两者的主要区别在于飞行特性。弹道导弹是由火箭发动机推送到预定高度和达到预定速度后，发动机关闭，然后导弹靠惯性作用沿弹道曲线飞向目标，其大部分弹道处于稀薄大气层或外大气层中；而巡航导弹始终在稠密大气层中飞行，其发动机在飞行全程一直工作。

·苏制SS-25地地战略导弹弹头解剖图