有去而阴常居”之说合。）又谓人“精神知觉，皆有魄后方有”。引周子“形既生矣，神发知矣”之说为证。（周子之意，似不谓形神有先后。）又有取于释氏地水火灾之说，谓火风是魂，地水是魄。人之暖气是火，运动是风，皮肉属地，涕唾属水。魂能思量记度，运用作为，魄则不能。故人之死也，风火先散，则不能为祟。皆据旧说推度而已矣。
朱子论性，亦宗程子“论性不论气不备，论气不论性不明”之说。其所以谓论性不论气不备者，盖以确见人及禽兽，其不善，确有由于形体而无可如何者也。《语类》曰：“论万物之一源，则理同而气异。睹万物之异体，则气犹相近，而理绝不同。（谓万物己禀之而为性之理也。）气相近，如知寒暖，识饥饱，好生恶死，趋利避害，人与物都一般。理不同，如蜂蚁之君臣，只是他义上有一点子明；虎狼之父子，只是他仁上有一点子明；其他更推不去。大凡物事禀得一边重，便占了其他的。如慈爱的人少断制，断制之人多残忍。盖仁多便遮了那义，义多便遮了那仁。”（案此即无恶、只有过不及之说。）又曰：“惟其所受之气，只有许多，故其理亦只有许多。如犬马，他这形气如此，故只会得如此事。”此犹今之主心理根于生理者，谓精神现象，皆形体之作用也。惟其然也，故朱子谓人确有生而不善者，欲改之极难。《语类》曰：“今有一样人，虽无事在这里坐，他心里也只思量要做不好事。如蛇虺相似，只欲咬人。他有什么发得善？”又曰：“如日月之光，在露地则尽见之。若在蔀屋之下，有所蔽塞，则有见有不见。在人则蔽塞有可通之理。至于禽兽，则被形体所拘，生得蔽隔之甚，无可通处。”朱子之见解如此，故曰：“人之为学，却是要变化气质，然极难变化”也。此等处，朱子以为皆从气质上来。盖朱子以全不着形迹者为理，而谓性即理，则性自无可指为不善。《语类》曰：“气之精英者为神。金木水火土非神，所以为金木水火土者是神。在人则为理，所以为仁义礼智信者是也。”又曰：“人生而静以上，即是人物未生时。人物未生时，只可谓之理，说性未得，此所谓在天为命也。才谓之性，便是人生以后，此理已堕在形气之中，不全是性之本体矣。”夫如是，则所谓性者，全与实际相离，只是一可以为善之物，又安得谓之不善。故朱子将一切不善，悉归之于气也。气何以有不善？朱子则本其宇宙观而为言曰：“人所禀之气，虽皆是天地之正气，然滚来滚去，便有昏明厚薄之异。”又曰：“天地之运，万端而无穷。日月清明，气候和正之时，人禀此气，则为清明浑厚之气，须做个好人。若是日月昏暗，寒暑反常，皆是天地之戾气。人若禀此气，则为不好的人。”此朱子谓气不尽善之由也。“性无气质，却无安顿处。”自朱子观之，既落形气之中，无纯粹至善者。（“或问：气清的人，自无物欲。曰：也如此说不得。口之欲味，耳之欲声，人人皆然。虽是禀得气清，才不检束，便流于欲去。”）若不兼论形气，则将误以人所禀之性为纯善，而昧于其实在情形矣。此所谓论性不论气不备也。
其谓论气不论性不明者，则以天下虽极恶之人，不能谓其纯恶而无善。抑且所谓恶者本非恶，特善之发而不得其当者耳。朱子论“恶亦不可不谓之性”，曰：“他源头处都是善，因气偏，这性便偏了。然此处亦是性。如人浑身都是恻隐而无羞恶，都羞恶而无恻隐，这个便是恶德。这个唤作性邪？不是？如墨子之性，本是恻隐。孟子推其弊，到得无父处。这个便是恶亦不可不谓之性也。”然则论气不论性，不但不知恶人之善处，并其恶性质，亦无由而明矣。夫犹是善性也，所以或发而得其当，或发而不得其当者，形质实为之累，此所谓论性不论气不备。然虽发不得当，而犹是可以发其当之物，则可见性无二性，理无二理。故《语类》譬诸隙中之日，谓“隙之大小长短不同，然其所受，却只是此日”；又谓“蔽锢少者，发出来天理胜；蔽锢多者，发出来私欲胜；便见本源之理，无有不善”也。此而不知其同出一源，则于性之由来，有所误会矣。此所谓论气不论性不明也。