理想与现实之间总是隔着重重阻碍，为了实现攻下波斯、统治亚洲的目标，亚历山大还要面对波斯的海军基地腓尼基和叙利亚，还有流淌在前方的尼罗河，这些险阻都是亚历山大实现理想的必经之旅，但雄心勃勃的亚历山大怎么会就此停下前进的脚步呢！他理想的征途，才刚刚开始。

在清理战场的时候，过惯了朴素生活的马其顿军队被波斯王遗留在战场上的那些金银器皿和镶嵌了珠宝的日用品惊得目眩神迷，波斯王的奢侈和贪欲令他们瞠目结舌，甚至连豪华的浴缸都被带到战场上来。亚历山大看到这情景，感慨地说道：“这才像一个帝王的生活!”这次战役中亚历山大俘获了大流士的家属，包括他的王妃、孩子及年迈的母亲，亚历山大对他们都以礼相待。

当亚历山大攻占北部叙利亚各城市的时候，曾经接到大流士的投降书。大流士的要求非常简单：第一是希望送还被俘的家眷，第二是维持友好同盟的关系。可是，面对这封以长辈的口吻求和的投降书，亚历山大却措辞非常严厉地回复道：“这次大举进攻波斯，并非是报复百年以前的波希战争之耻，而是由于父亲腓力被暗杀，以及波斯对腓力明显的敌对行为。波斯曾经不惜重金来分化希腊诸国，为了维护希腊的和平我才兴兵讨伐。”接着他又很不客气地回复道：“今后，你若要再呈投降书，应当以写给亚洲盟主的态度才行，我们之间绝不是平等的地位，现在我已经拥有你全部的财产，你如果还想以帝王自居的话，那就不应该逃走，即使你逃到天涯海角，我也绝不会放过你的。”

可亚历山大并没有太多的时间耗费在追逐大流士上，因为波斯的海军仍然牵制着亚历山大。虽然亚历山大已经另外组建了希腊海军，而且也抑制了原先十分活跃的波斯海军，但当时最有效的做法就是先去占领成为波斯海军基地的叙利亚和腓尼基。如果不能把这个问题彻底解决，亚历山大陆上的补给线将很容易被对方切断，从而腹背受敌，到那个时候，亚历山大的处境就很危险了。在战场上，一着错就全局输，因此每一个步骤都要经过缜密的计划才行。目前的当务之急就是要控制地中海的东部，包括埃及在内。

太尔城是腓尼基最大的商业中心，它是一个完全离开大陆的岛上城市。和腓尼基本土的旧城完全不同，这个离岛城市周围四五公里都被高耸的城墙围绕，是个易守难攻的城市。亚历山大获知太尔城所供奉的神和自己的祖先有关，希望能进城去参拜。但当地市民担心亚历山大以此为借口进行侵略，便委婉地拒绝了他。不久，战火终于在这种不友好的氛围中被点燃了。

公元前332年，亚历山大动员全体将士去搬运沙石，又从山中砍下许多木材，准备在海上建造一个工程浩大的堤防，使陆军能够顺利地攻进岛上去。太尔城的市民嘲弄亚历山大此举是愚公移山，他们向亚历山大的军队发动火攻，烧毁了亚历山大的攻城塔，而尚未建成的堤防也一夜之间被春季汹涌的海潮冲毁了。亚历山大改变了策略，他将两艘大船连接起来，上面装有攻城用的巨锤，不停地撞击坚硬的城墙。太尔城市民顽强地抵抗，使尽了各种方法来对付亚历山大。太尔城从城里投出装有铁钩的绳子，企图将亚历山大的攻城锤拉倒，他们又把灼热的沙子倒在攻城兵士的身上，兵士们的皮肤被烫得起了水泡，疼痛使他们无法继续攻城。到了后来，亚历山大也感到疲惫不堪，甚至有那么一阵子他几乎有放弃的打算。经过七个月的围攻，太尔城已经弹尽粮绝，无法继续抵抗，他们一直盼望的波斯舰队也迟迟没有出现。正是焦头烂额的时候，城池一处的墙壁被击破，亚历山大攻入城中。

太尔城战争的失败使波斯王第二次向亚历山大提出和解，这次除了有巨额的赔偿金，还提出亚历山大可以把波斯王的公主纳为妃子，彼此缔结友好同盟，同时，波斯王表示愿意割让领土。帕曼纽认为，现在这个局面已经很令人满意，是应该接受波斯王求和的时候了，他说：“假如我是亚历山大，就会接受议和，我不希望再冒无谓的风险。”亚历山大听了这话，用挖苦的语气嘲弄地说：“假如我是帕曼纽，我一定会接受的。”就在这个时候，大流士听说他的王后死于难产，亚历山大以王后之礼将她厚葬。国破家亡的打击使大流士痛下决心，一定要一雪前耻。

亚历山大沿地中海南下，到了最南端的卡萨时再次遇到了顽强的抵抗。卡萨自古以来就是非常繁荣的商业都市，以买卖香料为主，这儿有一位阿拉伯的佣兵将领非常顽抗，他占据着一处易守难攻的有利据点。亚历山大再度使用攻击太尔城的种种方法来进攻卡萨。亚历山大还在附近山丘建筑了一个和敌人城墙同样高的军事据点，并用攻城塔向对方进攻。同时，亚历山大在通向敌人的地方挖掘了一条地道，希望使对方的城墙陷落损坏，这真是一项大规模的工程。不过这个方法最终有了效果，卡萨的守卫军在激战两个月后终于投降了。

就这样一路披荆斩棘，战果累累，很快他们便到达了尼罗河三角洲。当地的埃及人十分憎恨波斯人的统治，当他们得知亚历山大打败了波斯，都热烈地欢迎亚历山大的到来，因此亚历山大没费一兵一卒就完全征服了埃及。

当年的波斯侵略者捣毁了许多埃及的神殿，并且屠杀了埃及人所尊敬的圣牛，把牛的肉拿来吃，埃及人对波斯人的憎恨程度可想而知。可是他们却不得不慑服于波斯的**威之下。与波斯对埃及人民的欺凌和奴役相比，亚历山大的作风和当年的波斯王简直有天壤之别，亚历山大对埃及人的传统和信仰非常尊重，因此埃及人对亚历山大有着深深的感激，甚至把他看成将埃及人民从痛苦中解救出来的救世主。公元前331年，亚历山大在三角洲的西岸发现了一个港口，他觉得这里非常适合建设一个新兴城市。他请来了当时一流的建筑师，还参加了新城的规划工作，并且指定广场上神殿的位置，为这个新城付出了很多心血。最后他将这个新城市命名为“亚历山大港”，这也是亚历山大东征后归国的时候在地中海沿岸留下的最大规模的建筑群落。

完成了对埃及的占领，这次的东征也告一段落。一个接一个的胜利使亚历山大的信心如权势一样越来越膨胀，这也使他变得更加独裁。这一阶段战争的最大成果就是亚历山大对自己的肯定。伊苏斯战后，波斯王大流士对亚历山大求和的时候亚历山大就以“亚洲之王”自居，要求波斯王以臣子之礼来对他说话。在这两年间，亚细亚沿岸的许多都市在波斯舰队的煽动下都陆续叛乱，亚历山大逮捕了不少亲波斯的民众。当时，亚历山大准备让哥林多同盟来判决，而他当初所提出的尊重自治的宣言现在却被他的专制思想所取代，随着自身实力的越来越大，他对身为哥林多同盟的盟主已不再有兴趣了。

对新都市的建设和政治问题处理到一定阶段之后，亚历山大在公元前331年和他几个好朋友到沙漠中去参观阿蒙神殿，同行的还有一些使节。当他们进入了沙漠地带之后，吹到脸上的热风和漫天的黄沙使他们一行迷了路，到了最后，不但找不到水，连吃的东西也没有了。正在绝望的时候，鸟和蛇成为他们神秘的引导者，经过了三个星期的摸索，他们终于找到了阿蒙神殿。这件事情给亚历山大更增添一层神秘色彩，其动机令后人产生许多的揣测和遐想，甚至出现了许多夸大的解释。一些人认为亚历山大这次和朋友们深入沙漠自有其政治目的，那就是他必须和外交使节们界定好国界，进一步确定友好关系。而除了政治原因，亚历山大此行会不会有其他目的呢？亚历山大本人对未知的事情充满了强烈的好奇心和难以压制的冲动。这可能也是使他甘冒千辛万苦而急于解答他内心问题的另一动力。在他的心中有一种强烈的神秘力量支持着他，使他充满了自信，相信自己受神的恩旨而拥有不平凡的命运。他历尽千辛万苦到这么荒僻的地方去参拜阿蒙神，可能是希望神给他答案，告诉他征服世界的可能性有多大，自己是否真是神的儿子，这些都希望能从神那里求得答案。