列宁回到侨居的日内瓦之后不久，接到通知，“俄国革命社会民主党人国外同盟”要召开代表大会，听取他的报告。
列宁是“同盟”出席党的“二大”的代表，这次“同盟”突然开代表大会，为的是打击“二大”中获胜的布尔什维克。当时会上反对列宁并处于少数的孟什维克，已尽可能在侨居国外人们中扩大了自己的影响。“同盟”代表大会就是孟什维克策召开的。
列宁料到“同盟”代表大会上将有一场激烈的斗争，他毅然定去参加这个会议，并花了很大精力来准备报告，同时又要考如何以少胜多反击孟什维克。在去大会会场的时候，他骑着行车还在沉思，结果一下子撞到了电车上，差点把眼睛撞坏。
来，他竟然扎着绷带，脸色苍白地出席了会议，并在大会上同持孟什维克的多数展开了针锋相对的斗争。
第二次代表大会原本选举列宁、普列汉诺夫和马尔托夫作党的主要负责人继续组成《火星报》编辑部。可是，后来连普汉诺夫也背信弃义破坏第二次代表大会决议的执行。
列宁毅然退出了《火星报》编辑部，离开了他多年精心经营、展的这块党的宣传阵地。
《火星报》从53 期起就成了孟什维克小资产阶级反党的机报。孟什维克的新《火星报》散布机会主义，向工人阶级灌输产阶级思想。
旧《火星报》为教育团结党和工人阶级进行了不屈不挠的斗，对反对专制制度和资产阶级作出了巨大的贡献。列宁与《火报》的一切编辑出版器具和一些淳朴、勤劳的工作人员结下了厚的难解难分的情谊，可一当要从自己手里出版一些违背自良心、违背办《火星报》初衷的东西，他无法容忍。他为了解放苦大众、建设一个无产阶级政党、坚定不移地走马克思主义发道路的一片赤胆忠心不容污染。如此无原则地服从旧感情上团结，违心地迎合朋友们的错误观点而否定自己的正确观点，不如说是对自己和对正确东西的一种自我谋杀和摧残，根本上的无原则的融合是一种背叛、一种无端的自杀。
列宁战胜了自己！坦然离开了《火星报》，先在中央委员会工作。
而当时的中央委员会里连作为布尔什维克主义者的一些人也提出向孟什维克妥协，列宁要求严格执行党的决议，多数的中央委员会却背叛布尔什维克主义转向孟什维克方面，并同孟什维克派联合起来，为难列宁，写文章和出小册子诋毁列宁。
一时似乎孤立的列宁并不动摇、气馁、悲观。他知道自己的路线是正确的，是为工人、农民劳苦大众这一绝大多数人的利益服务的，只要自己坚持了这一点，坚持马克思主义，坚持旗帜鲜明地同机会主义者作斗争，冷落是一时的，低潮过后就是**。
他的身后有俄国广大的工人农民群众的拥护，只要自己坚持下去，胜利总是要来的！布尔什维克总是要胜利的。
列宁又毅然决然地退出了当时这个调和的中央委员会。
列宁同他素来非常敬重的普列汉诺夫在政治上决裂了。
列宁同多年在一起进行革命工作，并一起坐牢共患难的好友马尔托夫决裂了。
当时，与列宁一块坐牢、流放西伯利亚的老朋友、负责国内基辅党的工作的克尔日札诺夫斯基，对列宁和普列汉诺夫、马尔托夫三人之间的不和并出现分裂，非常担心。他特地弄到了一张护照，赶到侨居日内瓦的党的主要领导人身边来。
在这些日子里，克尔日札诺夫斯基的绝大部分时间是同列宁一起度过的，他看到列宁和其他那些慌乱的人不同，表现得极其镇静和沉着。列宁有意尽可能少地对他进行“鼓动”，希望让他自己来公正地弄清楚已经发生的分裂。
在克尔日札诺夫斯基看来，列宁是个非常谦逊和毫不妄自大的人。只是因为政治观点上的不可融合而被人误会。一次同列宁争辩到深夜，他知道列宁是多么重视俄国革命实践的要，所以就竭力使列宁相信和解的必要性，并把分裂对革命实具有多么致命的危害作了一番描述。他说：列宁同志，请您注意目前出现了什么样的局面。要知道，所有的人，确确实实是你身边所有的人都在反对你！照我看来，甚至在那些为数不多的同你站在一边投票的人里面，有的也主要是出于对你个人的忠实才这样做的。实际上，你是一个人在反对所有的人。
是，列宁谢绝了老朋友这一片好意，还严厉地批评了他的无视理一时附庸受蒙蔽的多数。列宁认为这种分裂的危害性远那种无原则的附和、团结而造成的危害性小得多，那是前功尽，毁于一旦。克尔日札诺夫斯基最后在现实面前也不得不承认：由于我过高地估计了个人因素的作用以及在政治上缺乏远见，我不得不为此而受到严厉的惩罚！后来双方彻底破裂，双方又都对我的“和稀泥”做法大肆攻击。而后来的事件也清楚地表明，有历史远见的确实只有列宁一个人。
列宁在这个非常时期，赶写出《进一步退两步（我们党内危）》的小册子，于1904 年夏在日内瓦出版。小册子向全党专论述了这次代表大会以后分歧的性质，说明代表大会发生斗的意义，揭露了孟什维克，其中包括托洛茨基这个顽固的孟什克机会主义者公然反对集中制的党、反对无产阶级的纪律和一，同时全面阐述了关于无产阶级政党的学说，规定了无产阶政党的组织原则，认为无产阶级政党是无产阶级手中的基本器。
列宁在极其困难的时候，通过书信和谈话，遥居国外指导俄国千百个杰出的党的工作人员和布尔什维克，培养和团结了党的力量。
1905 年1 月，列宁创办了布尔什维克主义立场的新党报《前进报》，奥里斯基、沃罗夫斯基和卢那察尔斯基选入了这个报社的编辑部，报社还赢得了布尔什维克作家的积极支持与合作。