段芝贵、李纯等人夺回湖口后，乘胜直捣南昌。李烈钧刚好收集败军，退守吴城。吴城距南昌省城只有一百八十里，李烈钧到此地后，便派党人赴省城勒逼民财，输作军饷。省中商民怨声载道，都骂欧阳武勾结乱党，扰乱南昌。此时，北京已传达命令，撤销欧阳武护军使的职务，并令段芝贵、李纯严行拿办。欧阳武正准备出走，又接到李烈钧的败信，便立即收拾细软，一溜烟地逃了。李烈钧一直败退至南昌，令城内居民立即迁移，打算坚壁清野，进行扼守。南昌商民惊慌失措，都说李军入城抗拒官军，全城势必糜烂、玉石俱焚，因而召集商会头目，决定出三十万大洋给李军，请他不要进城。李烈钧同意，收了银圆便移师万家浦，驻扎候战。李纯率同水陆各军踊跃前来，李烈钧下令迎击。无奈李列钧全军屡战屡败，士气低迷，一经战斗，就像秋风陨箨、旭日凌霜。李烈钧支持不住，索性向南窜逃，其部众有的逃走，有的投降。李纯收军进城，揭榜安民，当下将肃清江西的捷报传达北京和各省。

柏文蔚率同胡万泰入据安庆，在城外遍布兵队，严防倪军。得知倪嗣冲已攻克寿州，直逼省城，胡万泰忽起变心，竟脱离柏文蔚自张一帜。并揭示柏文蔚的罪行，函致议会、商会，想逐柏出城。于是，议会、商会公举代表数人，劝柏退让，柏已形神俱丧，只好答应出城，前往芜湖。胡万泰立即取消独立，并亲赴九江拜访段芝贵。段委托他收复大通、芜湖等处。另派旅长鲍贵卿驻守安庆，随后又电告倪嗣冲。当时政府已下令，特任倪嗣冲为安徽都督兼民政长，催他尽快上任。倪嗣冲电致胡万泰，说马上就到，已先派统领马联甲率部前往，一切军事计划可与马商酌办理。胡立即回省等马，并派旅长顾琢塘带三个营的兵力去围剿大通、芜湖等处。而后胡又命鲍贵卿率三营前去接应。顾先到大通击逐乱兵，再转攻芜湖。此时，柏文蔚又从芜湖转赴南京，只留龚振鹏一军奋力抗敌。顾琢塘、鲍贵卿、马联甲先后带兵赶到芜湖，围攻龚军。龚振鹏自知不敌，率众逃走。芜湖取消独立，安徽恢复平静。福建都督孙道仁听说江西、安徽相继失败，马上转风，立即取消独立。并将所有罪名都归到师长许崇智的头上，将他驱逐，并解散了讨袁同盟会。

福建、广东是毗连省份，福建取消独立，广东自然受影响。第二师师长苏慎初撵逐陈炯明，宣布取消独立。全城燃炮鸣贺，商会推举苏为临时都督，但军警不服，只好另举第一师长张我权为都督。北京袁政府特任龙济光为广东省都督兼民政长。龙督军东下，径赴省城。途中突然接到袁总统命令：“苏、张两师长各争权利，擅自督粤，现革军官军职，交龙济光认真查办，以儆效尤。”命令传至省城，苏、张二人早已闻风而逃。龙入城受任，军民开城欢迎。广东恢复平静。

湖南军界推举蒋翊武为总司令，倡言北伐，调动澧州、常德一带军队，进攻荆州下属石首、公安二县。黎元洪派荆州镇守使丁槐出兵抵御。湘军连战连败，逃了回去。丁槐因为职守所在，不便追剿，所以湖南独立如故。接着武昌城内的湖南旅馆又隐设机关，暗图起事，被侦探报告黎兼督，捕戮了几十个人，多为湖南派来的秘党。黎兼督认为湖南、湖北相连，湖南多事，终会影响湖北，于是写信给湖南都督谭延闿，劝他撤销独立。谭的回复极为圆滑，说：“独立并非本意，为军界所胁，暂借此名，保护治安。鄂、湘唇齿相依，决不会自相残杀，现已竭力防乱，请黎兼督放心。”直到江西起事失败，北军将移师南向，蒋翊武自知惹祸，便与死党唐蟒慌忙潜逃了。长江巡阅使谭人凤，听到风声也脚底抹油逃跑了。湖南又平静下来。

长江上下游，除熊克武占据重庆外，只有江南一个地方尚由何海鸣占住，不肯罢手。何委任唐辰为省长，刘杰为警察厅长。唐、刘二人常对身边的人说：“做一刻，算一刻，也不管什么成败了。”何海鸣也这么想，反正北军还没有合围，他也乐得统领孤军做几天总司令，逞些威风，也不枉经历一生。更何况金陵虎踞龙盘，素称险固，不管北军如何威武，一时也夺不去，所以昂然自若，并不畏缩。冯国璋、张勋二将先派师长张文生、徐宝珍进攻，结果鏖战数日，不但没得手，反而被狮子山上的大炮击毙了好几百人。徐师长的得力干将阵亡了好几个，就连徐师长也受了轻伤。张勋得报后极为愤怒，亲率全队渡江，并调集上海各兵舰，赴南京会攻。当下，水陆夹击，将南京的屏障紫金山占领，城中这时才恐慌起来。何海鸣只能笔战，不能兵战，于是另推举张尧卿为都督，统兵扼守。

张勋完全占据天保城后，又乘胜攻打雨花台，并亲自开列条款，劝何海鸣速降。当时，柏文蔚正好到达南京，城中也算得了一员干将。南京军悄悄出城，抄到张军背后，掩袭天保城，又将天保城夺了回来。此事惹恼了张辫帅，他再次催冯军渡江助战。这时，徐宝珍病已痊愈，也重临战地，不断用巨炮、烈弹猛击天保城，杀退南军，再次夺回了天保城。此时冯军也到了聚宝门外，准备攻打雨花台。张、徐两军也进逼太平、朝阳两门。南军更迭出战，都被击退。城外尸骸累累，由于来不及掩埋，又经烈日熏蒸，臭烂扑鼻。张尧卿触目惊心，决定卸职，将都督印信让给了柏文蔚。柏以兵单饷绌不肯担任，经何海鸣从旁婉劝才勉强应允。但城中守兵伤一个少一个，城外的北军却一天比一天多，而且是昼夜围攻。紫金山和天保城的炮弹纷纷向城内射击，像急风暴雨一般，猛不可当。城内兵民一经触着，无不伤亡。何海鸣还算精神抖擞，整日巡查，不敢怠慢。但是军饷没有着落，只能每天向商会索要。可此时北兵压境，商旅不通，还有什么现钱供他索要？柏文蔚看到这种情形，知道已是朝不保夕，而且城外强敌如林，不禁忧惧交并，便下城对何海鸣说道：“北军势必合围，炮火又猛，城中乏饷，兵不应命，这是必败的情景，看来此城是守不住了。”何海鸣勃然道：“海鸣愿誓守此城，城存与存，城亡与亡。”话还没说完，旁边站着的张尧卿插口道：“万一此城陷落，张勋入城后还可与他巷战，并有炸弹队可以制敌，我想不至于一败涂地。”柏文蔚默然不答，但摇首示意。第二天，柏文蔚便带领随从军队，潜出南门逃走了，只留下一封信给何海鸣：“金陵困守终非久计，弟已出南门去了，君好自为之！”何海鸣见了此函，知他去意已坚，不再挽回，改推韩恢为都督，发誓死守。

冯国璋军、雷震春军一齐到来，四面包围。枪声满地，炮火遮天，满城绅商都吓得魂不附体，只得选派代表劝何海鸣让城。何便与第八师兵士向绅商索要十万银洋，其中八万补助军饷，两万作为路费。可怜绅商已计穷力竭，一时筹不出十万银洋，只好以全城公民的名义致书何海鸣：“如果筹款是为解散军队，我们自会筹集钱财，陆续上交。但是你们既然需要补助军饷，也应择地出城备战，不能闭城不出，使城内数十万生命同归于尽。人道何在？天理何存？”何主笔答复道：“打一天要饷一天，打一年要饷一年。要活同活，要死同死，宁为共和死，不为专制活。”这话一传出，大家又气又笑，顿时全城罢市，店门外面多写着“本店收歇，人死财绝”八字。士兵们还以为商户想反抗，索性直接进去抢掳一空。绅商急得没办法，只好同意筹赠十万元，让何海鸣退出南京。何海鸣担保，只要有了银钱，无论退让与否，决不骚扰居民。第二天，商会便将筹集的钱交给了他。

到了八月二十九日，北军的火力越来越猛，张勋又开条件，招降何海呜，何仍置之不理。张尧卿托词募兵，混出城外，韩恢也避匿不见。何见大势已去，催令商会缴齐款项以便出走。商会已缴过七万，仍缺三万，实在是想不到办法，只能再等几天。于是，何海鸣将所有兵队移扎城南，打算款项一到手就一挥出城，避开死路。等到九月一日，款项尚未缴齐，北军已经攻进城里了，南京城城墙被大炮炸开数丈。何海鸣见军队溃散便从南门逃脱，后来也航海出洋，与一帮亡人逋客，一起做海外华侨去了。

张勋、雷震春二军一进城，就在城里遍插红旗。他们无暇追敌，而是借着搜剿的名义，挨门逐户随便闯入。只要有箱、笼等物便用刀劈开，不管银饼、纸币还是黄白钗钿，都随手取来塞入怀中，就连裘衣缎服也要挑取几件拿走。如果有人阻拦，不是一刀，就是一枪。最可恨的是，瞧着年轻妇女，他们便随意猥亵、污辱。南京人原以为北军入城可以少点灾难，不料火上添油，比此前何军在的时候还要**凶，尤其是蓝衣辫发的悍卒更是无恶不作，大家只好逃入洋人教堂请求保护。洋人颇加怜惜，答应收留。当时，青年闺秀、半老徐娘也不怕抛头露面了，相继跑入教堂。无奈教堂狭小人多，容不下这么多妇女，先到的还可以促膝并坐，后到的只有挨肩立着。那辫发兵追到教堂外面，只能遥望窃视，终究不敢强行闯入。北军要杀就杀，要夺就夺，要抢就抢，要奸就奸。第一天已是**掠不堪，第二天更为厉害，到第三天简直是明目张胆，尽情抢砸民商的箱柜，连幼女老媪也要受他们的糟蹋。想当初扬州十日，嘉定三屠，也不过这般血幕！

张勋、雷震春二军在南京城内**掠三日后，才有军令到来，严禁扰民，违令者斩。第四日，张大帅入城，士兵一个个都遵规守令，不敢再胡作非为。当时，南京人民都怀疑士兵劫**三日的行为是受张勋暗示。其实张勋在城外，并非没有下军令，不过所有部众都阳奉阴违。直到抢劫两天后，外国医院内一个叫马林的医生，实在看不下去，跑到城外报告张勋，劝他尊重人道，严申军诫。张勋当时还说部属不至于那样，只派兵官入城弹压，再颁禁令。这时，全城居户已经十室九空，所有妇女人等，或死或逃，掠无可掠，**无可**，自然应令即止了。冯国璋也率军进城，当即会同张勋、刘冠雄、雷震春联衔告捷，电致北京政府。当天晚上，就接到袁总统的复电，免不了对所有将领加官晋爵，同时下令严捕乱党首领。接着，袁总统又发来两封电报，一是免去程德全江苏都督一职，一是任命张勋为江苏都督。张勋喜如所愿，当然快慰。只是南京百姓受了张军的荼毒无从控诉，只能自认倒霉。然而，就在这场掠城的暴行中，却有三名日本商人也被杀害，日商也被抢掠。日本政府岂肯善罢甘休，立即向中国政府提出严重交涉，一要政府谢罪，二要严办凶犯及当地官员，三要重金抚恤及悉数赔偿。袁总统忙令李盛铎南下调查，酌量赏恤；并命张勋速查凶手，从严治罪，同时面向日使道歉。

此事一出，张勋也觉得不安。而且冯军入城，秋毫未犯，南京人多慕冯怨张。于是，张大帅也易威为爱，特派宣慰员十多人挨家挨户去道歉，并下令凡有收藏人民衣物的，限三日内缴至商会，逾限不缴，查出以军法处治。第二天，就有衣物被抛弃在路边。商会命失主认领，哪知所有物件都是些敝衣粗服、旧铜烂铁，不值多少钱。小户人家出去检认，还能找到几件；富家大户仍然一物没有，只能空手而归。

冯国璋、刘冠雄二人奉命回任，雷震春代任巡阅使。江苏民政长改任韩国钧，并督办皖北、江北剿匪事宜。东南一带暂时平静。

四川陆军第三师师长熊克武响应东南，占据重庆，宣告独立。熊本打算顺流而下，联络湘军，进窥湖北。不料，湘军已取消独立，湖北边防又很坚固，几乎无隙可乘。于是，熊克武派弟弟熊克刚带领党徒，携款到湖北，动员宜昌、施南军队。熊克刚行经巴东县时被驻防的第十团二营军队抓获，营长殷炯立即上报。黎元洪下令，把这些乱党就地正法。袁总统听说熊克武叛变，忙命黎调军西征，并会合云南、贵州、湖南三省助剿重庆，四川省都督胡景伊也遣兵出击。小小一个熊克武，怎能敌得住五省人马？熊克武只好电告川省，自请求和。四川都督勒令交出乱首，才代为调停，熊克武不从。川军于是进逼重庆，贵州省都督唐继尧也派了混成协一队援川。熊克武孤危得很，忙派人四处活动，仍没什么效果，只有川边经略使尹昌衡的部下，军法局长张煦被熊勾结，准备起事。尹昌衡正出师驻边，留张煦驻丹巴县，照顾饷械。张煦趁机鼓动众人响应熊克武，还自称川边大都督北伐司令，将所辖的两个营和渝中三千余党羽编成混成旅，从丹巴日夜兼程返回泸城，攻入观察使颜镡署中。尹昌衡的父母以及一妹一妾也在泸城，均被张煦软禁起来。张煦致书尹昌衡，迫令他反抗中央，声称如有不从，便屠戮他全家。

尹昌衡得知警情后，立即率领数骑奔回泸城，行至泸定桥时被张煦兵截住。尹一看，原来该兵管带是周明镜，便大呼道：“周管带，你为何反抗中央？”周明镜见是尹昌衡，也不敢抗拒，挺身上前，行过军礼才答道：“都督前来，莫非还不知道独立的事？”尹道：“我正为独立而来，须知螳臂当车，不屈必折。试想东南数省，彼也讨袁，此也北伐，眼下听说都已失败，难道我川省一隅，能独立起来吗？昌衡是本省人，做本省官，不忍我故乡父老、旧部弟兄同归于尽。所以孤身来此，与诸君讲明利害，听我今日，否亦今日，请你等自酌！”周明镜慢慢答道：“都督嘱咐，不敢不听，请都督入营少憩。”尹便驰入军营，又对众士兵道：“弟兄们来此当兵，在家的父母妻儿，今朝盼望你做队长，明朝盼望你做团长，此后还盼望你连步升官，光耀门楣。岂可为了一时意气，自投死路不顾家室？今日的事情与前日亦大不相同，前日是满人为帝，始终专制，不得已起革命军；今日是共和时代，总统是要公举，做了总统也是有年限的，任满便要卸职。何况现在的袁总统还是临时当选，不是正式就任，就是他违法行事也不过几月而止，大家何苦发难，弄得身家两败。而且五省人马相逼而来，眼见得寡不敌众，徒死无益，空落得父母悲号，妻子痛泣！”说到这里，几乎哽咽不能成声，泪也随之而下。众兵士听了此话，不由得被他感染，全都垂头暗泣。尹昌衡又朗声道：“我言已尽于此，请弟兄们自行酌夺，信我尹昌衡的就站在左边，信他张煦的就站在右边。”大家都走向了左侧。尹昌衡立即发令东进，并将所说大意录述成文，到处张贴。

行了大概五里地，又遇到赵城、王明德率兵前来。尹昌衡命周明镜出马晓谕，力陈利害。赵城、王明德不肯服从，命部众开枪，哪知部众已经离心，多是面面相觑，不肯举枪。等赵、王再下令时，部众竟驰过了桥，投入尹军军中。尹原打算督领过桥，不料骤雨倾盆，天色昏黑。忽然传来一声怪响，好像天崩地塌一般，尹急忙命前队探视，原来是桥梁木板被敌人拆断了。尹昌衡立即命兵众修搭桥梁，渡桥追敌。

到了第二天早晨，赵城和王明德被擒获。尹昌衡与二人本是熟识，也不细问，就将他们斩首，枭示军前。等尹军赶到泸城时，川边大都督北伐司令张煦已逃之夭夭，不知去向了。幸亏尹父母家属不曾被害，总算骨肉团圆，合家庆幸。尹昌衡悬赏万金缉拿张煦，又电达北京，详陈泸城肇乱及戡定情形。

熊克武失去了臂助，愈加惶急。贵州省都督派遣的黄毓成有意争功，步步进逼，历拔綦江、熊家坪诸要隘，进捣重庆。川军也自西向东，日夜兼程。黄毓成听说川军马上就要到了，昼夜攻扑。熊克武料到孤城难保，竟夜开城门，独自逃生。贵州军一拥入城，除揭示安民外，立即电京报捷。袁总统自然心慰，免不了照例下令，授黄毓成勋五位。

后来，袁总统又命黄毓成为四川重庆镇守使，川境也一律肃清。不到两个月，革命军完全失败，所有革命人士都被袁政府斥为乱党，并下令通缉。此外，河南新蔡县、浙江省的宁波和广西的柳州刚起来独立，就被政府军镇压了下去。