对于一位掌握稳局者来说，各个职能部门都是自己的左右手。职能部门当然有主次之分，而要害的部门一定要牢牢控制在自己手中，而且每一要害部门都要有一批有能耐的“自己人”。对这个问题，康熙始终高度重视，因为他深悉个中玄机。

清朝初年内廷设立书房。天聪十年皇太极改国号为清后又改称内三院，即内国史院、内秘书院和内弘文院，但性质不变，成为抵制诸王、加强皇权的有力武器。顺治十七年，顺治帝为加强自己权力，又于景运门内建造直房，选翰林院官员分三班值宿，以备不时召见顾问，成为内廷书房之雏型。

康熙初年，内三院已逐渐成为辅政大臣结党营私，甚至侵犯皇权的工具，因此康熙在剪除鳌拜势力之后，立即废除内三院，重建明代内阁和翰林院建置，并选择翰林院官员入值内廷，创设南书房。

康熙十三年，沈荃外擢国子监祭酒，次年熊赐履升为内阁学士并超授武英殿大学士兼刑部尚书，不久又因事夺官侨居江宁，南书房乏人。而此时正是平定“三藩”叛乱决战胜负的关键时刻，急需补充水平更高的儒臣入值，以备随时咨询、应对。

内阁汉大学士李蔚、杜立德等人，遂即会同翰林院掌院学士，选送张英等翰林五人具奏。经康熙亲自筛选，确定侍讲学士张英入值南书房，食四品俸；书写之事只令高士奇负责，食六品俸。他们和励杜讷一起，均于皇城之内赐第。

自此以后，入值南书房的内廷翰林，不仅辅导皇帝读书写字，讲求学问，时备顾问，而且还代拟谕旨，编辑典籍，从而使南书房在交流民族文化、缓和民族矛盾方面发挥了重要作用。

特开博学鸿儒科，是康熙为进一步笼络汉族士大夫的又一重要举措。

博学鸿儒科又称博学宏词科，本是唐宋时期科举考试的一种形式，因是在进士及第者中选拔渊博能文之士，要求极高，考取极难，故未能普及推广。元明清时期，科举仍以进士科为主，并专以八股文取士。这种形式在明清之际受到怀念明朝、拒绝效忠清朝的名节之士的冷落。尽管康熙曾一再利用荐举的方式敦请他们出仕任职，却收效甚微，不得不考虑采取特殊方式。

康熙十五年五月以后，平定吴三桂叛乱的胜局一定，陕西、福建、广东、江西等地相继恢复，各路大军齐集湖南，准备对吴三桂势力发动最后的进攻，明朝遗老复辟故国的最后幻想已经破灭。康熙考虑到这是个笼络“气节之士”的绝好机会，便于康熙十七年初宣布特开博学鸿儒科，欲借唐宋时期博学宏词科的名义收罗这些“气节之士”。为加重此科的地位，特将“宏词”一名改为“鸿儒”以尊崇之，同时改变原有做法，采取两汉时期荐举与考试相结合的办法，使该科具有一定的吸引力。

随后各级官员纷纷遵旨举荐所知，先后被推荐的名流学者、怀才不遇之士有170余人，来到北京准备考试者有150余人。

对于入选者，经过反复商酌，最后决定俱从优以翰林用，根据各人现任、候补、已仕、未仕等具体情况，分别授以侍读、侍讲、编修、检讨等职，命与右庶子卢琦等16人一起纂修《明史》。为达到广泛笼络的目的，康熙还特旨从与试未中者中选择年老之布衣处士陕西孙枝蔚等7人，以及因故未参加御试的太原人傅山、定兴人杜越，授以内阁中书，以宠其行。

通过博学鸿儒科的荐举，使康熙掌握了当时汉族名流学者的基本情况，为进一步搜罗人才提供了依据。如当时著名史学家万斯同即属被荐之人，虽未参与考试，仍被聘参与编纂《明史》，只是他自己坚持以布衣身份参与其事才未授予官职。由于他熟知明朝史事，为《明史》复审所有书稿，历时19年，实际起到了总裁作用。

通过博学鸿儒科试及《明史》的编纂，康熙与汉族士大夫，特别是江南士大夫密切了关系。在被录取的50人之中，江苏就占23人，浙江占13人，安徽占3人，江西占2人。有些在顺治十八年“江南奏销案”中被降黜的汉族士大夫，如苏州人汪琬和无锡人秦松龄等人，通过博学鸿儒科被重新起用，自然感激有加。考取者不仅参与修史，其中不少人还受到重用，如汤斌、秦松龄、朱彝尊、潘耒、曹禾、严绳孙、王顼龄等曾被选任日讲起居注官后就改变了过去的高傲态度，凡职所当尽者无不夙夜兢兢，以报圣祖知遇之恩。