永平元年(戊午，公元58年)
1 春，正月，皇帝率领公卿以下在原陵朝会，就跟元会(皇帝于元旦朝会群臣)的礼仪一样。皇帝先在先帝神位前跪拜，然后退下，在东厢落座。侍卫官在神座后侍立，太官奉上食物，太常奏乐，各郡国上交计簿的官吏依次上前，面对先帝神位，汇报所在地粮价及民生疾苦。之后，这就成为每年惯例。
【华杉讲透】
孔子说孝，事死如事生，父亲死了，侍奉他就像他活着的时候一样。
2 夏，五月，高密元侯邓禹薨逝。
3 东海王刘强病，皇上遣使者、太医乘驿车前去给他看病，络绎不绝，又下诏让沛王刘辅、济南王刘康、淮阳王刘延到鲁县探视。刘强薨逝。临终前上书谢恩，说：“我不幸短命，留下孤儿，又给皇太后、陛下添忧，真是既悲痛，又羞愧。我的儿子刘政，还是一个幼童，本当勉强继承我的爵位和封地，但这恐怕不是保全他的办法，我希望能把东海郡交还。如今天下刚刚经历大丧，希望陛下加倍留意供养皇太后，劝她进餐。臣刘强困劣，言不能尽意，在此一并向诸王致谢，想不到永远不能再相见了。”
皇帝览书悲恸，和太后一起，出城到津门亭，为刘强举哀，派大司空持节前往治丧，赠送以高规格的丧仪，又下诏让楚王刘英、赵王刘栩、北海王刘兴及京师亲戚都前往参加葬礼。皇帝追念刘强坚持谦恭节俭，不想要厚葬以违背他的遗愿，于是特别下诏说：“殉葬之物，务从俭省，衣服足以遮蔽身体就行，其他茅车瓦器，都降低规格，以彰明大王卓尔独行之志。”将作大匠(职掌宫室﹑宗庙﹑陵寝及其他土木营建的官员)留下，为刘强兴建陵庙。
4 秋，七月，马武等人攻击烧当羌，大破之，余众都投降或奔散。
5 山阳王刘荆私自聘请星象家，与之谋议，希望天下有变。皇帝听闻后，将刘荆改封广陵王，遣送他到广陵。
6 辽东太守祭彤派偏何征讨赤山乌桓部落，大破之，斩其魁帅。塞外震恐，西至武威，东至玄菟，皆来归附，野无风尘，于是全部撤销沿边屯兵。
7 东平王刘苍认为，中兴三十余年，四方无事，宜修礼乐，于是与公卿一起，制定南北郊祀的冠冕、车服制度，以及光武庙登歌(祭典时﹐乐师登堂所奏的歌)、八佾编舞(天子歌舞八佾，方块队形，八八六十四人)，上奏皇上。
8 好畤愍侯耿弇薨逝。
永平二年(己未，公元59年)
1 春，正月十九日，在明堂祭祀光武帝，皇帝和公卿列侯，第一次身穿正式礼服冠冕，佩戴玉佩出席，礼毕，登上灵台，观察天象。赦天下。
2 三月，皇上行幸辟雍(国立大学)，第一次举行大射礼(射箭比赛)。
冬，十月初五，皇上再次行幸辟雍，第一次举行养老礼，以李躬为三老，桓荣为五更(选择年老退休的官员，天子以父兄养之，示天下以孝悌也。三老五更，指老人更知三德五事，三德是正直、刚毅、柔和；五事是貌、言、视、听、思)。三老身穿麻布大袍，戴着进贤冠，手扶玉杖。五更穿着也一样，只是不扶手杖。皇上乘舆抵达辟雍礼殿，御坐东厢，派使者以安车迎三老、五更于太学讲堂，天子在门口迎接，相互行礼，天子在前引导，三老从宾阶(主人在阶梯东侧迎接，客人走西侧，西侧为宾阶)上堂。三老到了阶梯前，皇上作揖行礼。三老登上阶梯，面向东方，三公摆设几案，九卿将鞋子摆正，天子亲自挽起袖子，分割祭肉，连同蘸酱，一起送到三老跟前，又举杯敬酒，祝鲠在前，祝饐在后(帝王敬老、养老的表示，请年老致仕者饮酒吃饭，设置专人祷祝他们不哽不噎，同“祝哽祝噎”)。五更则面朝东方，由三公负责进贡，礼仪和侍奉三老一样。
礼毕，引导桓荣及其弟子升堂，皇上亲自讲说，诸儒手持儒经，在前提问。从讲堂内到门外，以及环绕辟雍水系桥上和园门外的观礼者，冠盖云集，数以万计。于是下诏，封桓荣为关内侯。三老、五更，都以二千石俸禄赡养终身。又赏赐天下三老(各乡村教育官)每人酒一石，肉四十斤。
皇上在做太子时，就跟从桓荣学习《尚书》，即皇帝位之后，仍然尊桓荣以师礼。曾经行幸太常府，令桓荣面东而坐，设几杖，大会百官及桓荣门生数百人。皇上亲自拿着儒经，诸生中有人向皇上提问，皇上就谦逊地说：“太师在此，哪里轮得到我讲？”会后，将太官所供应的器具全部赐给太常家。桓荣每次生病，皇上都派使者探问，太官、太医来来往往，相望于道路。桓荣病重，上书谢恩，让还封爵封土。皇帝行幸其家，问候起居，到了他家所住的那条街，下车，拿着儒经步行，抚摸着桓荣，流下眼泪，又赐给床褥、帷帐、刀剑、衣被，待了好久才离去。从此，诸侯王、将军、大夫前往探病的，没有一个人敢乘车到门口，全都步行到床榻前拜见。桓荣死后，皇帝亲自改穿丧服，临丧送葬，在首山之南赐给墓地。儿子桓郁为继承人，桓郁要让给哥哥的儿子桓汎，皇帝不许。桓郁这才受封，但是，把封地租赋收入，全部给桓汎。皇帝任命桓郁为侍中。
3 皇上因为中山王刘焉是郭太后的小儿子，太后尤其喜爱他，所以留他在京师，这一年，才送他和其他诸王一样，到自己藩国。并赐给虎贲武士、护驾骑兵，恩宠尤厚，并且特许他往来京师。皇帝对待阴太后和郭太后所生的儿子，都一视同仁，诸王经常得到赏赐，恩宠优渥。
4 十月十七日，皇上行幸长安。十一月初七，派使者以中牢祭祀萧何、霍光。皇帝每次经过他们的墓园，都在车上俯身致敬。
皇上进幸河东，十一月二十六日，返回洛阳宫中。
5 十二月，护羌校尉窦林被控欺罔及贪赃枉法，下狱死。窦林是窦融堂兄的儿子。当时，窦氏一门有一公、两侯，娶了三个公主，并有四个二千石级别官员，从祖辈到孙辈，官府宅邸相望于京师，在皇亲国戚和功臣中，都没人比得了。等到窦林被诛，皇上数次下诏切责窦融，窦融惶恐，请求退休，皇上下诏，命他回家养病。
6 这一年，首次举行“五郊迎气”大典。(立春之日，迎春于东郊，祭祀青帝、句芒；立夏之日，迎夏于南郊，祭祀赤帝、祝融；立秋之前十八天，迎黄灵于中兆，祭祀黄帝、后土；立秋之日，迎秋于西郊，祭祀白帝、蓐收；立冬之日，迎冬于北郊，祭祀黑帝、玄冥。)
7 新阳侯阴就的儿子阴丰娶了郦邑公主(刘秀的女儿)，公主骄纵嫉妒，阴丰杀了她，阴丰被诛，阴就夫妇二人也自杀。
8 南匈奴单于汗死，单于比之子适即位，为?僮尸逐侯鞮单于。
永平三年(庚申，公元60年)
1 春，二月初九，太尉赵憙、司徒李?被免职。二月十一日，皇上任命左冯翊郭丹为司徒，十四日，任命南阳太守虞延为太尉。
2 二月十九日，立贵人马氏为皇后，皇子刘炟为太子。
皇后是马援之女，光武帝时选入太子宫，能奉承阴太后，和同辈相处和睦，礼数周到，上上下下都喜欢她，所以得到宠幸，到刘庄即位，为贵人。当时，马贵人的异母姐姐的女儿，也被选入太子宫，生下皇子刘炟。刘庄因为皇后无子，下令将刘炟交给皇后抚养，说：“人未必自己一定会生儿子，只要爱护养育到位就可以了。”皇后于是尽心抚育，辛劳憔悴，付出还超过对自己亲生的。太子也孝性淳笃，母子慈爱，没有丝毫嫌隙。皇后因为皇子不多，把身边女子都推荐给皇上，唯恐不够。后宫有得到皇上临幸的，她就接见慰问，如果有人被皇上数次召宠，她就加以隆重的礼遇。
到了有司奏立皇后，皇帝还没说话，皇太后就说：“马贵人德冠后宫，就是她了!”马皇后于是正位宫闱，而愈加谦逊肃静，好读书，时常穿着宽大的丝绸衣服，裙子也不加边。每月初一、十五，诸姬妾、公主朝请觐见的时候，看见皇后袍衣粗疏，以为是特制有皱纹丝绸，走近一看，都笑。皇后说：“这种丝料特别适合染色，所以用它罢了。”群臣奏事，有难以决定的，皇帝数次用来试探皇后的才智，皇后则分解分析，无不合情合理，但是，从来不为自己家族干预政事。皇帝由此对她更加宠敬，自始至终都没有改变。
3 皇帝思念中兴功臣，于是图画二十八将于南宫云台，以邓禹为首，其下依次是马成、吴汉、王梁、贾复、陈俊、耿弇、杜茂、寇恂、傅俊、岑彭、坚镡、冯异、王霸、朱祜、任光、祭遵、李忠、景丹、万脩、盖延、邳彤、铫期、刘植、耿纯、臧宫、马武、刘隆，又加上王常、李通、窦融、卓茂，一共三十二人。马援因为是皇后之父，唯独他不在这些人里面。
4 夏，四月十七日，封皇子刘建为千乘王，刘羡为广平王。
5 六月二十四日，天船星北出现孛星。
6 皇帝大兴土木，修建北宫。当时天旱，尚书仆射、会稽人钟离意，前往宫门，脱下帽子，上书说：“当年成汤遭旱，以六件事自责说：‘是施政不恰当吗？是役使人民太过吗？是宫室营建太多吗？是女宠、宦官干预政事吗？是贿赂盛行吗？是进谗言的小人太多吗？’我看见北宫大兴土木，而人民失去农时。自古不担心宫室狭小，只患人民不得安宁，希望立即停止，以应天心!”皇帝下诏回复说：“成汤所说的六件事，罪都在一个人。你赶紧戴回帽子穿上鞋，不用谢罪!”又下令将作大匠停止建筑工程，并减少其他不必要的开支。下诏给公卿百僚，承认自己错误。上天应时降雨。
钟离意举荐全椒县令刘平，皇上下诏，拜刘平为议郎。刘平在全椒，政有恩惠，人民有的增报财产，就为了多交赋税；或者少报年龄，希望为官府差役。刺史、太守下来巡查，发现监狱里空空的都没有囚犯，人人自得其所。刺史、太守无事可问，只好宣读诏书而去。
皇帝的性格，喜欢听人打小报告，以耳目洞察别人的隐私为明察秋毫。公卿大臣们多次被诋毁，近臣尚书以下甚至被他殴打。经常因事迁怒于郎官药崧，用手杖来撞击他。有一次，药崧被打得躲到床下。皇帝暴怒，大声呵斥：“你给我出来!”药崧在床底下说：“天子穆穆，诸侯皇皇，未闻人君，自起撞郎。”皇帝才赦免他。(药崧引用《礼记》的话，穆穆、皇皇，都是容貌进退美盛之状，哪有皇帝殴打郎官的呢？毫无体统。)
当时朝中大臣无不惊惧，争相比赛苛刻，以躲避诛责，唯独钟离意敢于谏争，数次将皇上诏书封还，拒不受诏。其他大臣有过失，他就出手解救。赶上接连有天变，就上书说：“陛下敬畏鬼神，忧虑体恤百姓，但是天气未能和顺，寒暑反常，究其原因，在于群臣不能宣化朝廷的恩德，不能坚守自己的职责，而以苛刻为风气，百官之间没有相亲之心，官吏百姓之间没有祥和之风，以至于冲撞天地和气，以致天灾。百姓可以德胜，难以力服。《诗经·鹿鸣》总是讴歌宴乐之事，就是认为人神之心和洽，则天气和顺。希望陛下垂圣听，缓刑罚，顺时气以调阴阳。”皇帝虽然不能采纳他的建议，但是知道他一片至诚，所以始终对他加以厚爱。
【王夫之曰】
明帝英敏有余，而底蕴不足。
【张居正曰】
自古君德，贵在明，不在察。明，如日月在天，普照万物；察，如持着火把照物，费了很多力气，却始终有照不到的阴影。但是人主自恃聪明，必流于察。人主喜欢苛察，则必然急切。上面的人越急切，下面的人就越欺骗。人人不知所措，就上下相互欺骗蒙蔽。又或者乐于宽大之名，悠游姑息，以至于长恶容奸，废时失事，那也不是明。古话说：“宽猛相济，政是以和。”只有真正的明君，才能掌握这个尺度。
7 秋，八月二十五日，皇帝下诏将太乐官名改为太予，这是根据谶文改的。
【胡三省曰】
《尚书·璇玑钤》上说：“有帝汉出，德洽作乐，名予。”
8 八月二十九日，发生日食。
皇帝下诏说：“当年楚庄王的时候，没有天灾，以至于他感到戒慎恐惧。鲁哀公的时候，政治上祸事连连，天象却没有降下任何变异谴责。如今我们遭遇天变，这表示我们还有救。请有司反思自己什么地方失职，并且匡正我无德之处。”
【胡三省曰】
《说苑》记载：楚庄王见天不见妖，地不出孽，焦虑说：“天把我忘了吗？”如此希望得到上天警戒的人，必定不会拒绝臣下的劝谏啊!
鲁哀公的时候，政治混乱，但是一次日食都没有发生，这看来是上天都觉得他无可救药，谴责他也没什么用，放弃他了。
9 冬，十月二十二日，车驾从皇太后行幸章陵县(光武建武六年，即公元30年，将舂陵乡改为章陵县)。荆州刺史郭贺，有特别优异的政绩。皇上赐给他三公的服装，黼黻(绣有华美花纹的礼服)、冕旒(有垂缨的冠帽)，又让他撤去座车前的帘帐，让百姓能看到他的面容和尊贵服饰，以彰显他的品德。
十月二十六日，皇帝从章陵返回洛阳。
10 这一年，京师及七个郡国发生洪灾。
11 莎车王贤，以兵威逼夺于阗、大宛、妫塞三个王国，并派大将镇守。于阗人杀死了他的将领君德，拥立本族休莫霸为王。贤率诸国兵数万攻击，被休莫霸打得大败，脱身逃回。休莫霸进兵包围莎车，被流箭射死。于阗人又立他哥哥的儿子广德为王，广德派他的弟弟仁攻打贤。广德的父亲之前被拘押在莎车，贤于是归还他的父亲，又把女儿嫁给他，与他和亲。