已入主长安的西燕皇帝慕容冲派尚书令高盖率五万兵马进攻后秦，双方在新平郡大战，高盖不敌，大败。他觉得没脸回去见慕容冲了，干脆投降了后秦。

慕容冲害怕慕容垂的强大，不敢回关东，而且他本人又非常喜欢长安城，就想把都城定在这里。他命人耕田养牛，修缮宫殿，一副准备长期居留这里的样子，但大多数鲜卑将士却并不愿意，他们希望回归故里，寻找亲人，渐渐对慕容冲心生不满。左将军韩延顺顺势起兵，杀死了慕容冲，拥立将军段随为王，不想仆射慕容恒和尚书慕容永随后又杀死了段随，立宜都王慕容桓的儿子慕容觊为帝，然后他们率领鲜卑部众共四十多万人离开长安，一路东下。

慕容恒的弟弟护军将军慕容韬把慕容觊骗到临晋（今陕西大荔县）后杀死了。慕容恒大怒，和慕容韬分道扬镳。后来慕容永（慕容廆弟弟慕容运的孙子）和武卫将军刁云率兵攻打慕容韬，慕容韬不敌，又去投奔慕容恒。

慕容恒立慕容冲之子慕容瑶为帝，但众人不服，纷纷离开去投奔慕容永。慕容永起兵发动政变，杀死了慕容瑶，立慕容泓（慕容暐的弟弟）之子慕容忠为帝。慕容忠任命慕容永为太尉、守尚书令，封河东公。慕容永用人公正，执法宽严相济，众人心服口服。

慕容永率队到达闻喜县后，听说慕容垂已经建立了燕国，便怕了，不敢再前进，下令在闻喜修筑燕熙城以供居住。

这时候刁云等又突然发动兵变，杀死了慕容忠，拥戴慕容永为使持节、都督中外诸军事、大将军、大单于、录尚书事、河东王，兼雍、秦、梁、凉四州牧。慕容永派人向后燕称臣。

慕容永派人求见在平阳的苻丕，想要借道东归，但苻丕不准，于是两军在襄陵大战，前秦军队大败，前秦左丞相王永、卫大将军俱石子全都战死。

苻丕兵败，害怕被拥有三千嫡系强兵的东海王苻纂谋害，便率领数千骑兵逃向了东垣，准备攻打洛阳。晋杨威将军冯该从陕县出兵截击，力斩苻丕，还抓获了太子苻宁、长乐王苻寿，并把他们押送回了建康。晋帝司马曜免去这些人的死罪，把他们交给了在江州的苻容（苻坚的太子，后投降东晋）收留。

苻纂和他的弟弟，任前秦尚书、永平侯的苻师奴率数万部众放弃晋阳，逃到了杏城（今陕西皇陵县），其他的前秦王公、百官都被慕容永擒获。

太元十一年（386）十月，慕容永率军进入长子（今山西长子县），宣布即皇帝位。慕容永准备封苻丕的皇后杨氏为“上夫人”，杨氏不甘受辱，用剑行刺慕容永，被慕容永当场杀死。

慕容垂最小的儿子慕容柔、孙子慕容盛和慕容会等人都在长子。慕容盛对慕容柔、慕容会说：“主上已在幽州、冀州中兴复国，但国家东西分裂，我们的身份很容易引起别人的猜忌，不管我们怎么做，都难以免祸，不如及早东归，免得成为他人砧板上的鱼肉。”于是他们瞅准机会，一起逃回了后燕。

一年之后，慕容永把在留长子的慕容儁和慕容垂的子孙斩尽杀绝。