回疆已服属于准噶尔，准部既平，似已一并收功，不用再举，高宗初志本然。乾隆二十年正月，甫动讨准之兵，二月即传谕西路参赞鄂容安：“汉时西陲，塞地极广，乌鲁木齐及回子诸部落皆曾屯戍，有为内属者，唐初都护开府，扩地及西北边。今遗地久湮，此次进兵，凡准噶尔所属之地，回子部落内，伊所知有与汉唐史传相合可援据者，并汉唐所未至处，一一询之土人，细为记载，遇便奏闻，以资采辑。”此谕见《东华录》，可见成功者自有意识，而事实正不如是之易也。数月内果平伊犁。而回部和卓木甫脱准部之羁绊，而准部则又有阿睦尔撒纳之变，回部因有大、小和卓木之生心，鄂容安亦死于变中，回疆乃终用武力取之矣。
乾隆二十年平伊犁，大、小和卓木被羁于伊犁者，奉诏遣大和卓布拉呢敦先回，安抚叶尔羌等处，小和卓霍集占尚留伊犁。未几阿睦尔撒纳复变于伊犁，霍集占颇为阿用。二十一年三月清军再入伊犁，阿睦尔撒纳遁入哈萨克，霍集占亦遁归叶尔羌，遂与其兄布拉呢敦共谋纠回众据境自守。清廷方遣侍卫托伦泰赴叶尔羌、喀什噶尔抚谕大、小和卓，久未返。七月，定边右副将军兆惠自伊犁奏遣副都统阿敏道率兵往收阿克苏、库车、乌什各回部，且侦托伦泰信。是月，霍集占送托伦泰还，兆惠饬阿敏道驰往抚谕，霍集占驱率回众，列城尽靡，库车、拜城、阿克苏等城阿奇木伯克（统理地方诸务之回官）鄂对等不从乱，奔伊犁。十月，兆惠奏霍集占作乱状，令鄂对等从阿敏道进兵。鄂对在道闻亲族被杀，各城响应，小和卓心腹阿布都已守库车，劝阿敏道急归，待大军偕进。阿敏道不从，率索伦兵百、厄鲁特兵三千，至库车。霍集占在焉，闭城拒师。且诡言：“厄鲁特吾仇，虑为害，撤还即降。”阿敏道遂命厄鲁特兵退，以百索伦兵入城，为霍集占所执。明年遇害，从者数将及兵百人皆从死。是时准噶尔余众，以清军自哈萨克撤回，复煽乱。兆惠驻伊犁，后路尽梗，整师东旋，至鄂垒扎拉图。巴里坤办事大臣雅尔哈善以闻，诏趣（促）赴援，甫得脱归。阿睦尔撒纳又回窜伊犁，北疆军事亟，兆惠檄参赞大臣富德追阿睦尔撒纳，自驻济尔哈朗地防回变。谕饬其不知缓急，盖高宗知回部无远图，先以靖准部为急。五月，阿敏道死事事闻。九月，乃命兆惠等筹攻回部，诏授兆惠定边将军。二十三年正月，兆惠奏言：“沙喇伯勒厄鲁特众尚万户，请先剿除。”诏以参赞大臣雅尔哈善为靖逆将军，专办回部。四月，兆惠奏准噶尔之事将竣，请由伊犁趋回部。七月，命与雅尔哈善合兵以进。会雅尔哈善已围库车，霍集占来援，为清军击败，入城拒守。城以柳枝、沙土密筑甚坚，炮攻不能入。提督马得胜穴地入城，已将及，雅尔哈善督之急，夜秉燧入穴开凿，城上之敌见火光，于城内为横沟，灌水入穴，清兵皆没。鄂对告雅尔哈善：“库车食且尽，霍集占必出走，城西鄂根河水浅可涉，北山通戈壁，走阿克苏，分兵屯此二隘，霍集占可擒也。”不省。越八日，霍集占夜引四百骑，启西门涉鄂根河遁。又数日，阿都卜克勒木复夜遁，余头人阿拉难尔等率老弱以城降。高宗闻失霍集占，怒，以纳穆札尔代为靖逆将军，三泰为参赞，命兆惠至军，斩疏纵之副都统顺德讷，逮雅尔哈善及得胜返京师。二十四年正月，亦以失机鞫实正法。顺德讷者，当霍集占逃出时，侍卫噶布舒知之以报，顺德讷闻报，以夜不肯往追，令敌得渡河，据桥断后者也。未几，参赞哈宁阿亦论斩。
回疆自古为城郭国，势分力弱，弓马无特长，慓悍非素习，故西域从无为中国患者，非劲敌也。唯中国之兵远征，则主客异势，一失呼应，后路可虞。统观西师将帅，雅尔哈善等固为旗下纨绔，偾事有余，易以兆惠，不过较勇敢不避艰险耳，其功成乃乘单准部之势，取准部之所已胁服者而继续之，其事至顺。霍集占以其世为和卓木之资望，由伊犁脱归，亲见阿睦尔撒纳未俘，准部已降者亦多反侧，料中朝疲于奔命，无暇南来，故敢于侥幸一试。是时清廷实力甚厚，北路之军未撤，别遣专征回部之师，若雅尔哈善等属中才，大、小和卓木在库车早已就擒。迨二人均逸，将帅骈诛，兆惠移伊犁得胜之师南下，逾天山，抵阿克苏，回部头目颇拉特等以城降。不数日，霍集斯亦自乌什迎降。霍集斯亦回部强族，前大军初定伊犁，霍集斯因达瓦齐逃入回疆，诱擒以献。又以布拉呢敦及霍集占为旧和卓子，请于大军，得释归。故霍集斯以回部盛族，而又有德于霍集占兄弟，霍集占感且惮之。时阿睦尔撒纳方为副将军，预讨达瓦齐有功，霍集斯阴乞于阿，事平以己长回部，中朝密防之。既而阿睦尔撒纳变，霍集占兄弟继之，遂析霍集斯兄弟子侄各居一城为伯克。霍集斯父阿济斯和卓，本吐鲁番头目，为准噶尔累徙至乌什。至是霍集占以霍集斯为和阗伯克，子漠咱帕尔为乌什伯克，兄阿卜都伯克为叶尔羌伯克，兄之子阿布萨塔尔为阿克苏伯克，实挟之以从军。至霍集占自库车出走，霍集斯绐之，请入乌什召其众从徙。既入乌什，遂以兵拒霍集占。兆惠檄至，霍集斯父子出降，并遣子弟赴叶尔羌招降其兄阿卜都伯克，时在二十四年九月，回部降者已相踵，无坚城可相抗矣。十月初三日，兆惠兵至距叶尔羌四十里之辉齐阿里克讯擒获回人供：“霍集占已入叶尔羌城，布拉呢敦驻当噶勒齐，离喀什噶尔一站地。”奏言：“叶尔羌城大，兵少不足合围，且自乌什进兵，以三千余人行戈壁千五百里，马亦疲乏，南路通痕都斯坦、巴达克山、喀喇土伯特等处均拟驻兵堵截。又回人多窖粟，须分军搜掘以窘之，令内自生变，以故兵马皆需接济。”十一月奏至，谕前命富德帅（率）师自准部赴兆惠军，着速进。又命阿里衮为参赞大臣，选马三千匹，率兵六百，亲送兆惠军营，而是时兆惠已被围于黑水矣。
兆惠被围，自缘轻进，一时死高职旗员及汉总兵大员为数不少，实属将军失机。至被围数月，回人奄奄如不欲战，可见并非大敌，口粮早称尚可支持，亦不待得窖粟，获马驼，尽邀天赐。回人隔岁之粮，本以窖藏为习惯，故兆惠未被围前，已奉命遣兵搜掘，即得窖粟，非有神奇也。
兆惠于解围后，还阿克苏，高宗尚深责之。时和阗方被攻，不急救，乃共还阿克苏。高宗谓前以一军尚进至叶尔羌，今两三军会合，和阗近而阿克苏远，反奔还不顾。后和阗亦未失，回部实无能为。兆惠此时已因受围封一等公，卒以功成加赏宗室公品级鞍辔，富德亦由伯封侯，视其方略则平平也。魏氏于兆惠入回疆时，不叙阿克苏、乌什迎降，末言振旅还阿克苏，围中拔出，未能克一城，何言振旅？中间夸大之语，若圣天子自有神助，即可不用兵力者然。此出高宗不负责之诗歌，遂为官修诸书所承用，然《实录》则无之。
当黑水解围，已在二十四年正月十四日，而阿克苏办事侍郎永贵奏：“正月十九日准前赴和阗之侍卫齐凌扎布等呈称：‘回党鄂斯统众六百，犯和阗所属额里齐、哈喇哈什两回城，破克勒底雅一回城，请兵救援。’即一面派兵，一面咨商由北路赴援黑水之参赞都统巴禄将所领之兵协剿。”巴禄即奏以进援兆惠为要，未往和阗。至兆惠救出以后，各军会合，即远道撤回阿克苏，巴禄亦在撤回之列。兆惠乃于路奏：“拟回阿克苏后，更由阿克苏、和阗两路进兵，此时未便兵驻阿克苏一处。已与阿里衮、巴禄、阿桂驻阿克苏，候马驼粮饷；分兵一半，令爱隆阿驻乌什就粮，兼防喀什噶尔一路。和阗应援，自不可缓，但马力疲乏，先拣官兵数百，令瑚尔起、巴图济尔噶勒前往，沿途捉生询问，若和阗守御如旧，即会同夹击，否则收兵来迎富德，俟粮饷马匹到时领兵接济。臣兆惠俟办足五千兵粮马，再策应富德，并从和阗往取叶尔羌，并堵截逆贼逃往巴达克山等处路径。”奉谕：“兆惠、富德等遽行撤回，不知是何意见？和阗去叶尔羌颇近，阿克苏则甚远，富德救援将军，自谓了事犹可恕；兆惠身为阃帅，待人救出即撤回，太不知愧奋，且不援和阗，岂不为霍集斯所笑？和阗之围，齐凌扎布以寥寥之众尚能相拒；兆惠到彼，即可败贼，乃仅遣瑚尔起、巴图济尔噶勒往塞责。又巴禄本接永贵行知，赴和阗援剿，以援兆惠未往，今将军已援出，何以不援和阗？”后又谕：“谓兵力不足，则兆惠一军尚能相拒，况与富德两队会合，岂转患其弱？谓马力不足，则既可回至阿克苏，何难就近赴和阗，因粮以守？”旋兆惠等奏：“瑚尔起等二月二十日至和阗、达哩雅河，知额里齐等二城未陷，余为贼据，叶尔羌尚无贼众前来。”谕：“所报和阗情形，霍集占兵力已穷蹙，兆惠等正月十四日解围而出，至二月初二日，已逾半月，和阗回人尚云叶尔羌未有贼众前来。是从前围守军营及侵犯和阗不过乌合之众，兆惠等应就见（现）在兵力加意奋勉，以冀大功速成。”既而哈喇哈什城被陷，齐凌扎布等脱出，仍随同进兵，兆惠等由阿克苏出兵，途次得和阗之克勒底雅及塔克等回城人等，闻清军将至，擒获敌方所用头目来降。兆惠进兵喀什噶尔，于闰六月初三日至伊克斯哈喇，有喀什噶尔投诚回人称布拉呢敦将伊等抢掠潜逃，伊等即来迎大兵。即派人驰往喀什噶尔安抚城堡，据所属牌租阿巴特回城伯克呢雅斯呈称：“六月间，霍集占遣人告知布拉呢敦，焚毁叶尔羌、喀什噶尔城堡，令回人等迁往巴达克山。我即闭城拒守。闻霍集占兄弟约于色哷库勒之齐里衮巴苏相会。”于是兆惠檄知布鲁特纳喇巴图等截贼前往色哷库勒投霍罕额尔德尼伯克之路，一面尽力尾追。富德亦奏：“由固萨纳珠前进，霍集占已弃叶尔羌逃往英吉沙尔，大、小伯克等迎降，抚定其众二万余。”两和卓木走巴达克山，以怒巴达克山不恭，欲约邻部扰之，于是战于阿尔浑楚岭，擒其兄弟，函首军门以献。八月庚午，捷奏至京，宣示中外，于是葱岭以西布鲁特、爱乌罕、博罗尔、敖罕、安集延、巴达克山诸国皆遣使来。
高宗之取新疆，武功之盛逾于前代，虽元代西北土地而逾于此，然三大藩各自立国，乃蒙古族之庞大，几与统治中国之元朝无涉。除元以外，清之武功为极盛矣。然考其终极，西北之气运当亡，收其功者无若何名绩可记，高宗庙谟独运于上，指挥颇中肯綮，而元勋上将，若兆惠之俦，细核其功状，实不足满人意。高宗于此役，亦知取乱侮亡，事非艰巨，特予丰镐旧臣，事前假以立功名，事后资以为汤沐。其昏惰甚不堪者乃诛之；即成功者亦何曾有殊绩。纳穆札尔、三泰以将军、参赞之任，赴敌就死如偏裨，弥见朝廷命将之失。然且专征已非亲贵，所用不过开国勋臣之裔，亦见八旗人才之日耗，与康熙时已大不侔矣。十全武功，铺张极盛，而衰象早伏其中。清一代纪功之文，汗牛充栋，无有就《实录》胪其平凡之状者。总之准部自伐而人伐之，回部不能抗准而反欲抗中朝，亦唯两和卓之妄耳。天之予清特厚，高宗无忧盛危明之意，侈十全之武功，是其福过灾生之渐。又以此私厚旗人，于边计益闭塞无远虑，后来一开行省而气象大变，则知高宗之设置新疆，规模不足取矣。
回疆既平，以采玉为一大役。和阗产玉闻天下，叶尔羌次之。定制春、秋采玉二次。叶尔羌玉山曰密尔岱山，距城四百余里，崇削万仞。山三成，上下皆石，唯中成玉，极望莹然，人迹所不至。采者乘牦牛乃及其，凿而陨之，重或千万斤。色黝质青，声清越中宫悬，先后贡重华宫玉磬材、特磬、编磬各如干事，又贡玉册、玉宝各八十具；白微黄者供宗庙；白微红者备庆典。然此任土作贡，未为病民。高宗朝，大功既成，侈心莫遏。遂思以奇宝炫世，屡有采运大玉之事，今宁寿宫有重宝，乃玉一座，周围凿夏禹治水图，是其遗迹之一。阮元《石渠随笔》记：“乾隆四十年间和阗贡玉，大至高七八尺，围丈许，敕依大禹治水图雕琢，发在扬州建隆寺治之，元时曾往敬观。”阮文达之言如此。此玉入大内以后，外人不复见，无由证文达之说，清亡后乃得之于宁寿宫，具如所说。而又读张澍《养素堂文集》，则知大玉之采，不止一次，劳费之巨，于开辟之土为病已甚。《圣武记》言：“嘉庆四年，叶尔羌获大玉三，青者重万余觔（斤），葱白者八千余斤，白者三千余斤。边臣侈其祥以闻，上以沙碛辇运劳人，急捐罢之。至今岿然存哈喇沙。”读张澍文，乃知其详。所云嘉庆四年，乃太上皇崩后弃玉之年，非采获之岁也。
高宗于新疆定后，志得意满，晚更髦荒。和珅以容悦得宠，务极其玩好之娱，不恤边远疾苦，此皆盛极之所由衰也。自此以前，可言武功；自此以后，或起内乱，或有外衅，幸而戡定，皆救败而非取胜矣。乾隆前后金川两役，以大军与土司相角，胜之不足为武。而初定金川时，以失机诛总督张广泗、经略讷亲。再定金川时，定边将军温福败死，损耗亦甚大，而亦预于十全武功之列，皆高宗之侈也。十全武功者，除准噶尔两役、回部一役外，为两定金川，为土司，一定台湾，为内地，缅甸、安南各一役，廓尔喀两役，为御外。