此外，二〇〇三年“SARS”（严重急性呼吸道症候群，大陆称“非典”）疫情风暴，袭击亚洲地区，造成民众身心陷入恐慌、焦虑、不安。尤其，台北市立和平医院爆发院内感染，造成多名医护人员的牺牲。疫情扩及全台北市，重创了台湾SARS医疗防护网。当时我正在日本弘法，听到这个消息，也感到相当的忧虑。为了安抚众人惊恐的心，特别发表《为SARS疫情祈愿文》和《写给和平医院遭隔离人士的一封信》。

SARS疫情发生期间，全球各地佛光协会共捐赠N95外科医疗口罩四十余万个、美金二十二万元、隔离防护衣十万余件、体温计三千支给台湾，作为抗SARS之用。我们也出席由高雄县政府联合各宗教，在高雄劳工中心举办的“挥别SARS，平安台湾”祈福感恩晚会；之后也应福建省厦门市南普陀寺住持圣辉法师之邀，前往厦门参加南普陀寺举行的“两岸佛教界为降伏‘非典’国泰民安世界和平祈福法会”。主要告诉大家，非典肆虐乃众生业力所致，降伏非典的重要武器是净化身心，人人做好事、说好话、存好心，内心有了善的力量，就能消除恶业。祈求早日脱离SARS阴霾，人心安定。

与高雄县杨秋兴县长、单国玺枢机主教，于高雄劳工教育中心举行“挥别SARS，平安台湾”祈福感恩晚会，一同点灯为民众祈福（二〇〇三年六月十四日）