为健全“中国佛教研究院”的教育体制，多日来参与慈惠法师等人的教制改革会议，初步拟定在佛光山教育院下设有三级院制：

佛光山“中国佛教研究院”（研究部）是属一级院校，修学期限三年以上，其中分有僧伽教育研究班、义理仪制研究班、弘法教化研究班、法务行政研究班、佛教艺术研究班。招生分研究生（大专以上程度）与研究员（硕士以上程度）两种。

佛光山丛林学院（大学部）属二级院校，修学期限四年（含实习一年）。其间分有三个学部：

一、国际学部：内分有外籍学生辅导组、英文佛学系、日文佛学系、韩文佛学系、梵文佛学系、巴利文佛学系、藏文佛学系。

二、专修学部：分设有校本部、北海分部、西来分部，三处授课。内含有经论教理学系、文教弘法学系、法务行政学系、社会应用学系。

三、函授学部：授课期限四年。

佛光山东方佛教学院属三级院校，修学期限二年。分别设有：大慈学园、大觉学园（含沙弥学园）、福山学园、圆福学园、普门学园、普贤学园暨都市佛学院。

另有男众学部、女众学部横跨一、二、三级。