对于宗主国而言，开拓殖民地的基本目的是获取经济利益，而不是任其自由发展，这是重商主义理论的基本要求，也是英国社会自我发展的迫切需要。内战爆发后，英国议会从英王手里接管了政治权力，出于与王权斗争的需要并考虑英国商人集团的要求，议会对殖民扩张问题表示关注。为了发展巩固与殖民地的关系，长期议会采取了授予殖民地以商业优惠特权的政策，这是长期议会执行殖民政策的开始。1643年10月，长期议会通过法令，任命罗伯特·沃里克（Robert Warwick）伯爵出任所谓“所有现在或未来由英王陛下臣民定居、开发或领有的美洲境内剩余岛屿以及其他殖民地的总督和海军最高长官”，由此组成了一个管理殖民地及其贸易的机构“沃里克委员会”。[80]该委员会尽管与当年查理一世时组建的以劳德大主教为首的殖民地管理委员会相似，但议会对殖民地进行集中管理的意图显露无遗。根据长期议会的指令，该委员会软硬兼施，一方面通过对殖民地实施进口关税优惠制度，以获得殖民地对议会的支持；另一方面对与议会作对或在议会与国王的斗争保持中立的殖民地的贸易予以打击。但长期议会基本不干涉或尽量回避殖民地的内部事务及相互之间的矛盾，诸如政治体制和边界问题，这种做法已经蕴涵了重商主义殖民政策的基本因素。

为了密切宗主国与殖民地的关系，长期议会主要关注殖民地的贸易。议会1644年发布命令，规定“任何商人……从英国运往新英格兰或从新英格兰运往英国的一切产品和商品，在英国以及新英格兰，都免交关税等税收或罚款。”1647年发布的法令规定各殖民地必须用英国船只来进行贸易，声称：“鉴于在弗吉尼亚、百慕大群岛、巴巴多斯岛以及美洲其它地方有许多殖民地可以扩大航行，对王国十分有利，对输入王国的这些殖民地产品征收的进出口税，无论在过去和现在都带来了好处……为更好地发展上述殖民地，为了帮助股东，在议会开会的上院和下院兹作出决定……凡是为满足这些殖民地日常生活所需而在那里推销的一切货物，我们王国任何一个臣民都可以从王国出口，除支付消费税外，免除一切关税、补助金、捐税或其它对商品征收的费用，期限3年，但不包括纽芬兰岛的殖民地……”[81]法令在给这些殖民地提供经济优惠的同时，又规定它们只能用英国船只装载本地产品运往其它国家，并规定对货物是否确实运往上述殖民地实行监督。此法令实际上已经提出了日后《航海条例》的基本原则，但是由于此时议会主要着眼于国内事务，无力严格执行有关法令，所以许多法令要么仅是权宜之计要么根本无法实行，有些法令甚至遭到殖民地的拒绝。马萨诸塞殖民地就断然否决英国议会在该殖民地的立法权，宣称“英国议会的法律不再有效，国王印章下的令状也同样如此”。[82]

1649年共和国成立之后，议会的殖民政策发生关键性的转变，变得更为积极主动和强硬。1649年2月13日成立的国务委员会在处理殖民地问题方面拥有全权，取代了“沃里克委员会”。议会责成国务委员会采取一切必要手段和措施强化对爱尔兰、泽西岛（Jersey Island）等殖民地的控制，加速各殖民地的归顺，保护和发展英国与殖民地之间的贸易及航运。此外，英国对由英国船只装运的殖民地种植园生产的烟草、蔗糖等产品实施优惠税率。此时，英国政府越来越意识到殖民地的重要性及其与宗主国的紧密关系，因此对殖民地的经济发展格外关注。1650年1月下院通过法令，责成新成立的“贸易协调委员会”不仅要注意发展“英国、爱尔兰沿岸的渔业，而且也要注意发展冰岛、格陵兰、纽芬兰岛以及新英格兰”和“任何其他地方”的渔业；“注意美洲和其它地方的英国殖民地，使之给共和国带来最大的利益，如何使殖民地增加产品，提高质量，以使（如果可能的话）仅从这些殖民地就能向英吉利共和国提供满足其需要的一切必需品”。[83]由此不难看出，共和国政府从英国的经济利益出发，正在试图依照帝国内分工的原则来确立宗主国与殖民地的关系和构建英帝国。根据这一原则，1650年10月，英国下院针对一些不承认共和国的殖民地颁布一项禁令，规定严禁与反叛的殖民地进行任何贸易往来，未经议会或国务委员会的事先批准，一切外国船只不得造访英属美洲殖民地。国务委员会有权派任何船只前往殖民地，有权任命上述任何一个殖民地的总督和其他官员，而不受过去的证书或其他法律文件的限制。[84]为了执行共和国的法令，英国政府派出由艾斯丘爵士（Sir George Ayscue）率领的一支强有力的舰队前往美洲。在共和国强大的武力面前，原效忠查理二世的巴巴多斯、安提瓜及百幕大于1651年归顺，弗吉尼亚及马里兰也于1652年屈服。法令中明确规定使用武力手段迫使海外殖民地归顺，这在英国海外殖民史上尚属首次。通过此行动，英国政府的目的显露无遗：“它不仅仅在于使反抗的殖民者饥饿而屈服，而且在于在全英国殖民地范围内用英国航船代替荷兰航船，并且以此为永久性的政策。”[85]很显然，共和国时期的英国一反过去对殖民地基本放任的态度，开始实施新的殖民政策，试图按经济原则加强对已有殖民地的控制并推进英国的殖民扩张。这一政策在护国主时期得到凸显与强化。

随着新殖民政策的确定，共和国时期的英国首先开始了对爱尔兰的军事征服，以武力全面推进其殖民化进程。诚如英国著名历史学家屈维廉所言：“共和政府再造不列颠帝国的初步工作为爱尔兰的制服。”[86]

虽说爱尔兰是英国的一个特殊殖民地，但英国从来没有彻底征服过爱尔兰，英国在爱尔兰的统治一直面临着爱尔兰民族势力和宗教势力的双重反对。1640—1641年间英国政局动**不安，长期议会预感到英国在爱尔兰的地位不稳，所以一再威胁要派兵前往厄尔斯特，平定所有的爱尔兰人和天主教徒。但是这种恫吓不仅没有奏效，反而促使爱尔兰的不满情绪加速爆发。1641年9月23日，以爱尔兰民族领袖费里姆·奥尼尔（Sir Phelim O'Neill）为首，爱尔兰人乘英国无力顾及的机会在厄尔斯特发动起义。起义者声称忠于英王，但他们实际上是要夺回属于自己的土地。此次先由爱尔兰人、后由部分老英格兰人参加的起义很快席卷全岛，使英国殖民者蒙受重大损失。史学家倾向于认为在爱尔兰的新教徒有1.2万人遇害，他们或被杀害，或是因为冻饿而亡。[87]为了镇压起义，英国投入大约3.5万人的兵力，但仍然控制不了局势。1642年10月，起义的领导者基尔肯尼（Kilkenny）成立“天主教徒联合总会”（General Association of the Confederated Catholics），[88]该组织设有最高委员会和两院制议会，提出爱尔兰议会独立、天主教徒享有充分的宗教和政治权利及归还被剥夺的爱尔兰土地等要求。“天主教徒联合总会”甚至于1643年9月宣布爱尔兰脱离英国而独立。

爱尔兰人发动起义是为了摆脱英国的统治，但这场起义又打着天主教的旗帜，而当时的英国革命则是在反对天主教的清教旗帜下进行的。从性质上看，爱尔兰起义不仅反对英国的殖民统治和压迫，而且也敌视正在同王党斗争的英国议会。因此，英国保王党人便企图利用爱尔兰起义来对付英国议会，将爱尔兰作为对抗的基地和堡垒。早在1642年，查理一世就任命爱尔兰人、王党分子奥蒙德（Ormond）为英国驻爱大臣，还从爱尔兰抽回一支军队，其中既有英格兰人，也有爱尔兰本地人。[89]1645年8月，英王又派英国天主教徒代表前往爱尔兰，与“天主教徒联合总会”领导人举行谈判，双方最后达成协议，规定联合总会派兵一万，会同王党军进攻议会军，英王则答应在爱尔兰实行宗教信仰自由。1648年初，内战以王党的失败而告终，英国成为共和国。然而，爱尔兰厄尔斯特省的保王党和长老会则拥戴国王之子查理·斯图亚特为新的国王，爱尔兰成了本地起义者和国外王党分子反对共和国的基地，使新生共和国面对巨大威胁。当时，奥蒙德联合了爱尔兰的天主教徒、芒斯特的新教地主、厄尔斯特的长老会派英格兰地主以及苏格兰地主，形成一个反对英吉利共和国的广泛同盟。在奥蒙德军队的进攻下，共和国在爱尔兰的军队屡遭败绩。到1649年夏，爱尔兰大部分地区已为起义军所占领，王党复辟军也占领了部分地区，共和国实际上只控制了都柏林、伦敦德里、邓多克（Dundalk）及其它一些较小的据点，总共大概不到爱尔兰土地的十分之一。[90]

不仅如此，内战爆发后，欧洲的天主教国家法国和西班牙及罗马教皇都试图支持爱尔兰起义，以削弱英国的新教力量，并在爱尔兰重建天主教权威。当时，西班牙就专门对一些爱尔兰军人进行训练，法国政府也答应向爱尔兰人提供武器和军费帮助。1642年8月，爱尔兰著名首领蒂龙伯爵的侄子欧文·罗·奥尼尔（Owen Roe O'Neill）和另一指挥官普雷斯顿将军（Thomas Preston）从欧洲大陆回到爱尔兰，受到老一代爱尔兰人和老一代英国人中天主教徒的欢迎，一些新教殖民者也加入反叛行列，爱尔兰起义的规模不断扩大。1645年10月，罗马教皇向爱尔兰派来了所谓的“圣使”，旨在恢复爱尔兰的天主教信仰，将爱尔兰重新置于教皇的权威之下。这些“圣使”来到后立即在极端宗教派别里担任领导，他们很快发现奥尼尔是唯一能使天主教事业赢得胜利的将军。[91]爱尔兰成了欧洲敌对势力和国际天主教势力反对英吉利共和国的重要跳板，这就强化了英吉利共和国平定爱尔兰反叛的决心。

表面上看，反对保王党人、防止外来干涉是克伦威尔远征爱尔兰的直接动因，但更深层次也是最基本的动因则是推行英国对爱尔兰的殖民政策，英国不允许爱尔兰脱离英国而独立。斯图亚特王朝时期英国没收了爱尔兰的大量土地，然后以极低价格卖给英格兰和苏格兰的大商人和大地主。1641年时，100英镑可在厄尔斯特购得1000英亩地产，在芒斯特购得600英亩地产。[92]1642年2月，为了筹措军费并组织军队镇压爱尔兰反叛，长期议会通过《冒险家法令》（Adventurers' Act），允诺将爱尔兰天主教徒的土地共计有250万英亩分配给出资征服爱尔兰的人。丰厚的回报吸引了大约1500名商人、金融家和大地主认购议会债券，资助对爱尔兰的战争。此后爱尔兰的归属问题就与英国资本的利益紧密联系在一起了，若失去爱尔兰，就意味着失去在爱尔兰的土地。这些人既是远征爱尔兰的主要支持者，又是英国殖民利益的忠实体现者。

于是，共和国成立之后，英国新的统治者便开始实施对“天主教和保王党的爱尔兰的征服”[93]。1649年3月5日，奥利弗·克伦威尔被任命为爱尔兰远征军总司令和爱尔兰总督。此次远征所需的武器装备和战略物资，得到了伦敦商业区老板的鼎力相助。为了保证远征军及武器装备安全运往爱尔兰，英国议会发布命令，组建了一支由130艘各种舰船组成的舰队，被称为新的“无敌舰队”。8月15日，克伦威尔率领一支由8000名步兵、3000名骑兵和1200名重骑兵组成的远征军进入都柏林。克伦威尔的基本目标有三：使爱尔兰服从英格兰共和政体的统治；实施1642年的《冒险家法令》；对发生在厄尔斯特的所谓天主教徒对清教徒的屠杀进行清算和报复。[94]但他对外则宣称：他的远征军是为了“反对野蛮和血腥的爱尔兰人以及他们的支持者和盟军，同时传播基督福音，确立真理与和平，并在这个血流遍地的国度恢复以前的幸福和安宁”；[95]“军队的行动绝非个人行为，无论是前进还是后退都应服从于指挥官，上帝指示我们前进，我们就前进……我们这次行动的目的是服务和荣耀上帝。”[96]

其实，当克伦威尔到达时，爱尔兰局势已发生了有利于英国方面的变化。8月2日，琼斯将军率领议会军粉碎了包围都柏林的奥蒙德主力并将其赶到北方。与此同时，重新担任议会舰队司令的布莱克（Robert Blake）海军上将也扫清了王党在海上的舰船，使克伦威尔远征的安全得到了保障。虽然爱尔兰起义军和忠于王室的复辟军迎击了克伦威尔，但他们之间彼此并不联系，各自为战，很难形成有组织的、强大的抵抗合力。克伦威尔一方面通过外交手腕在爱尔兰天主教徒与暂时同其结盟的新教徒之间制造分裂，另一方面则采用军事手段摧毁他们的斗志。1649年9月初，克伦威尔包围了重要的城堡德罗赫达（Drogheda），堡内共有守军3000多名。在守城将领阿什顿拒绝投降后，克伦威尔发起猛攻。城陷后，克伦威尔下令对守城部队和包括老弱妇孺在内的平民施以屠杀，据克伦威尔远征军的随军牧师估计，被杀官兵和无辜平民达3352人，英军只损失64人。克伦威尔对此直言不讳：“我们用剑杀死全部俘虏，我想所剩不会超过30人。我们把这些人送到巴巴多斯岛。”[97]可见，克伦威尔的征服是相当残酷的。

攻陷德罗赫达后，克伦威尔又率军南下，用同样的手段攻占了爱尔兰另一要塞威克斯福德（Wexford）。到1649年年底，整个爱尔兰东部及东南沿海均落入英国军队之手。1650年，克伦威尔又不断取得军事胜利。3月，“天主教徒联合总会”被迫解散。5月，在占领了克朗梅耳（Clonmel）之后，英军在爱尔兰的胜利基本定局。此时，英格兰与苏格兰的关系骤然紧张，双方的战争不可避免，5月26日克伦威尔应召回国，由其女婿艾尔顿（Ireton）继任远征军总司令兼爱尔兰总管。1651年11月艾尔顿染病身亡，其职位由弗利特伍德（Fleetwood）继任。艾尔顿和弗利特伍德任职期间，克伦威尔的征服计划得以继续，英军不断向爱尔兰腹地推进。到1652年5月，爱尔兰的主要城市和要塞都被攻克，英军控制了爱尔兰全境。

起义的失败使爱尔兰人面临更为悲惨的命运，大批土地被英国占领军没收。对于英国来说，征服和占领爱尔兰耗费了大量人力物力，前后耗时三年，花费约250万镑。[98]为寻求补偿，英军在胜利之后便开始了对爱尔兰全面的殖民掠夺。

首先，遣返爱尔兰士兵，解散起义军，为英国的殖民政策扫除障碍。征服结束时，爱尔兰有三万多军人被递解到法国和西班牙等国充当雇佣军，[99]另有几千名平民被送往英属西印度群岛，充当仆役。爱尔兰在战争中失去了大量人口，据统计，1641年时爱尔兰有150万人，到1652年只剩下85万人，而且其中还有15万是英国移民。[100]爱尔兰史学家柯蒂斯形象地指出：“爱尔兰几乎变成了一张白纸，英国共和政体可以在它上面随心所欲地涂写。”[101]

其次，掠夺爱尔兰土地。土地是克伦威尔远征爱尔兰的主要战利品，也是远征的根本利益，如何处理土地问题成了英国殖民者的当务之急。克伦威尔的土地政策有三个目的：其一，以爱尔兰的土地偿还英军的饷银，补偿向英军提供经费物资的英国投资人；其二，巩固英国人在爱尔兰的地位，防止爱尔兰人再造反；其三，永远铲除天主教的国教地位。[102]从1650年起，英国议会就着手没收并出售从爱尔兰夺取的土地。1652年5月12日，议会提出将伦斯特和芒斯特两省土地分配给债权人即“冒险家”，按照条件，除爱尔兰之外的任何民族的新教徒，须在3年内垦殖这些土地，同时把在海港和城市没收的房屋以优惠的租赁条件租给债权人。该方案提出时战争尚未彻底结束，债权人开垦土地需冒很大的风险。与此同时，远征军则提出用土地抵偿政府的欠薪并支付他们的日常薪饷，可见在处理爱尔兰土地的问题上，议会和军队存在着尖锐的矛盾。

1652年8月12日，英国议会颁布《爱尔兰处理法案》（Act of Settlement for Ireland，又称《克伦威尔组织法令》）。该法案共九条，其中前五条将1641年起义的参加者根据罪行轻重分为几个等级，规定他们将受到英国的严惩，不得赦免，他们的财产将被没收，人员将被处死。第六条规定，凡不属于以上五条规定者，“曾在爱尔兰反对英国国会的战争中担任指挥职务者……应将其驱逐出境，其财产应予以没收并以下列方式分配：个人财产的三分之二被剥夺，并收归共和国使用和管理，其余的三分之一财产交给上述人等之妻子儿女保有和享用，但在爱尔兰的其他地方拨给面积与价值相当的土地”。第八条规定，“凡天主教徒，从1641年10月1日至1650年3月1日期间任何时候居住在爱尔兰，而不曾一贯对英吉利共和国利益表示示威者，应剥夺其在爱尔兰财产的三分之一，归英吉利共和国所有，……其余三分之二财产则归此等人、其后嗣或让受人享用，但国会为更有效安抚爱尔兰设想，得在爱尔兰另拨给面积和价值相当的土地；凡在上述期间居住于爱尔兰的其他人等，不曾为国会方面服役，或虽有机会，但不曾以别的方式对英国国会利益表示好感者，应没收其财产的五分之一，收归英吉利共和国使用”。第九条规定，财产不满10镑，并在《法案》颁布后28天内放下武器，表示忠于共和国的人（指挥人员除外）予以赦免，不没收财产。[103]

很明显，对爱尔兰来说，《爱尔兰处理法案》是相当严厉的，用克拉伦敦伯爵的话说：“克伦威尔政府要利用爱尔兰这个巨大的资本来偿还全部债务，犒赏所有的有功之臣以及实行各种恩赐奖赏。”[104]此法案几乎使所有的爱尔兰地主丧失了他们原有的土地，他们只能期待议会在指定的地点划给他们一份地产，而英国则获得了在殖民者之间进行分配的丰厚的爱尔兰土地储备。为了保障英国人和新教徒在爱尔兰指定移民区的最大安全，1653年7月2日，克伦威尔颁布一项法令，规定“凡被赦免的爱尔兰人，必须在1654年5月1日前迁移到康诺特和克莱尔郡”。移民者无权返回原居住地，否则将被处死。经过这样的“处理”，英国不仅获取了爱尔兰较为肥沃的地区，而且将大约5万原保留一部分土地的爱尔兰人迁往荒凉地区。

1653年9月，英国又颁布《补偿法令》（Act of Satisfaction），具体规定在军队和国家债权人之间分配土地的办法。法令将被没收的爱尔兰10个郡的土地根据不同情况规定了不同的价格，其中康诺特和克莱尔郡留给爱尔兰的绅士和地主，其余分成两部分，分别分给英国军人和国家债权人。分到土地的人享有优惠条件，他们在耕种土地时，可以从1654年起5年之内免除捐税，10年之内免服兵役，3年之内可以免税从英国向爱尔兰输入牲畜、农具、家庭用品，并享有使用非建筑用木材的权利。此外，他们还有权在1655年6月24日以前购买爱尔兰城市内的房屋和土地，其价格只限于该财产的六年收入总额。[105]法令还重申原来的爱尔兰地主和土地占有者必须限时迁往指定地区，违者将以间谍罪送交军事法庭审判。康诺特和克莱尔两郡出生于英国的人和曾经帮助过英国政府的新教徒如果愿意可以外迁，并可在其它地方获得与原来拥有的相等的土地。这样，康诺特和克莱尔就几乎与爱尔兰其他地区完全隔离，成为英国为爱尔兰人划定的专属保留区。英国的企图是同化甚至消灭被征服的土著爱尔兰人，以实现爱尔兰完全的英国化。到1655年底，爱尔兰有26郡落入英国人之手。

爱尔兰共有土地2000万英亩，在克伦威尔时代英国没收了1100万英亩，其中“良田”达到800万英亩。[106]根据英国法令，债权人和军人是土地分配的主要受益者。据统计，英国所谓“冒险家”有1500多人，而士兵为3万—3.5万之间。[107]远征军士兵凭印发的“军队债券”向国家领取土地，“军队债券”不得买卖。但是实际上，军官、冒险家及各种投机分子往往利用士兵缺钱的机会，以较小的代价取得士兵的土地。威廉·配第证实，1653年时，士兵以四五先令的低价出售价值一镑的“军队债券”，[108]结果土地多落入金融资本家及商人、贵族地主和官吏手中。苏联学者谢·伊·阿尔汉格尔斯基通过对部分可以查考的国家债权的社会成份的分析充分表明了这一点：[109]

作为远征军总司令和国家债权人的克伦威尔本人在爱尔兰分到的土地达1000英亩之多，他的儿子亨利·克伦威尔在爱尔兰任职期间，不仅得到大片良田，还占有许多城堡、狩猎场，其面积在2.2万英亩以上。英国的金融贵族、大商人、工场主及高级军官形成了爱尔兰新的大土地所有者阶层，即“在外地主层”，他们居住在英格兰或苏格兰，地在爱尔兰。占有爱尔兰土地后，他们在爱尔兰建立庄园，使用爱尔兰劳动者或者英国移民作佃农进行耕作，每年从爱尔兰庄园撷取收入，[110]他们的态度决定了英国对爱尔兰的政策走向。

以对土地没收和分配为基础，英国在克伦威尔时代强化了对爱尔兰的殖民控制。在英国历史上，克伦威尔第一次实现了对爱尔兰的全面征服，并基本完成了土地由爱尔兰人向英国地主转移的过程。军事征服不仅摧毁了爱尔兰的氏族制度和公用土地制度，而且极大地削弱了爱尔兰的天主教势力。1641年发动起义时，天主教徒拥有的土地占59%，在克伦威尔变更土地所有权之后，这一比例只有22%。[111]天主教地主成了爱尔兰的少数派，信奉新教的英国人获得了在爱尔兰社会生活和经济生产方面的优势地位。根据威廉·配第的估计，当时英国新教徒和教会占有全部土地的四分之三，全部房屋的六分之五，有城墙的城市及设防地点的房屋的十分之九，国外贸易的三分之二。[112]1653年，护国政府宣布爱尔兰为英国领土的一部分，三个王国实行联合。爱尔兰虽获得了可以同大不列颠及其殖民地进行自由贸易的权利，但爱尔兰政府和议会完全由英国掌控。英国不仅把爱尔兰视作自己的农业附属国和低廉商品及原料的供给基地，[113]而且将爱尔兰问题纳入英国殖民扩张和帝国发展的统一轨道上，使之为整个英国的海外殖民扩张服务。从1653年开始，英国政府就考虑将爱尔兰人移居海外殖民地，以解决爱尔兰的社会问题，同时满足英属其他殖民地对劳动力的需求。这一政策与克伦威尔密切相关，克伦威尔就曾将德罗赫达屠杀中的幸存者送到巴巴多斯。英国政府还将爱尔兰的流浪者和无业游民集中起来交给专门商人，然后把他们运往英属加勒比的一些岛屿充当奴仆。1656年，英国政府决定遣送1000个爱尔兰姑娘和相等数目的年轻男子前往牙买加岛。[114]另外，一大批爱尔兰战俘也被运往殖民地，主要是运往巴巴多斯岛的甘蔗种植园。通过对爱尔兰的军事征服和殖民化，共和国时期的英国获得了专制统治时期从未有过的对爱尔兰岛的强有力控制。[115]