专机失事半个月后，军统迎来了一年一度的“四一”纪念大会，蒋介石亲临会场主持对戴笠的悼念活动。
6月11日，国民政府对戴笠颁布褒扬令，“追赠陆军中将，准照集团军总司令阵亡例公葬”。戴笠生前是中将军统局局长，但其中将只是头衔，是任职官阶，任官官阶为少将，故追赠中将。
次日，蒋介石在南京为戴笠举行公祭。
这天**雨霏霏，蒋介石偕白崇禧、邵力子、宋子文、陈诚、陈立夫等官员，由中山路军统办事处护送戴笠的灵柩到紫金山灵谷寺暂厝。送葬队伍万余人，在凄风苦雨中缓缓行进。
蒋介石亲自题赠“碧血千秋”挽额，并致赠挽联：
雄才冠群英，山河澄清仗汝绩。
奇祸从天降，风云变幻痛予心。
公祭开始后，蒋介石又以高度评价戴笠的功绩、充满亲切和哀痛的祭文悼念戴笠，讲到伤心处，甚至痛彻心扉地直呼：
“胡期一朝，殒此英贤；心伤天丧，五内俱煎……眷念时艰，深哀吾党，惟君之死，不可补偿。忠勇足式，益以谦光，以此策勋，宜垂史章……”
何应钦、汤恩伯、孔祥熙、谷正纲、陈立夫、黄杰等文武官员皆致赠挽联。
胡宗南的挽联为：
祖帐舞鸡鸣，浩浩黄流，更谁奋击渡江楫；
春风生野草，滔滔天下，如君足惧乱臣心。
应该说，在一片“歌功颂德”的声浪中，唯章士钊所题挽联颇令人玩味：
生为国家，死为国家，平生具侠义风，功罪盖棺犹未定；
誉满天下，谤满天下，乱世行春秋事，是非留待后人评。
同年8月初的一天下午，蒋介石偕宋美龄由毛人凤、沈醉等人陪同来到紫金山灵谷寺。进入戴笠的灵堂后，蒋介石摘下草帽拿在手上，站在戴笠的遗照前久久凝视，一言不发。
从灵谷寺出来，他扶着宋美龄向后面的山上走去，准备亲自为戴笠选一块墓地。由于宋美龄穿着高跟凉鞋，走在崎岖的山间小路上实在吃力，走到半山腰便再也走不动了，蒋介石只好作罢。
几天后，蒋介石单独由毛人凤、沈醉等人陪同，再次登上灵谷寺的后山。他拄着拐杖边走边察看，一直走到山顶，又转到烈士公墓的山头，然后顺着公墓山道向下走，停在一个小水塘的附近，察看一番后对毛人凤说：
“我看这块地方很好，前后左右都不错，安葬时要取子午向。”
原来这位虔诚的基督徒还是一个迷信风水的“阴阳先生”。当时天气炎热，蒋介石能头顶烈日、耐心细致地为戴笠挑选墓地，令在场的军统特务无不为之感动。
倘若戴笠不死，蒋介石会对他这般爱护吗？或许人没了才会想到他的好，失去了才会觉得珍贵；抑或用人之际才会想到此人的重要。
1947年3月，戴笠被安葬在灵谷寺的后山上。
戴笠死后，军统很快化整为零，由于军事委员会被撤销，军统首脑机关——军事委员会调查统计局局本部，缩编后改为国防部保密局；除各地情报组织外，特务武装与所辖各公开单位分为了四大块：
——交通部警察总局，由军统掌握的武装部队别动军、忠义救国军、交通巡察纵队及三个支队以及各公路运输处警卫稽查组、水陆交通统一检查所等组成。
——内政部警察总署，由军统掌握的内政部警察司扩编而成。原军统局在各省市掌握的警察局及警察教练所，皆由该总署接收指挥。唐纵最终成为警察署署长。
——国防部第二厅，军统掌握的军委会邮电检查处中一部分划归国防部第二厅，另建邮检组，负责邮电检查工作。第二厅厅长为郑介民。
——兵工署稽查处，仍由军统局掌握的兵工署警卫稽查处原班人马组成。
表面看来，军统局已被分为几大块，但实际不过将军统局换为了保密局，将上层领导机构军事委员会换成了国防部，分出去的几部分亦如军统时代掌控的各种深入到军队、警察、邮电、缉私等等的业务，除忠救军、别动军由直属局本部挂到了别处，其他并无差别。总之，这些分出去的机构，仍由保密局统领。
戴笠在世时，蒋介石担心尾大不掉；戴笠不在了，蒋介石最担心的是没有人能全盘统领这个庞大的摊子。
尽管只是变换了一下名称与形式，却正如蒋介石所担心的，军统无一人可统领全局。
军统很快分裂为三大派——郑介民的广东派，毛人凤的浙江派，唐纵的湖南派。蒋介石先是任命郑介民为军统局局长。但郑介民志不在此，不愿介入军统事务，只想以军统为跳板升官发财。
副局长唐纵一向小心谨慎，没有大刀阔斧主掌全局的魄力，且蒋介石最终按戴笠的举荐，任命他为内政部警察总署署长。他关心的只是如何从军统多捞些财产，尤其戴笠死后，军统接收的财产和中美合作所遗留的资产怎么分配，全凭他与郑介民、毛人凤做主。
副局长兼主任秘书毛人凤，一直是戴笠的内务总管，戴笠也曾向蒋介石特别推荐毛人凤，但他黄埔军校辍学，论资历无法与郑、唐相比。但只有他最熟悉军统事务，一心想继承戴笠留下的家业。
三人同床异梦，除毛人凤想保全军统家业，郑、唐巴不得立即将军统家业瓜分，即使分解的几个机构，郑、唐也巴不得让他们各自归属名义上所属的各政府部门，不再作为局本部的外延机构。
与此同时，局本部及各地情报组织缩编也成为无法扭转的趋势。
缩编就要裁汰一些人，裁汰、保留的标准为，保留“核心人员”和“基本人员”，裁汰“一般人员”。
“核心人员”，指特务处时期加入团体的资深军统分子；
“基本人员”，指抗战期间加入军统并在内勤机构工作的，或军统各特训班毕业的，或由军统保送中央训练团、中央军校毕业的军统分子；
“一般人员”，指公开吸收和私人介绍参加军统的特务，与一直在公开机关工作的特务。
最终将“一般人员”两万多人裁汰，送往重庆、西安、江西、湖南、湖北等地军官总队，等待机会予以转业或抽调。
尽管戴笠生前特地交代郑介民，要好好照顾军统上千名“因公殉职”的特务遗属，郑介民仍在改组中与毛人凤、唐纵达成一致，对这些人来了个一次性处理，甩掉了这个沉重的经济包袱。
同年秋，又将军统所属商业机构移交给毛庆祥所主持的“三友公司”。
最终，毛人凤接过了戴笠的衣钵，于1947年年底就任保密局局长。此时的原军统家业仅相当于抗战爆发前特务处时期的规模。
戴笠死后，胡蝶又回到丈夫潘有声身边，移居香港，终老加拿大。
陈华也在戴笠死后不久赴香港定居，开了一家理发店谋生，最终老死香港。
考虑到戴笠的母亲蓝月喜年事已高，毛人凤和戴笠的晚辈对她隐瞒了戴笠的死讯，谎称戴笠已出使英国，并由交警总局副局长马志超派一个大队到江山护卫戴家。为避免戴母生疑，毛人凤每月伪造两封戴笠的电报向戴母问安。1948年5月戴母73岁寿辰之际，毛人凤又以戴笠的名义为其举办了隆重的祝寿活动。
蓝月喜直到1949年5月逝世，不知儿子已先她而去。
戴笠的弟弟戴春榜与儿子戴藏宜，因处理戴母丧事未及时逃走，被人民政府镇压。
1953年年初，蒋介石下令毛人凤将戴笠的后人从大陆接到台湾。毛人凤派人潜回上海，与潜伏特务联系，于1954年年初将戴藏宜的妻子郑锡英和长子、次子接到台湾定居。
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