转眼，菲律宾已被日军占领了三年，科雷吉多尔的居民，与往常一样渔耕度日，与外界不相往来，对国家存亡也漠不关心，处在冷淡状态中。但是，麦克阿瑟明了，热情的火焰只要触到希望的星火，就会立刻燃烧起来。菲律宾是他的第二故乡，他对这里的情况甚至比对美国更了解。

绝大多数被征服的菲律宾人民对新主子都漠不关心，但是有两种人例外，那就是游击队和通敌者。地下工作人员差不多都是中等阶级的人民，他们对麦克阿瑟有信心，他们相信失地总会被收复的。

战争初期，科雷吉多尔方面与澳洲方面很少联系，等盟军把荷兰蒂亚攻下后，接触就日趋频繁，每个月有4000通无线电讯往来，所以麦克阿瑟对马尼拉的一切动静都了如指掌。他用潜水艇供应游击队武器、技术人员及一切设备，凡是从菲律宾逃出来的人，他都亲自接见。

现在菲律宾人虽被日军统治，但对麦克阿瑟和奎松二人绝对忠诚，奎松在纽约病死后，他们便把全部希望寄托在了麦克阿瑟一人身上。美国大兵嘲笑麦克阿瑟，菲律宾人则绝对尊敬他，卡洛斯·罗米洛曾记述：“对我来说，麦克阿瑟代表美国。”

那些通敌的人很复杂，因为他们各自动机不同。有人惧怕日本人；有人不喜欢西方人的统治；有人为了照顾同胞不得已与敌人合作；有人完全为私人利害。

1942年沦陷初期，日本人指派奎松的前秘书佐治·范格斯任委员会主席，主持菲律宾行政。1943年9月以“菲律宾独立共和国”代替委员会，改由何塞·劳威尔主持，向英、美宣战，由日本人训练组织了5000人的军队，在美国大兵进攻的时候，进行防御反抗。参加这支队伍的人大多数是有钱人家的仆役，他们是受他们的主人鼓励而参加的。

劳威尔的傀儡政府中，中等阶级人士参加的很少，主持者大都是战前的高阶层人士——麦克阿瑟的朋友和奎松的僚属，这让麦克阿瑟和奎松很痛心。麦克阿瑟愤怒之余，对这批叛国贼进行攻击和声讨，罗斯福总统也对记者宣布，将要严惩这批通敌叛国的人，让他们永无抬头之日。游击队听闻该消息，很高兴。但难为奎松和奥斯梅纳，因为他们和这批人都是同一个阶级，从小一起长大，并且有姻亲关系，所以便极力为他们开脱，说他们没有选择，是为了解救同胞，才不得不与敌人合作的，情有可原。

1944年10月，美军决定反攻菲律宾，威廉·哈尔西的第三舰队和金凯德的第七舰队，同向雷伊泰进攻，金凯德由麦克阿瑟直辖，哈尔西则听命于尼米兹。分别指挥让麦克阿瑟感到棘手，自愿退让，由尼米兹单独指挥。但马歇尔不同意由海军上将担任最高统帅，而且麦克阿瑟是众望所归，阵前不能易将。麦克阿瑟只得勉为其难。1944年10月16日，星期一，麦克阿瑟搭乘“纳什维尔”巡洋舰率舰队出发。他已筹划好了反攻计划，战后文生·希恩也认为：

麦克阿瑟最后的作战计划，大胆而勇敢，比巴顿在欧洲的作战复杂得多，因为麦克阿瑟不仅指挥步兵作战，他还需要调度海、空军配合行动，隔岛跃进，绕避或包围日军。

计划很周密，战略很诡异，整个战斗都高深莫测。

10月19日傍晚，麦克阿瑟带他的幕僚坐在船舱里，为登陆作着最后的准备。麦克阿瑟在他的回忆录中叙述：

在我们接近雷伊泰湾时，正是一个没有月亮的午夜时分……我知道在这些军舰上，有许多兴奋的官兵站在船栏旁，或是在甲板上走动，他们想从黑暗中远眺目的地……我走进我的船舱，祈祷上帝明日保佑我的每一名士兵。

佛晓，便开始采用炮击，麦克阿瑟偕奥斯梅纳和罗米洛在炮火的掩护下一起登陆。麦克阿瑟很兴奋，对罗米洛说：“卡洛斯，我们回家了！”他们在最高的椰子树上，升起了美国国旗和菲律宾国旗，麦克阿瑟在海滩上立刻草拟发给罗斯福总统的报告，而此刻罗斯福总统也来电祝贺麦克阿瑟的成功。

同时，麦克阿瑟开始广播演说：

菲律宾的同胞们，我回来了，借万能的上帝的保佑，我们的军队又重新登上了菲律宾的国土——重临了这块我们两国人民以鲜血奉献的神圣国土。在我身旁的就是你们的总统奥斯梅纳，伟大的爱国者奎松的可敬的继承人……贵国政府，现已坚定地重建在了菲律宾的国土之上。你们救国的机会到了……为了你们的家园和生活奋斗吧！为你们神圣的阵亡将士，奋斗吧！

后来，奥斯梅纳和罗米洛也简短地讲了几句，结束了这简单的典礼。

一群菲律宾人大声欢呼。这时一个七八岁的女孩，手拿一个小包走近罗米洛，她说要亲自送给麦克阿瑟一件礼物，罗米洛把她带到了麦克阿瑟面前，麦克阿瑟接了礼物，拆开一看，是送给他的一盒雪茄，还有一个手工编织的手袋，是送给他的夫人琼的。几个星期前，英国蒙高马利元帅在比利时收到人们送的一柄镶珠宝的军刀，麦克阿瑟对此十分羡慕。现在，他眼中带着兴奋的泪，说：“卡洛斯，我觉得这礼物比蒙高马利的军刀更宝贵。”

肯尼要去巡视日军遗留下来的机场情况，麦克阿瑟决定同往，一个流弹打来，麦克阿瑟视若无睹，肯尼对他的冒险很担心，直到返回了巡洋舰，才舒了一口气。

日军发动了争夺雷伊泰之战，麦克阿瑟全力部署应战。日军司令丰田海军上将坐镇台湾，策划如何攻取雷伊泰，他的主力部队由栗田海军中将统领，由7艘战斗舰、13艘重巡洋舰和3艘轻巡洋舰组成的舰队，由新加坡兼程驶向雷伊泰。他把舰队分成了两路，较小的一路由西村中将率领，经苏里高海峡进攻雷伊泰湾；另一路由栗田亲自率领直指圣贝纳迪诺海峡，从两面做钳形攻势。

圣贝纳迪诺海峡本来由哈尔西的第三舰队的主力第三十四特种部队防守，日军发现他实力雄厚，决定采用调虎离山之计，命令大泽中将率领四艘逾龄运输舰及两艘由战斗舰改装的运输舰从日本本土驶向圣贝纳迪诺海峡，佯做攻势。哈尔西正在抱怨防守无事，不甘心待在那里无所作为，发现敌舰来攻怎么肯放过，加上敌舰不堪一击，正好乘胜追击，歼灭敌军。

1944年10月23日夜里，两艘美国潜水艇在婆罗洲发现了栗田舰队，第二日早晨，把日方两艘巡洋舰击沉了，并通知哈尔西和金凯德要加倍小心。这时，大泽正在实施调虎离山之计，但是美国的空军却发现了栗田舰队，正在猛烈轰击，终于把敌军的主力舰“武藏号”炸沉海底。哈尔西搜觅敌人踪迹时，正好遇上了大泽用作诱饵的舰队，立刻追击，谁知正好中了敌计，圣贝纳迪诺海峡的门户洞开，栗田便深夜返航，乘虚攻入。

另一路西村舰队趁晚上进入了苏里高海峡，美国海军少将杰西·奥尔登多夫守在峡口，不动声色，等敌舰全部通过后，立即封锁反攻，西村溺毙，全军覆没。

金凯德见西村全军覆没，敌军主力舰及其他船只被炸沉了好多艘，以为敌方的自杀舰队已遭歼灭，哈尔西第三舰队仍在防守圣贝纳迪诺海峡，所以没有派空军去巡逻，等在海峡发现了栗田舰队后，十分震惊，急忙向哈尔西发电求援，但毫无反应，半个小时后，再急电呼救，仍无反应。原来，此时哈尔西远在500多公里外，正与大泽相互周旋，紧急关头，忽然出现奇迹，正当栗田舰队在距离目标60多公里内瞄准大炮时，金凯德的反潜艇驱逐舰队刚好赶上，向敌舰猛烈攻击，金凯德舰上的飞机全部起飞，加入攻击，敌军误以为航空母舰赶到，陷入混乱，毫无目的地到处开炮猛烈射击，狼狈败退。

这一场大卫和哥利亚之战是海军史上最勇猛的战争。参战军舰总计282艘，较1916年的吉德兰之役参战军舰250艘更多，而吉德兰之役，双方没分出胜负，而这一场却是决定性的战斗。美方损失航空母舰一艘、护航舰两艘和驱逐舰三艘，日方损失航空母舰四艘、主力舰三艘、重巡洋舰六艘、轻巡洋舰三艘和驱逐舰八艘。经此一战，日军便一蹶不振，注定离失败不远了。

事后，大家追究哈尔西擅离圣贝纳迪诺海峡的责任，他成了众矢之的。面对大家的喋喋不休，麦克阿瑟大发雷霆，拍案大喝，说：“够了！不要再难为他了，他在我的心中仍是一位骁勇善战的海军上将。”

在麦克阿瑟的心目中，伟大的军人本色就是忠诚，哈尔西过去对麦克阿瑟一向忠诚，所以现在他也应该对哈尔西忠诚。

一个简单而隆重的仪式，在雷伊泰的塔克洛班举行，奥斯梅纳正式宣誓就任菲律宾总统，麦克阿瑟和奥斯梅纳分别向菲律宾人民广播。然后麦克阿瑟和美军将领便赶回司令部研究战况，策划下一步抵御敌人的策略。

温莱特在中国吉林省的奉天俘虏集中营内，想着麦克阿瑟的成功，用自来墨水笔、自动铅笔甚至手表来交换消息，他听到麦克阿瑟登陆莱特岛的消息后，大感欣慰，他曾记述：“道格拉斯遵守了他重返科雷吉多尔的诺言，他终于回来了。”