前文已述，王阳明在获悉宁王宸濠谋反的消息后，立即向朝廷汇报了此事。当时的兵部尚书王琼看到王阳明的这份上疏后，立即通知五府六部的大臣前来左顺门会商。这些大臣中，有人曾接受过宸濠的贿赂，有人暗地里和宸濠私通，有人见宸濠势大，怕他终将夺取皇位，所以都是暗怀鬼胎，徘徊观望，不敢明言斥责宸濠的谋反之举。
王琼没想到会出现这一状况，于是正色说：
“竖子素行不义，今仓卒造乱。自取灭亡耳。都御史王守仁，据上游，必能了贼，不日当有捷报至也。其请京军，特张威耳。”
王琼连续发布了十三道命令。第一道就是削去宸濠的王位，将他定性为反贼并布告天下，还许诺凡是忠臣义士能组织义军并擒获反贼宸濠者，封以侯爵。然后将和宸濠私通的朱宁、臧贤逮捕，送到法司治罪。又传檄南京、两广、浙江和江西的各路军马，要求他们坚守要塞，一旦宸濠带兵前来，要合力剿杀。
朝廷任命安边伯许泰统揽军务；任命平虏伯江彬、太监张忠和魏彬为提督官；任命左都督刘翚为总兵官；任命太监张永为机要赞画，并负责查勘宸濠谋反的实情；任命兵部侍郎王宪督理粮饷。
但是，当朝廷大军刚刚到达山东临清地区时，江西方面就传来了捷报，说是宸濠已经被擒获了。许泰、江彬和张忠等耻于无功，于是秘密上奏明武宗，请他御驾亲征并顺便游览南方景致。明武宗大喜，于是自称为总督军务威武大将军总兵官后军都督府太师镇国公，打算亲自前往江西征讨宸濠。在上朝时，很多大臣力谏不要御驾亲征，但是明武宗根本不听，还把一些提意见的大臣给活活打死了。最终，明武宗的銮驾从北京浩浩****开出，大学士梁储和蒋冕一起陪同。
王阳明在擒获宸濠以后，立即上疏朝廷，其中言明自己计划于九月十一日从南昌出发，亲自押解宸濠赴京。他在上疏中写道：
逆濠睥睨神器，阴谋久蓄。招纳叛亡，探辇毂之动静，日无停迹，广置奸细。臣下之奏白百不一通。发谋之始，逆料大驾必将亲征，先于沿途伏有奸党，为博浪荆轲之谋。今逆不旋踵，遂已成擒。法宜解赴阙下，式昭天讨。欲令部下各官押解，恐旧所潜布，乘隙窃发，或致意外之虞，臣死有余憾。况平贼献俘国家常典，亦臣子常职。臣谨于九月十一日，亲自量带官军，将濠并官眷逆贼情重罪犯，押解赴阙。
当王阳明行至常山草萍铺时听到了明武宗御驾亲征的消息，他大惊说：
“东南民力已竭，岂堪骚扰。”
他传令下去，要求从次日早上开始加快步伐，要星夜兼程往前赶，还命人取来笔，在墙上题诗一首：
一战功成未足奇，亲征消息尚堪危。边烽西北方传警，民力东南已尽疲。万里秋风嘶甲马，千山晓日渡旌旗。小臣何事驱驰急，欲请回銮罢六师。
当时，圣驾已经抵达淮徐地区。许泰、张忠和刘翚等看到王阳明的上疏后，向明武宗密奏说：
“陛下御驾亲征，无贼可擒，岂不令天下人笑话，且江南之游，以何为名。今逆贼党羽惧尽，釜中之鱼。宜密谕王守仁释放宁王于鄱阳湖中，待御驾到，亲擒之，他日史书上传说陛下英武，也教扬名万代。”
武宗皇帝原本就贪玩，听奸臣们一说，觉得这样玩玩也挺好，于是就用威武大将军的名号发了一道令牌，派锦衣卫送给王阳明。
王阳明行至严州时，接到了这道令牌。有人劝他说：
“威武大将军，即今圣上也。牌到与圣旨一般，礼合往迎。”
王阳明却说：
“大将军品级，不过一品。文武官僚不相统属，我何迎为？”
大家都劝他说：
“不迎必得罪。”
王阳明坚持己见说：
“人子于父母乱命，不可告语，当涕泣随之，忍从谀乎？”
挨不住身边官员的苦苦相劝，王阳明最后只好令参随拿着自己的大印前去迎接令牌。中军官又向他请示：
“锦衣奉御差至此，当送何等样程仪？”
先生冷冷地回答说：
“不过五金。”
中军官面露难色，说道：
“恐彼怒不纳奈何。”
王阳明这次直接干脆地说：
“由他便了。”
锦衣卫果然看不上这五两银子，气呼呼地拂袖而去。翌日，锦衣卫又前来辞别，王阳明握着他的手说：
“下官在正德初年，下锦衣狱甚久，贵衙门官相处极多。看来未见有轻财重义如公者。昨薄物出区区鄙意，只求礼备，闻公不纳令我惶愧。下官无他长，单只会做几篇文字。他日当为公表章其事，令后世锦衣知有公也。”
王阳明的这番话把锦衣卫噎得说不出一句话，最后只能愤愤而回。锦衣卫星夜兼程，回去后立马向许泰和江彬等人汇报了此事。许泰、江彬等勃然大怒，诽谤先生说：
“王守仁先与宁王交通，曾遣门人冀元亨往见宁王，许他借兵三千，后见事势无成，然后袭取宁王以掩已罪。”
太监张永素知先生的忠诚，着力为先生辩白，又请明武宗允许自己先行一步，前去查明真伪。等王阳明到达杭州时，张永已先他一步提前到达。张永语重心长地对王阳明说：
“泰、彬等诽谤老先生，只因先生献捷太早，阻其南行，以此不悦。”
王阳明回答说：
“江西之民久遭濠毒，今经大乱，继以旱灾，困苦已极。若京军又到，责以供饷，穷迫所激，势必逃聚山谷为乱。奸党群应，土崩之势成矣。更思兴兵伐之，不亦难乎？”
张永非常认可王阳明所言，但还是劝他：
“本监此出，正为群小蛊惑圣听，欲居中调停，非掩功也。但皇上圣意，亦耻巡游无名。老先生但将顺天意，犹可挽回几分。苟逆之，徒激群小之怒，何救于大事？”
王阳明回答说：
“老公所见甚明。下官不愿居功，情愿都让他们，容下官乞休而去足矣。”
王阳明将宸濠及一干反贼交付给张永，然后上疏请求休假。在等待朝廷回复的这段日子里，他屏去随从，独自在西湖之净慈寺养病。
张永回去之后，在武宗皇帝面前尽说王阳明的好话，说他尽心为国，说他忠诚，又说江西局势未稳，还得全靠王阳明弹压，决不能批准他休假的请求。明武宗听从了张永的建议，派王阳明处理江西事宜。王阳明从杭州回到南昌后受到军民的热烈欢迎。