儒墨两家根本上不同之处，在于两家哲学的方法不同，在于两家的“逻辑”不同。《墨子·耕柱篇》有一条最形容得出这种不同之处。
叶公子高问政于仲尼，曰：“善为政者若之何？”仲尼对曰：“善为政者，远者近之，而旧者新之。”（《论语》作“近者悦，远者来。”）
子墨子闻之曰：“叶公子高未得其问也，仲尼亦未得其所以对也。叶公子高岂不知善为政者之远者近之而旧者新之哉？问所以为之若之何也。……”
这就是儒墨的大区别，孔子所说是一种理想的目的，墨子所要的是一个“所以为之若之何”的进行方法。孔子说的是一个“什么”，墨子说的是一个“怎样”，这是一个大分别。《公孟篇》又说：
子墨子问于儒者，曰：“何故为乐？”曰：“乐以为乐也。”子墨子曰：“子未我应也。今我问曰：‘何故为室？’曰：‘冬避寒焉，夏避署焉，室以为男女之别也。’则子告我为室之故矣。今我问曰：‘何故为乐’曰：‘乐以为乐也。’是犹曰：‘何故为室？’曰：‘室以为室也。’”
儒者说的还是一个“什么”，墨子说的是一个“为什么”。这又是一个大分别。
这两种区别，皆极重要。儒家最爱提出一个极高的理想的标准，作为人生的目的，如论政治，定说“君君、臣臣、父父、子子”；或说“近者悦，远者来”；这都是理想的目的，却不是进行的方法。如人生哲学则高悬一个“止于至善”的目的，却不讲怎样能使人止于至善。所说细目，如“为人君，止于仁；为人臣，止于敬；为人父，止于慈；为人子，止于孝；与国人交，止于信。”全不问为什么为人子的要孝，为什么为人臣的要敬；只说理想中的父子君臣朋友是该如此如此的。所以儒家的议论，总要偏向“动机”一方面。“动机”如俗话的“居心”。
孟子说的“君子之所以异于人者，以其存心也，君子以仁存心，以礼存心”。存心是行为的动机。《大学》说的诚意，也是动机。儒家只注意行为的动机，不注意行为的效果。推到了极端，便成董仲舒说的“正其谊不谋其利，明其道不计其功”。只说这事应该如此做，不问为什么应该如此做。
墨子的方法，恰与此相反。墨子处处要问一个“为什么”。例如造一所房子，先要问为什么要造房子。知道了“为什么”，方才可知道“怎样做”。知道房子的用处是“冬避寒焉，夏避署焉，室以为男女之别”，方才可以知道怎样布置构造始能避风雨寒署，始能分别男女内外。人生的一切行为，都是如此。如今人讲教育，上官下属都说应该兴教育，于是大家都去开学堂，招学生。大家都以为兴教育就是办学堂，办学堂就是兴教育，从不去问为什么该兴教育。因为不研究教育是为什么的，所以办学和视学的人也无从考究教育的优劣，更无从考究改良教育的方法。我去年回到内地，有人来说，我们村里，该开一个学堂。我问他为什么我们村里该办学堂呢？他说：某村某村都有学堂了，所以我们这里也该开一个。这就是墨子说的“是犹曰：何故为室？曰：室以为室也”的理论。
墨子以为无论何种事物、制度、学说、观念，都有一个“为什么”。换言之，事事物物都有一个用处。知道那事物的用处，方才可以知道他的是非善恶。为什么呢？因为事事物物既是为应用的，若不能应用，便失了那事那物的原意了，便应该改良了。例如墨子讲“兼爱”，便说：
用而不可，虽我亦将非之。且焉有善而不可用者？（《兼爱下》）
这是说能应“用”的便是“善”的；“善”的能应“用”的。譬如我说这笔“好”，为什么“好”呢？因为能中写，所以“好”。又如我说这会场“好”，为什么“好”呢？因为他能最合开会讲演的用，所以“好”。这便是墨子的“应用主义”。
应用主义又可叫做“实利主义”。儒家说：“义也者，宜也。”宜即是“应该”。凡是应该如此做的，便是“义”。墨家说：“义，利也。”（《经上篇》。参看《非攻》下首段）便进一层说，说凡事如此做去便可有利的即是“义的”。因为如此做才有利，所以“应该”如此做。义所以为“宜”，正因其为“利”。
墨子的应用主义，所以容易被人误会，都因为人把这“利”字“用”字解错了。这“利”字并不是“财利”的利，这“用”也不是“财用”的用。墨子的“用”和“利”都只指人生行为而言。如今且让他自己下应该主义的界说：
子墨子曰：“言足以迁行者常之，不足以迁行者勿常。不足以迁行而常之，是**口也。”（《贵义篇》）
子墨子曰：“言足以复行者常之，不足以举行者勿常。不足以举行而常之，是**口也。”（《耕柱篇》）
这两条同一意思，迁字和举字同意。《说文》说：“迁，登也。”《诗经》有“迁于乔木”，《易》有“君子以见善则迁”，皆是“升高”“进步”之意，和“举”字“抬高”的意思正相同（后人不解“举”字之义，故把“举行”两字连续，作一个动词解。于是又误改上一“举”字为“复”字）。六个“行”字，都该读去声，是名词，不是动词。六个“常”字，都与“尚”字通用（俞樾解《老子》“道可道非常道”一章说如此）。“常”是“尊尚”的意思。这两章的意思，是说无论什么理论，什么学说，须要能改良人生的行为，始可推尚。若不能增进人生的行为，便不值得推尚了。
墨子又说：
今瞽者曰：“钜者，白也（俞云，钜当作岂。岂者皑之假字）。黔者，黑也。”虽明目者无以易之。兼白黑，使瞽取焉，不能知也。故我曰：“瞽不知白黑”者，非以其名也，以其取也。
今天下之君子之名仁也，虽禹汤无以易之。兼仁与不仁，而使天下之君子取焉，不能知也。故我曰：“天下之君子不知仁”者，非以其名也，亦以其取也。（《贵义篇》）
这话说得何等痛快？大凡天下人没有不会说几句仁义道德的话的，正如瞎子虽不曾见过白黑，也会说白黑的界说。须是到了实际上应用的时候，才知道口头的界说是没有用的。高谈仁义道德的人，也是如此。甚至有许多道学先生一味高谈王霸义利之辨，却实在不能认得韭菜和麦的分别。有时分别义利，辨人毫芒，及事到临头，不是随波逐流，便是手足无措。所以墨子说单知道几个好听的名词，或几句虚空的界说，算不得真“知识”。真“知识”在于能把这些观念来应用。
这就是墨子哲学的根本方法。后来王阳明的“知行合一”说，与此说多相似之点。阳明说：“未有知而不行者。知而不行，只是未知。”很像上文所说“故我曰：天下之君子不知仁者，非以其名也，亦以其取也”之意。但阳明与墨子有绝不同之处。阳明偏向“良知”一方面，故说：“尔那一点良知，是尔自家的准则。尔意念著处，他是便知是，非便知非。”墨子却不然，他的是非的“准则”，不是心内的良知，乃是心外的实用。简单说来，墨子是主张“义外”说的，阳明是主张“义内”说的（义外义内说，见《孟子·告子篇》）。阳明的“知行合一”说，只是要人实行良知所命令。墨子的“知行合一”说，只是要把所知的能否实行，来定所知的真假，把所知的能否应用来定所知的价值。这是两人的根本区别。
墨子的根本方法，应用之处甚多，说得最畅快的，莫如《非攻》上篇。我且把这一篇妙文，抄来做我的“墨子哲学方法论”的结论罢。
今有一人，入人园圃，窃其桃李，众闻则非之，上为政者得则罚之。此何也？以亏人自利也。至攘人犬豕鸡豚者，其不义又甚入人园圃窃桃李。是何故也？以亏人愈多，其不仁兹甚，罪益厚。至入人栏厩，取人牛马者，其不仁义又甚攘人犬豕鸡豚。此何故也？以其亏人愈多。苟亏人愈多，其不仁兹甚，罪益厚。至杀不辜人也。扡其衣裘，取戈剑者，其不义又甚入人栏厩取人马牛。此何故也？以其亏人愈多，苟亏人愈多，其不仁兹甚矣，罪益厚。当此天下之君子皆知而非之，谓之“不义”。今至大为“不义”攻国，则弗知非从而誉之，谓之“义”。此可谓知义与不义之别乎？杀一人，谓之不义，必有一死罪矣；若以此说往，杀十人，十重不义，必有十死罪矣；杀百人，百重不义，必有百死罪矣。当此，天下之君子皆知而非之，谓之“不义”。今至大为不义攻国，则弗知非，从而誉之，谓之“义”。情不知其不义也，故书其言以遗后世。若知其不义也，夫奚说书其不义以遗后世哉？今有人于此，少见黑曰黑，多见黑曰白，则以此人不知白黑之辩矣。少尝苦曰苦，多尝苦曰甘，则必以此人为不知甘苦之辩矣。今小为非则知而非之，大为非攻国，则不知非，从而誉之，谓之义。此可谓知义与不义之辩乎？是以知天下之君子，辨义与不义之乱也。