晋明帝司马绍奖赏平定王敦叛乱的功臣，王导进位为太保，兼领司徒府，封始兴郡公，食邑三千户，赐绢九千匹，可以享受当年王敦的待遇——“剑履上殿，入朝不趋，赞拜不名”。这封赏太厚，王导坚辞不受。其他人，西阳王司马羕兼太尉，应詹为江州刺史，刘遐为徐州刺史，苏峻为历阳内史，庾亮为护军将军，温峤为前将军。

太宁三年（325）七月，司马绍任命尚书令郗鉴为车骑将军、兖州刺史，兼都督徐、兖、青三州诸军事，镇守广陵（今安徽淮安市）。八月，任命尚书左仆射荀松为光禄大夫、录尚书事，尚书邓攸为左仆射。

晋元帝司马睿当初为琅琊王时，他的王妃叫虞孟母，但虞王妃不幸于永嘉六年（312）早早去世，年三十五岁，没有留下子嗣。现右卫将军虞胤是虞孟母的弟弟，他跟任左卫将军的南顿王司马宗都深得明帝司马绍的信任，两人共同执掌禁军。虞胤和司马宗心怀叵测，暗地里招纳了许多勇士作为自己的心腹。

王导和庾亮对虞胤他们的所作所为非常担忧，经常向明帝司马绍坦率直言。但人和人的关系很微妙，当一个人对另一个人有好感的时候，他对这个人的缺点就会视而不见。司马绍认为是王导和庾亮在嫉妒他和虞胤、司马宗的关系亲近，根本没把王、庾二人的话当回事，反而对虞胤、司马宗更好了，甚至把宫门的钥匙都交给他们保管。

晋明帝司马绍今年才二十七岁，正是盛年，但他突然感觉身体不适，生病卧床了。有天夜里，庾亮因有表上奏，派人到司马宗那里要钥匙，司马宗非但不给，还训斥来人道：“这难道是你家门的钥匙吗？说要就要！”庾亮闻听大怒。

明帝司马绍病情加重，不想见人，大臣们谁也无法见到他。经过钥匙的事，庾亮开始怀疑这是司马宗、虞胤以及司马宗的哥哥司马羕在捣鬼，于是强行入宫，见到司马绍后痛哭流涕，说司马宗他们想要辅政，排斥朝中大臣。司马绍听了若有所思，沉默不语。庾亮进一步要求要罢免他们的官职，司马绍没有同意。

太宁三年（325）八月十九日，司马绍下发诏书：“昔日周武王攻克殷商，封比干之墓；汉高祖巡视古赵国之地，录用乐毅的后代。追思先贤，是为了激励后人。吴国将相名贤之后，有恪守家训、忠孝仁义的，州郡中正要及时上报朝廷，不得有遗漏。”

司马绍又安排太宰司马羕、司徒王导、尚书令卞壶、车骑将军郗鉴、护军将军庾亮、领军将军陆晔、丹阳尹温峤共同辅佐太子，轮流领兵值班。同时授予卞壶右将军衔，任命庾亮为中书令、陆晔为录尚书事。司马绍给他们下诏书道：“当年周公匡辅成王，霍光辅佐孝昭（刘弗陵），他们的忠义记载在典籍上，功冠两代，这难道不是忠臣应该弘扬的吗？各位公卿是当世之贤臣，接受了朕托付的重任，就应该团结一心，共同辅佐王室。诸方征镇、刺史负责守卫城池，受命于外，虽然与朝中公卿内外有别，但目标是一致的，譬如唇齿，互相依赖。你们应该勠力一心，符契相合，共同为朝廷效力。文武百官，应该勤于政事，听命于冢宰，保护幼小的皇帝，共度时艰。这样一来，则朕没于地下，也会无恨黄泉。”各位辅政大臣含泪接旨。

太宁三年（325）八月二十五日，晋明帝司马绍驾崩，终年二十七岁，庙号“肃祖”，葬于武平陵（今江苏南京市鸡笼山北）。晋明帝是一位有作为的皇帝，他机智敏捷，有勇有谋，遇事果断，以弱势斗败王敦，保住了司马家基业，但上天没有留给他更多施展抱负的时间，很可惜。

八月二十六日，年仅五岁的皇太子司马衍继位登基。司马衍，字世根，是明帝司马绍和皇后庾文君的长子。他登基后大赦天下，将文武官员的待遇普遍提高了两级，尊庾文君为皇太后。

司马衍实在太过年幼，大臣们奏请皇太后按照东汉时候的先例临朝听政，庾文君先后四次推让，最后才同意。

九月十一日，皇太后庾文君正式临朝。她任命司徒王导为录尚书事，和中书令庾亮、尚书令卞壶一起，共同辅佐朝政，但因为庾文君是庾亮的妹妹，朝政大事基本都由庾亮裁决。她又任命郗鉴为车骑大将军、陆晔为左光禄大夫，都兼开府仪同三司；任南顿王司马宗为骠骑将军，虞胤为大宗正（掌皇家事务）。