嘉靖二十九年（1550年）六月，蒙古人再一次侵犯大同。当时大同的总兵是仇鸾，是严嵩的心腹。仇鸾没有真才实学，是一个彻头彻尾的草包。对于蒙古人的来犯，仇鸾又恐又慌，在无计可施的情况下，他竟然贿赂这次来犯的蒙古军头目。仇鸾带着金银去请求蒙古的俺答，希望蒙古军暂时不要攻打自己的防区，俺答接受了仇鸾的请求，放弃了攻打大同的计划，反而引兵去攻打古北口。蓟州沦陷，眼看着蒙古人直逼通州，京师也在这个时候告急。这个时候，仇鸾不但没有想办法挽回自己的过错，反而上疏请奏，要求带兵援助京师，保护皇帝。仇鸾的这个举动让嘉靖皇帝十分高兴，皇帝称赞仇鸾胆识过人并任命他为平虏大将军，让其带兵援助各路兵马。各路兵马都是一些轻骑，连夜赶路却没有携带军粮。于是，嘉靖皇帝下令犒赏他们，但是这个时候户部尚书李士翱称暂时没有如此多的钱粮，皇帝听后十分震怒，当场罢免了李世翱的官职。

李世翱被罢免后，时任兵部尚书的丁汝夔也慌了手脚。接着他便去求助严嵩，而严嵩的回答是：“如果军队在边塞打了败仗或许还能瞒过皇帝，可是蒙古人已经打到了京郊，因此我们无法隐瞒皇帝，只好等蒙古人抢完后自行离去。”听完严嵩的话之后，丁汝夔传令下属将领，没有自己的命令不许出兵。一些忠臣百般劝说丁汝夔，但是丁汝夔不敢不服从严嵩的命令，一直不肯出兵。最后，蒙古兵抢完后便退兵了。

蒙古人撤走后，身为平虏大将军的仇鸾竟然拿着老百姓的人头向皇帝领赏，说是自己杀了很多蒙古军。而嘉靖皇帝又一次相信了他，并且加封他为太保，赏金千两。历史上称这次事件为“庚戌之变”。这次事件最终还是被嘉靖皇帝知晓了，迂腐的嘉靖皇帝认为这是奇耻大辱。为了让自己泄恨，嘉靖皇帝竟下旨追捕丁汝夔。丁汝夔听到风声后，曾向严嵩求救，严嵩很有信心地告诉他：“放心吧，有我在你不会出事的。”但是没过多久，丁汝夔还是被处死了，一直到了隆庆初年（1567年）才被追复了原官。其实，丁汝夔是这件事件中的无辜者，如果没有听信严嵩的话，他也不至于落到这种下场。

又过了一年，仇鸾想再次勾结蒙古人，进而与鞑靼讲和。他的这种态度彻底激怒了一些正直的大臣，而其中最为愤慨的就是兵部员外郎杨继盛。

杨继盛，字仲芳，号椒山，保定容城人。自小家中贫困，因此立志发奋读书。中举后杨继盛进入国子监读书，深受当时国子监的副掌管的赏识。嘉靖二十六年（1547年），三十一岁的杨继盛考中进士，接着进入内阁，开始入朝参政。

杨继盛同张居正一样，都是嘉靖二十六年（1547年）中举成为进士，因此两人的关系比较密切。年轻的张居正比较稳重，杨继盛却是刚正不阿、疾恶如仇，同时也有过人的胆量。但是，杨继盛的脾气十分暴躁。

当时，仇鸾与蒙古人谈和的条件是同意与蒙古重开马市，嘉靖皇帝当然也想尽快平息战乱。杨继盛听到这些条件后，十分坚决地反对重开马市，因为他认为明朝与蒙古人是世仇，如果此时开放马市，对明朝有害无益。当时杨继盛不仅坚决反对这种做法，还弹劾了仇鸾，列举了仇鸾欺骗皇帝、卖国通敌等种种罪名。

然而，从当时严嵩在朝廷中的地位来看，公然挑衅他的威严是绝对没有好下场的。接着，杨继盛就被贬到了狄道县做了一名典史。杨继盛在狄道县任职的期间内爱民如子，并得到了当地民众的广泛好评。当时的狄道是少数民族聚集的地方，各个方面都十分落后，大部分的村民都不识字。于是，杨继盛就开办了私塾，使一百多名孩子都能入校读书。当一些村民无力供孩子上学时，杨继盛就变卖自己夫人的衣服、首饰等，还把自己值钱的东西一一卖掉，让所有孩子都可以读书，当地的人都尊称他为“杨父”。

后来，仇鸾随着势力越来越大，也变得更不安分，开始与严嵩公然作对。一向自大的严嵩当然不能容忍这种事情，于是严嵩便将当年仇鸾杀百姓冒领军功的事抖了出来，而胆小的仇鸾在被嘉靖皇帝赐死前就郁愤而终。

仇鸾死后，杨继盛又被召回朝廷为官。虽然当年的杨继盛与仇鸾是天敌，但杨继盛胆识过人，所以严嵩就开始有意拉拢杨继盛。在严嵩的授意下，杨继盛一年之内升了四次官职，但是杨继盛不愿与严嵩为谋。因此，杨继盛在入朝之后就开始搜集证据，等待时机弹劾奸臣严嵩。最有名的便是杨继盛所写的《劾严嵩疏》，书中列出了严嵩的五十奸、十大罪，成为当时最有名的讨严檄文。

弹劾严嵩的奏章上交以后便在朝廷中掀起了轩然大波，严嵩也成为大家的笑柄，自己提拔的人却弹劾自己，这在当时是多么大的笑话。严嵩十分震怒，他认为杨继盛也太不知好歹。因此，恼羞成怒的严嵩陷害杨继盛，将其打入大牢。在牢中，杨继盛经受各种折磨，在被打伤之后也不能及时治病，只能任由伤口慢慢腐烂。

严嵩没有足够的证据所以不能杀害杨继盛，于是杨继盛就在牢中关了三年。当时，民间的一些名流和侠士都在想办法解救杨继盛，张居正也因此找到了恩师徐阶，希望徐阶能够帮助杨继盛度过难关。但是徐阶没有答应，因为从严嵩手中救出杨继盛是不可能的事。另外严嵩是嘉靖皇帝的心腹大臣，如果此时弹劾严嵩如同说皇帝无能昏庸一样。所以张居正的请求他不能答应，因为他没有资格和严嵩发生正面冲突。

对于恩师的这种态度，张居正也能理解。其实，徐阶一直想弹劾严嵩，但是时机还不成熟。为了最后能够成功扳倒严嵩，此时的徐阶只能隐忍不言。张居正虽然能理解恩师的想法，但是他还是为狱中的杨继盛担忧。最终杨继盛还是被冠以一些不存在的罪名被赐死了，当时的杨继盛年仅四十岁。

在“庚戌之变”发生时，张居正还在京城，而他也耳闻目睹了朝廷的阴暗和严嵩的通奸叛国行为，张居正认为在这样腐败的朝廷下，自己的抱负无处施展。在杨继盛被赐死后，张居正对朝中的奸臣十分不满，但是自己又无能力去改变政局。因此，张居正满腔愤慨，决定告病还乡。

嘉靖三十三年（1554年），张居正担任翰林院编修的五年后，张居正以身体状态不佳为由，告病回到了故乡江陵。