莫扎特虽然遵从了父亲的意思离开巴黎，但是他并没有一路马不停蹄地直接赶回萨尔斯堡。9月，莫扎特从巴黎出发，一路上常常停下来为音乐会演奏，11月抵达曼海姆，他仍然希望能在德国歌剧院里找到工作，但是没有如愿。这一时期的曼海姆发生了一些重大的改变，宫廷和其中的乐器都已迁移到慕尼黑。阿蕾西亚在与莫扎特分开之后，受聘为歌手，也去了那里。莫扎特立即前往慕尼黑。

当莫扎特出现在阿蕾西亚家中时，阿蕾西亚并没有表现出情人久别重逢该有的兴奋和欢愉，她抛弃了莫扎特。当时她的事业正在顺利地展开，心中有着比结婚更大的事要做，那就是成为一位成功的音乐家，举办巡回演出。

多年以后，阿蕾西亚追忆莫扎特的时候，还谈到了这次拒绝。她说，自己当时对莫扎特的伟大天才一无所知，只看到“一个前途坎坷郁郁不得志的小人物”。

莫扎特的反应有些矛盾，他曾坐在钢琴前弹奏一首流行歌曲，其中有一句歌词是：“我将高高兴兴地离开那个不要我的女孩。”

可是，利奥波德的一位朋友写信告诉他说，莫扎特因遭到抛弃而萎靡不振，他希望利奥波德对莫扎特的态度能尽量温和，因为“他的整个快乐和欣喜都集中在他父亲和姐姐的身上。除了他们，世界上的任何人和物对他都毫无意义。”

由此可见，莫扎特的个性和他的音乐一样，欢乐和悲哀同时同地并肩存在。

1779年1月，莫扎特回到萨尔斯堡，担任宫廷的风琴手之职。

他回来后的前两首作品，一喜一悲，风格十分对立。它们都是使用两种独奏乐器的协奏曲。双钢琴协奏曲（K.365）是为他和南妮尔写的，具有愉快的吸引力；而小提琴与中提琴协奏曲（K.364）则显露出深沉的忧郁和深情，而且充满痛苦。

这期间，他继续写一些节日性的户外音乐，在贵族们要求的纯粹的娱乐中渐渐加入严肃的感觉。在他的第九号小夜曲（K.320）中，他加入了一种马车喇叭，这是马车夫用来宣布抵达目的地时用的喇叭。

莫扎特还为一幅圣母玛利亚画像的加冕写了一首弥撒曲，但是这首《加冕弥撒曲》（K.317）听起来却有歌剧的味道，风格很像后来《费加罗的婚礼》中令人难以忘怀的爱情曲调。

莫扎特以两首新的交响曲结束了这段时期。第三十三号交响曲（K.319）和第三十四号交响曲（K.338），前者听起来高贵而骄傲，后者则在结尾处加入了狂热活力的旋转舞蹈，似乎比喻扫开了前进路途中的每一个障碍，包括忧郁的心境。