会稽郡内史谢琰是谢安的次子，谢安一共两个儿子，长子谢瑶早逝，因此他很看重这个二儿子。会稽郡内史的位置是个肥差，能坐上这个位置，并不是因为谢琰才能出众，而是因为他的出身门第。大敌当前，谢琰既不会动员人民，又不懂整饬军队，他手下有将领就劝他道：“贼寇就在不远的海边，他们不断加强对我们的监视，我们应该采取怀柔政策，让他们弃恶从善。”谢琰满脸不屑，说道：“苻坚当年有百万之众，还不是惨败淮南？孙恩只是个小毛贼而已，当初败逃海岛，怎么还可能再杀回来呢？即便他真过来了，老天爷也会要他的命。”

不久，孙恩带兵攻破上虞，进军到了邢浦。谢琰派遣参军刘宣之迎战，把孙恩打得大败。谢琰哈哈大笑道：“我所言非虚，毛贼不堪一击！”可是几天之后，孙恩又来攻打邢浦，这次谢琰军失利，孙恩乘胜前进。

隆安四年（400）五月三十日，孙恩率军抵达会稽郡，谢琰正准备吃饭，听闻消息，他放下碗筷，说道：“等我顷刻间消灭了这贼人，然后再来吃饭。”他跨上战马出城应战，但被打得惨败。这时候帐下都督张猛又临阵倒戈，用刀砍伤了谢琰的战马，谢琰跌落马下被杀死了，他的两个儿子谢肇和谢峻也同时遇害。谢琰终究也没能续写父亲谢安和堂兄谢玄的辉煌。

吴兴郡太守庾桓害怕城中百姓响应孙恩，命人杀死数千百姓。孙恩率军进攻临海郡，朝廷得到战报，十分震惊，派冠军将军桓不才、辅国将军孙无终、宁朔将军高雅之率军讨伐孙恩。

十一月，高雅之和孙恩在余姚遭遇，两军交战，高雅之不敌，属下被杀死十之七八。朝廷见状况不对，赶紧下诏，任命刘牢之为都督会稽等五郡诸军事，率军讨伐孙恩。老将一出果然不同，孙恩不敌，再度逃回舟山群岛。刘牢之到上虞驻扎，派刘裕率军守卫句章（今浙江宁波市江北区慈城镇），吴国（今江苏苏州市）内史袁山松修筑沪渎垒（竹栅），加强防护。

隆安五年（401）三月，孙恩又从海岛攻上大陆，向北逼近海盐，刘裕紧追不舍，在海盐原来的城池上构筑城池以作防守，但他的部队过少，时间一长还是会守不住。刘裕心生一计，他命人在夜间把军旗扯下，把精锐部队埋伏起来，唱起了空城计。第二天一早，城门大开，城楼上只看见数个老弱残兵，孙恩手下喊话，问刘裕他们哪里去了，楼上答话，说他昨天夜里已经偷偷溜走了。孙恩得到报告，命令部队即刻进城，他的手下都想抢占先机获取金银珠宝，于是都争先恐后往里冲，这时候，刘裕埋伏起来的部队杀出，孙恩大败。孙恩转向去进攻沪渎，刘裕又紧追而去。

海盐县令鲍陋派儿子鲍嗣之率一千多人去做刘裕的前锋，刘裕质疑这支部队的战斗力，令鲍嗣之殿后，鲍嗣之不愿。刘裕又布下疑兵之计，孙恩以为自己中了埋伏，赶紧撤退，这时候鲍嗣之追击，不敌孙恩军队，战死，孙恩又乘胜杀了回来，刘裕不敌，部队伤亡殆尽。刘裕一看退无可退，命令士兵不要慌乱，让他们蹲下去脱战死士兵的衣服。孙恩又被刘裕这招给弄晕了，愣了半天，犹豫着开始后撤，这时刘裕大呼一声，率军追击，孙恩败走，刘裕目的达到，率军返回。

孙恩攻陷沪渎，杀死了包括太守袁崧在内的四千多人。六月一日，他又率领十多万部队，乘坐一千多艘战舰，突然进攻丹徒（今江苏镇江市）。孙恩兵临建康北大门，晋廷震惊，司马元显下令戒严，文武大臣在省内昼夜办公，都不回家了，紧急商议对策。司马元显命冠军将军高素率军守卫石头城，辅国将军刘袭率军截断秦淮河注入长江的入口，丹阳尹司马恢之率军守卫长江南岸，冠军将军桓谦率军守卫白石，左卫将军王嘏守卫朝廷，又召豫州刺史谯王司马尚之进建康协同守卫。

刘牢之从山阴率军而来，准备截击孙恩，但孙恩抢先一步逃走，刘牢之扑了个空，只好急令靠北的刘裕从海盐驰援京师。当时刘裕部众不足一千人，他接到命令后星夜兼程，一刻也不敢休息，终于和孙恩的部队同时到达了丹徒。刘裕和众将士已经十分疲惫，但他们知道如果他们失败了，建康就将不保，于是又抖擞精神，投入战斗，喊杀声震天。孙恩部下的兵卒内心里已经充满了对刘裕的恐惧，两军一接触，孙恩军不敌溃散，掉入河中淹死的士兵不计其数。孙恩放弃了建康，从水路继续北上，攻击郁洲（今江苏连云港市东云台山一带），宁朔将军高雅之被擒，然后孙恩的部将又攻陷了广陵，杀死三千多人。

荆州刺史桓玄厉兵秣马，密切关注时局变化，他要求驰援京师，但司马元显对他很忌惮，见这时候孙恩也已经退走了，就命令桓玄原地待命。

朝廷下诏，任命刘裕为下邳太守，给他调派人马，让他率军讨伐占据郁洲的孙恩。刘裕连战连胜，孙恩又从水路南下，刘裕率军继续紧追。刘裕和孙恩在沪渎、海盐等地交战，孙恩军被俘虏、斩杀数万人，孙恩再度退回舟山群岛。

敢情孙恩生下来就是给刘裕练手用的，数战下来，刘裕屡战屡胜，孙恩屡战屡败，是孙恩成就了刘裕。

后孙恩又纠集部众，去攻击临海郡，被太守辛景击退，死伤无数。孙恩这下彻底绝望了，投海自尽。他的残余势力当时还有几千人，共同推举孙恩的妹夫、多才多艺的卢循为头领，据守海岛。