然而，当叔叔朱棣攻入南京、大势已去时，朱允炆首先想到的却不是逃命，而是自杀，幸亏一个太监及时赶到，把朱元璋留下的匣子交给他，才让爷爷给他的“救命牒”发挥了作用。

据《东朝纪》，朱允炆在出逃之前，制造了一个自焚而死的假象：

先于大内兰香殿聚珠衣、宝帐及内帑、珍异诸物殿上，涂猛火油，贮沥青其中，语亲密宫人，期以城破遁去举火……

至于那把火到底是谁放的，《东朝纪》没说，给后世留下了极大的想象空间，有说是朱允炆自己放的；有说是他让一个太监穿上龙袍，冒充他放的；有说是奶奶马皇后为了掩护这个孙子，不惜牺牲自己生命放的，然后她自己跳进了火海，朱棣入城后，还找到了马皇后烧焦了的尸体，但因面目全非，无法识别，加上其他几具也被烧焦了的尸体，太监说他们是皇帝、皇后和其长子朱文奎的尸体，朱棣虽然不信，但也只好假惺惺地哭了一场：“傻小子，你这是何苦呢！”

然后还正儿八经地以天子礼葬了朱允炆——就算他没死，也得当他已经死了，不然他朱棣怎么能“名正言顺”地登基呢？

然而，由于没有直接证据，很多人包括朱棣自己，都不相信朱允炆真的被烧死了，他们宁愿相信他已经逃走。