长安发生了这么大的事，可关东群雄却忙得顾不过来，他们实在太辜负王司徒的厚望了。只有曹操留意此事。

本年初，曹操在顿丘受到黑山黄巾于毒部的攻击，曹操不仅不迎击，反而率兵入山，去攻打于毒的大本营。果然于毒回师救援，曹操邀击获胜，顺手还击溃了眭固部和匈奴于扶罗单于的兵马。刚对付了北面的黑山黄巾，到了四月，南面的青州黄巾又抄掠兖州，百万之众，势不可挡。刺史刘岱不听济北相鲍信让他固守疲敌的劝告，出战阵亡。东郡太守、曹操的部将、东郡人陈宫和鲍信都劝曹操入主兖州，以此作为根据地，兴霸王之业。在陈、鲍二人的活动下，州中官吏和豪强世族同意迎立曹操。州吏万潜代表大家至东郡迎曹操领兖州刺史。曹操进击青州黄巾于寿张，屡战不利，但曹操抚慰并激励将士，明设赏罚，多用奇兵，昼夜奋战，终于击退黄巾。此役，鲍信阵亡，乱兵之后，尸体失踪，曹操痛失良友，重金购尸也无结果。他让人用木头刻了鲍信的样子，设祭、哭吊。

不久，长安政府派了一个叫金尚的兖州刺史前来上任，被曹操派去迎驾的人马吓得投奔袁术去了。十二月，曹操以千余步骑，继续追击青州黄巾的主力。黄巾尾大不掉，终感疲惫，写信给曹操，说大汉的气数已尽，黄天当立，君虽有命世之才，也无可挽救。曹操不答应。黄巾被追得无可奈何，宣布向曹操投降。曹操没有想到，一下子收降了三十万黄巾兵士，男女老幼百余万口，这是不花钱的兵源。曹操选择精锐编为步骑，号青州兵。曹操在关东的心脏地区站住了脚。