1621年（明天启元年，后金天命六年），辽沈被后金攻占，朝廷再次起用熊廷弼，任命他为兵部尚书兼左副都御史，驻扎在山海关，经略辽东军务，又以王化贞为广宁巡抚，协助熊廷弼经略辽东，不料这两人不和，导致后来的广宁之战惨败，整个辽东全部丢失。

胜败乃兵家常事，丢了没关系，夺回来就是了，只是熊廷弼等人不能用了，朝廷便改用兵部尚书王在晋主持辽东战事。

上任之后，王在晋首先来到前线勘察，得出的结论是，广宁大败后，官军畏敌如虎，别说夺回广宁很不容易，即便夺了回来也守不住。

王在晋之所以得出这个结论，与当时国家财力疲敝、无法与后金长期对峙有关，所以他主张干脆放弃辽东和辽西，把最后防线“退”到山海关，这样可以大大节省军费。

根据他的测算，重修山海关，最多耗银百万。

实事求是地说，王在晋的主张是当时唯一正确的选择，但却遭到朝臣口诛笔伐，有人甚至认为他的主张是卖国言论，即便不是卖国，也是贪生怕死、懦弱无用的表现，这种人留他何用？

王在晋被罢免后，孙承宗接替他督师辽东。