北魏在参合坡取得大胜，一代英才慕容垂又吐血身亡，魏帝拓跋珪大为兴奋，在参军事张恂的建议下，立志要夺取中原。

这年，并州的霜降比往年来得更早一些，庄稼大面积减产，后燕的并州牧慕容农又带来了几万部属，老百姓粮食供应不上，加之慕容农对其他胡人监视又比较严，并州的汉人、胡人对他都很不满。

太元二十一年（396）八月二十八日，拓跋珪派遣四十万铁骑南下，攻打并州，军队声势浩大，绵延两千余里，战鼓声震天。北魏军到达晋阳城下后，后燕守将慕容农出城应战，不敌，他的妻子儿女全被俘虏，他自己则只带了三个骑兵狼狈逃回中山。拓跋珪夺取并州后，从这里大量选拔知识分子充实到朝廷，又安抚百姓，鼓励他们耕田养殖。

这时候，后燕内部也发生了一些问题。慕容垂比较喜欢孙子慕容会，临去世的时候还叮嘱慕容宝立慕容会为太子，但慕容宝更喜欢儿子慕容策，就没管老爹的嘱咐，立了慕容策为太子，这引起了慕容会的严重不满，给日后埋下隐患。

得到北魏进攻的消息，慕容宝召集群臣议事，鉴于北魏军中绝大多数都是骑兵，虽然战斗力很强，但携带粮食不多，不能长时间在外作战，慕容宝下令坚守城池，坚壁清野，准备和北魏打持久战。

拓跋珪派遣冠军将军于栗磾（dī）、宁朔将军公孙兰率两万人修复韩信当年灭赵时使用的井陉口，大军穿过井陉口，直扑中山，又顺利夺取了常山郡，后燕的各郡县纷纷投降，只剩下中山、邺城、信都三座孤城。

十一月，拓跋珪命令东平公拓跋仪率五万骑兵进攻邺城，冠军将军王建、左军将军李栗进攻信都，他本人则亲自率军进攻中山。十一月二十日，拓跋珪下令攻城，后燕高阳王慕容隆死守南城，战斗从早晨进行到中午，北魏兵伤亡数千人，拓跋珪知难而退，留下一些部队继续围城，然后撤军南下。

拓跋珪进军鲁口（今河北饶阳县），后燕高阳太守崔宏准备逃往海岛，拓跋珪早就听说过崔宏的名气，命令士兵们务必把他捉来。北魏骑兵速度很快，崔宏被擒，拓跋珪任命他为黄门侍郎，让他和给事黄门侍郎一同处理政府事务。博陵县令屈遵也来投降，拓跋珪任命他为中书令。

后燕范阳王慕容德派南安王慕容青率军，趁夜袭击包围了在邺城的北魏军，北魏军不敌，撤走。

十二月，北魏辽西公贺赖卢率两万骑兵和拓跋仪会师，一起进攻邺城。

北魏旁支部落的酋长没根，骁勇善战，胆量又大，拓跋珪很忌惮他，没根没有安全感，就带领数十个心腹投降了后燕，慕容宝任命他为镇东大将军，封雁门公。没根请求趁夜袭击北魏大营，慕容宝心里没底，只拨付给他一百多名骑兵。没根带领这些骑兵乔装打扮，化装成魏兵，直入北魏大营，走到拓跋珪帐外的时候才被发觉。双方展开搏斗，拓跋珪从梦中惊醒，衣冠不整，狼狈逃走，没根俘虏了一些北魏兵后撤回。

慕容德派人去后秦，请他们发兵救援，后秦拒绝。

贺赖卢是拓跋珪的舅舅，自认为身份特殊，不肯接受拓跋仪的指挥，两个人产生了矛盾。这时候拓跋仪的司马丁建和慕容德又相互勾结，隆安元年（397）正月六日夜间，北魏军包围邺城的大营突然发生大火，部队逃散，慕容德趁机下令出城攻击，北魏军大败。

北魏进攻信都（今河北衡水市冀州区）的军队也进展不顺，伤亡惨重。正月二十二日，拓跋珪亲自率军进攻信都。二十四日夜，城内的后燕宜都王慕容凤跳墙逃往中山，天亮后，信都守军向拓跋珪投降。

面对生死存亡之战，慕容宝也豁出去了。他用宫中全部金银珠宝和宫女作为酬劳招募勇士，把他们组成敢死队，抵挡北魏军。

没根的侄儿丑提担任北魏并州监军，听说叔叔反了，干脆一不做二不休，趁着北魏首府盛乐空虚，出兵偷袭。拓跋珪得到消息回军救援，派国相拓跋涉延前往后燕求和，承诺把弟弟作为人质。慕容宝拒绝，他动员了全部的十二万步兵、三万七千骑兵在滹沱河（hū tuó hé，发源于今山西繁峙县泰戏山孤山村一带）北岸列阵阻截。

隆安元年（397）二月九日，北魏军到达滹沱河南岸。慕容宝派敢死队一万多人趁夜强行渡河，借风势对北魏大营发起火攻。拓跋珪在梦中被惊醒，来不及穿鞋，光着双脚逃了出去。后燕将军乞特真率一百多敢死队队员杀到拓跋珪大营，只发现了拓跋珪的衣服和鞋子。后燕新招募的勇士缺乏训练和磨合，这时候他们不知道为什么突然之间就互相砍杀起来，恰好拓跋珪又率军杀回，后燕军败退。

又打了几仗，后燕士气不振，屡战屡败，慕容宝害怕了，丢下大部队率两万骑兵率先逃走，大军彻底丧失斗志，跟着他逃跑了。这时候北方的天气正冷，逃跑路上，后燕士兵被冻死的不计其数。为了提高速度，慕容宝命令部队丢弃兵器，轻装逃跑，被丢弃的铠甲、武器多达几十万件。

北魏乘胜追击，投降的、被俘的后燕士兵不可胜数。拓跋珪在安抚这些人的时候，才发现这是多么困难——当年的参合坡之役给这些士兵留下了太多阴影。拓跋珪开始为自己的杀俘行为感到后悔，找了并州刺史拓跋素延作为替罪羊，免了他的职。

二月十一日夜，后燕尚书郎慕舆皓准备刺杀慕容宝，立赵王慕容麟，但计划失败，慕舆皓奋力砍开城门冲了出去，向北魏投降。慕容麟虽还留在城中，但也是惴惴不安。

当初听说中山被围，在龙城的清河王慕容会率领征南将军库官伟、建威将军馀崇来救援，但他们磨磨蹭蹭，直到三月才到达蓟城。

北魏军围困中山数日，后燕征北大将军慕容隆多次请求出战，但都被慕容宝拒绝了。

三月十三日晚，慕容麟控制了左卫将军慕容精，要他率禁卫军去刺杀慕容宝，但被拒绝，慕容麟杀死慕容精后逃走。

慕容宝和众位大臣都感觉中山已经保不住了，留得青山在不愁没柴烧，他们准备退守龙城。三月十四日夜，慕容宝和太子慕容策、辽西王慕容农、高阳王慕容隆、长乐王慕容盛等率领一万多骑兵，投奔慕容会的大营而去。开封公慕容详没逃，城中军民拥戴他为首领，继续关闭城门，顽强抵抗。拓跋珪命令军队连攻数日，竟然无法攻克。

三月十六日，慕容宝等人抵达蓟城，慕容会率领两万人出城迎接。慕容宝把慕容会的一部分兵力分出来，交给慕容农和慕容隆率领，然后派库官骥率三千士兵去支援中山。

四月六日，慕容宝率军抵达广都（今辽宁建昌县）境内，夜晚露天扎营。慕容会决定发动政变，他派心腹仇尼归、吴提染干率二十多人，分头去刺杀慕容农和慕容隆。这一次，慕容隆被杀死，慕容农身受重伤，在搏斗中抓住了仇尼归，逃进了深山。慕容会知道事情无法隐瞒，连夜求见慕容宝说：“慕容农和慕容隆密谋叛变，我已经把他们诛杀了。”慕容宝的应变能力很强，他也装模作样地说道：“杀得太好了，我也怀疑他们很久了。”

第二天清晨，一行人继续前行。慕容农从山里跑了回来，慕容宝假装生气，命令武士把他拿下。走了十多里路后，到了午饭时间，慕容宝召集大臣们在帐中一同用餐，并让大家讨论如何给慕容农量刑。慕容会也在座，慕容宝冲卫军将军慕舆腾使了个眼色，这都是提前说好了的，慕舆腾立即拔剑刺向慕容会，慕容会一个躲闪，剑只伤到了他的头部。他起身逃跑，然后率军来攻打慕容宝，慕容宝不敌，率数百骑兵狂奔二百里，到了龙城。

四月八日，慕容会派仇尼归率军攻打龙城，慕容宝把他击退。九日，慕容会亲自率军到达龙城，慕容宝上到城楼，父子两个人遥遥地互相指责。夜晚，侍御郎高云率一百多名敢死队队员冲入慕容会的军营，慕容会被杀得溃不成军，他带着十几名骑兵逃向中山，进城后被慕容详杀死。慕容宝也杀死了慕容会的母亲和他的三个儿子。

四月十日，劫后余生的慕容宝发布大赦，赦免了慕容会的同党，并论功行赏，晋升为将军、封为侯爵的有几百人。辽西王慕容农身负重伤，头骨被击碎，几乎能看见脑髓，仅仅是保住了性命，慕容宝亲手为他包扎伤口。慕容宝任命慕容农为左仆射，不久又升他为司空、领尚书令。

高云立下大功，慕容宝任命他为建威将军，封夕阳公，并把他收为养子。高云是高句丽皇族的旁支，当年慕容皝降服高句丽的时候，把一些皇族强制迁徙到了青山（今辽宁义县），高云的先祖就是那时候迁来的。高云不爱说话，平时沉默寡言，看起来比较木讷，没有人对他过分留意和看重，但有一个人却觉得高云了不起，是个人才，他就是中卫将军冯跋。冯跋诚心结交高云，两个人遂成为好朋友。冯跋的父亲叫冯和，冯和曾经是西燕的将军，西燕被后燕消灭后，冯和被安置在了龙城。

冯跋以后要发动兵变建立北燕，这是后话。