李自成的五十万大军，是于崇祯十七年四月十六开到北京城外的，那时的北京城，已经被鼠疫折磨了一年多，迎接他的，是早已元气大伤的一座“空”城。

守卫京师的虽然有三大营的军队，但士兵因鼠疫死亡过多，已彻底失去野战能力，原有的近三万匹战马，还能骑乘的竟然不到一千匹，据守内外城墙十五万多个垛口的，是区区五万羸弱的士兵，平均一个士兵要守三个垛口。

这些士兵，都是大疫之下侥幸活下来的，“衣装狼狈，等于乞儿”，而且像是十天半月没吃饭的乞儿，虚弱得只能坐在地上，以至于用鞭子抽都抽不起来。

实际上，李自成的农民军虽然声势浩大，人数众多，但战斗力却不怎么样，多次被官军打得乱跑，尤其是不久前的那场宁武关大战，李自成虽然最终赢了，却被守军周遇吉的区区数千人干掉七万多人，以至于李自成想打退堂鼓，“宁武虽破，死伤过多，自此达京师，大同、宣府、居庸关重兵数十万尽如宁武，吾辈岂有孑遗哉，不如还陕图后举”，若不是攻下宁武关后大同总兵姜瓖主动投降，恐怕他真的退回陕西老巢去了。

如果不是这场鼠疫把北京整得这么惨，李自成能顺利拿下北京吗？

当时的北京守军，一是鼠疫导致数量急剧下降，从十万骤降至五万，战斗力更是无从谈起；二是军队腐败严重，军心涣散，以至于当官的不得不低声下气地求他们守城，仍然“逾五六日尚未集”，愿意守城的士兵，还不如三四千“勇敢”地走上城墙的太监。

然而，尽管北京守军到了如此狼狈的程度，李自成的五十万大军也是打了两天才把北京搞定。

他的军队之所以能够如此迅速地抵达北京，也是拜这场鼠疫所赐，若不是鼠疫间接地摧毁了明朝其他地方的防御系统，这支更多由各地灾民组成的“乌合之众”，恐怕连北京的边边都摸不到——正如李自成自己所说，假如大同、宣府、居庸关的明军也像宁武关守军那么能打，他的几十万大军，恐怕一个也剩不下！

北京倒是拿下了，李自成也如愿以偿地住进了紫禁城，然而短短数十天后，他就于称帝的第二天退出了北京。

原因是他的军队也感染了鼠疫，本来就不怎么样的战斗力更是让人着急，根本不是清军的对手，尽管后者的数量比他少得多。

那么问题来了，既然李自成的军队与清军有过“亲密接触”，为什么清军没有感染鼠疫？难道满人天生对鼠疫具有免疫力？当然不是这样。

这个问题，曾经一度困扰了学术界很久，后来还是欧洲人帮忙揭开了这个谜。

众所周知，早在14世纪，欧洲就爆发了一场大鼠疫，导致两千五百多万人死亡，幸存者还留下了相关壁画和文字，后来人们对那些壁画和文字进行研究，发现那场鼠疫害死那么多人，却单单放过了骑兵。

他们由此得出结论：鼠疫是经老鼠身上的跳蚤传播的，而跳蚤讨厌马的气味，所以骑兵很难被鼠疫传染。

而当时的清军，也主要由骑兵组成，所以有人推测，清军之所以未被鼠疫传染，也是因为这个原因。