自从卢梭的《爱弥儿》遭受外界激烈的批评后，莫蒂埃市民对他的偏见也逐渐加深，卢梭有意前往英国。

巴黎舆论界对卢梭的攻击使他的敌人越来越多，幸运的是他的挚友马沙尔先生对他的支持从未改变，但不断传来的斥责声却使卢梭觉得自己有必要出面表白立场，以应付未来可能出现的危急情况。1763年底，他写信给普鲁士国王腓特烈二世，信中毫不隐瞒地表明了他的立场：

陛下！我曾在您背后说过你的坏话，我可能还会如此做。但是，被法国、瑞士驱逐的我到了贵地接受您的庇护。陛下！我并没有权利接受您的恩典，而且我也不想要求任何恩典。但是，我觉得此时向您作出声明是我的责任，我在您的管辖之下，您可随时处置我。

与此同时，欧洲读者的来信也在不断地寄来，贵妇人、年轻人以及哲学家们纷纷来信表达他们对卢梭的支持，这些信件使卢梭受到很大的鼓舞。不过，真正给予他精神上最大支持的还是马沙尔先生，与马沙尔的相处使卢梭忘却了外界的混乱和骚扰。

普鲁士国王十分尊重卢梭，经常派人给他送来面粉、酒和各种食物。卢梭的自尊心让他感到犹豫，是否应该接受这些恩惠呢？卢梭在写给普鲁士国王的信中充分表现了他的自尊：

感谢您赐给我的这些食物，但是我觉得您境内的许多子民都需要食物。请您把它们拿走，送给真正需要它们的人吧。另外，我能否提醒您，我的陛下，您应该爱您的每一个子民。如果这样，我为您捐躯亦在所不辞。

普鲁士国王接受了卢梭的劝告，变得乐善好施，普鲁士境内人民的生活改善了许多。

莫蒂埃教会不久也将《爱弥儿》和《社会契约论》列为禁书，不准发行。教会认为《爱弥儿》是异端邪说，《社会契约论》是在煽动革命。卢梭的民主思想在他们眼中是疯狂的思想。一个社会如果建立民主政体，那么贵族阶级的特权何在？难道贵族需要接受人民的意志吗？卢梭的社会改良思想虽然也影响了其他哲学家，但鉴于社会大环境的影响，他们的努力并没有发生效用，其中有些人竟被处以极刑。

当初的《论人类不平等的起源》已使卢梭身处困境，遭受诋毁。现在《爱弥尔》和《社会契约论》遭禁，卢梭更陷入了被抨击的旋涡之中。卢梭心中期望的宁静无法获得，虽然他在青年时期与华伦夫人有过安详、平和的相聚时刻，但如今都已成为过眼烟云，不可复得。外界的骚扰使得卢梭不能安心工作，他开始做一些手工劳动，比如编织腰带，织好的成品就分赠给邻居。

这时，卢梭还与巴黎教皇进行了激烈的辩论。毕蒙教皇抨击卢梭为假道学，说他是一个自认为学识丰富，却误入歧途的人；一个在思想及行为上充满矛盾的人；一个用繁复的思想来曲解道德的人；一个自称热爱基督却一味标新立异的人；一个自夸、热爱隐居而又借此吸引世人注意的人；一个泯灭读者道德观念的人；一个主张人类社会的不平等又欲将人类贬低到禽兽地步的人。此外，教皇批评卢梭最严重的一点是，指控卢梭散布色情。这真是无稽之谈！

卢梭听到这些诽谤后，决定奋起反驳，不过他觉得自己的反驳必须谨言慎行，因为这将影响世人对这位道德领导者的印象。卢梭在心力交瘁下，发表了他的《致毕蒙教皇书》。在这篇文章中，卢梭阐述了自己的观点，文章的措辞平实、不做作，与他日后撰写的《忏悔录》颇有些类似之处。在文章中，卢梭说：

阁下，我何必要对你多费唇舌呢？我们如何才能彼此了解？我们俩之间有什么误解吗？我答复你，实在是因为你的逼迫使我不得不这么做。

我天生具有一种禀赋，这已经得到了大众的证实，我的青年时代是在快乐中度过的，没人认识我。到了40岁，我虽然没有财富，但我拥有朋友和平静，然而公众对我的斥责却一直不断，甚至裁决我的罪状。我尽力反驳，却于事无补，我的事业就此中断，朋友和安宁也因此离我而去，我必须忍痛接受这样的事实。

我写过各种题材的书和文章，我一直保持着我的原则、我的道德观、我的信仰以及戒律。而他们一味反对我的观点，也反对我本人。我的第一篇论文发表时，他们视我为一个矛盾者；我的歌剧问世后，他们视我为国家的敌人，甚至是叛国贼；《论人类不平等的起源》之后，我又被视做一个无神论者，一个厌恶人类的人；《新爱洛绮丝》之后呢，我被视做一个温柔老实的人；现在，我在他们眼中又成了一个顽固、亵渎神灵的人！

卢梭这篇《致毕蒙教皇书》总共有150多页，他毫无保留地述说他的宗教观以及道德观，他的笔触中带着强烈的感伤。他还在其中表达了自己的宗教信仰：

教皇阁下：

我是个天主教徒，一个虔诚的教徒，我一生都遵从《圣经》中的信条。我是个教徒，但不是教会的信徒，而是耶稣基督的信徒。我的信仰告诉我不能只讨论教义，更应该身体力行。那些缺乏正义的教士霸占职权，成为宗教上的裁决者，并且告诉我应该做这个，不能做那个。我对此不屑一顾。他们的优越权力绝不会影响我的原则，他们也无法使我说我不愿说的话。

如果我的真诚触怒了他们，他们一定会想办法将我摒弃于教堂之外，我并不畏惧他们的威胁，因为他们根本无权判决我。他们无法阻止我的心灵与信仰结合，他们能在此生剥夺我的幸福，但无法阻挠我未来的希望，我未来的希望是由耶稣基督赐给我的，他会做我的裁决者，裁决我和他们孰是孰非。

1763年，卢梭将他的《致毕蒙教皇书》交予出版公司付印，虽然他心中十分担忧会受到迫害，但经由马沙尔的鼓励，他仍决定用本名发表。不出所料地，这篇文章受到强烈的批评。读者写给卢梭的信逐日增加，信中有支持也有反驳，写信的人来自各种不同的阶层，有辩论家，也有舞蹈老师。卢梭从这些信中了解到了外界对他的印象。

卢梭极想知道日内瓦民众的反应，尤其是对他这篇《致毕蒙教皇书》的反应。虽然日内瓦当局对卢梭的言论极为困扰，但《致毕蒙教皇书》并没有被列为禁书。不久后，卢梭给日内瓦当权者写了一封信，信中声明他愿意放弃日内瓦的公民权。

不久，日内瓦当局即废止了卢梭的永久公民权。卢梭深爱故乡，但日内瓦连续给予他沉重的打击，使他不得不放弃公民权。

1764年9月，卢梭接到一封革命者的来信，信中邀请他担任制宪委员。这个消息迅速传遍整个欧洲，格林及其他反对者立即发表声明，声明中说如果卢梭接受这个邀请，那就说明他是革命和国家独立的煽动者。卢梭没有接受这个邀请，但在给革命者的回信中，他表明了自己对平等民主的爱好和热情。

1764年秋，日内瓦的杜金先生出版了《乡村书信》，文中他强调了君主专制政体的重要性。卢梭针对他的观点及政治立场予以反驳，同时出版了《山中书信》，他的思想和主张立即引起外界激烈的反响。

卢梭在文中曾辩解日内瓦当局对他的裁决，他有充分的理由为自己辩护，因为那次审判没有事先提出警告，也没有审讯，就将卢梭的书予以焚毁，并裁决卢梭有罪。

当时法院的裁决书有一段是这样的：

这些书的作者（指卢梭）集合了所有能贬损及毁灭天主教基本原则的言论，在这些言论中他指控所有的政府。这些书以充满诱人笔调的法文书写，是极为危险且有损于道德的，而且这些书是作者以一个日内瓦公民的身份发表的。鉴于这些书的恶劣影响，法院不得不作出如下裁决......

法院以违反教规的名义裁决卢梭，卢梭在《山中书信》中答辩道：

我是作者，因为写了这些书而被法院裁决，但是会有作家故意奉承自己吗？一个人如果企图行善也算有罪吗？身为一位作家，我只接受那些被基督承认的圣人作为我的审判长。

在这段激烈的争执时期，卢梭接到一封从法国寄来的信，写信者自称詹姆斯·包塞尔，来自苏格兰。他在信中对卢梭表达了自己的钦慕之情，这使卢梭的心情舒畅了不少。后来，卢梭和包塞尔见过一面，在座的还有马沙尔先生，卢梭对包塞尔表达了自己对苏格兰人的好感。

卢梭的《山中书信》问世不久，1765年1月，市面上出现了一本书，叫做《公民的情感》，书中极力抨击卢梭的人格和思想以及他的道德观。这本书的作者是伏尔泰和卢梭昔日的一位朋友。《公民的情感》风靡日内瓦，市民们对于书中描述的卢梭和戴莱丝将子女遗弃在孤儿院一事尤感震惊。卢梭与戴莱丝此时才感觉到民众对他们的厌恶感是多么深。

某夜，卢梭和戴莱丝上床就寝，到了半夜，卢梭被一阵突如其来的声音惊醒，原来是有人用石头砸他们的门窗。卢梭赶紧逃到厨房，这时正巧有一块石头穿破窗户砸在他的脚上，他步履蹒跚地与戴莱丝躲在墙角。幸好邻居及时报警，警察阻止了这场**。这件事情之后，卢梭觉得自己急需找一个偏僻之处隐居。

经过马沙尔先生的帮忙，9月，卢梭准备迁往圣皮埃尔岛。这座小岛并不大，但布满了高树、青草、小溪以及黄色的灌木林，对卢梭而言是一个难得的天地。在这个安宁的天堂里，卢梭离开喧嚣的尘世，遗世独居。他的生活费用由马沙尔帮他料理。