东京大学文学部藏书，也按四库分类法，编有《东京大学汉籍コニナし所藏钞本目录》《东京大学汉籍コニナし所藏明版目录》。明版精本不多，但崇祯刊本《说文长笺》（序为崇祯四年，1631年）一百卷、《六书汉义》七卷，首二卷，明赵宦光撰，其子均等定，明末刊行，流传较少。明清小说也有收藏。

又在文学部中国哲学史室，见有光绪二十四年（1898年）大同译书局本《孔子改制考》，白纸正楷，与国内所见纸张不同。又见康有为《春秋董氏学》红本，康氏《中庸注》《论语注》都有，《大学注》终未找到。东大藏有《孔子改制考》初刻本和《春秋董氏学》红本，不知是否康氏或其弟子携来，上有印章“东京帝国大学图书馆印”。

又抄本中《论语义疏考订》，有吴骞序，注明由日本得之，也很珍贵。

另外光绪十四年（1888年）后邸抄、宫门抄也有收藏。