但是，陆王心学和程朱理学对佛学都持尖锐批评的态度，而在对佛学的思想批判中，程朱理学和陆王心学的分歧又再次显现出来。朱熹曾说：“释氏说空，不是便不是，但空里面须有道理始得。若只说道我是个空，而不知有个实的道理，却做甚用！譬如一渊清水，清冷彻底，看来一如无水相似，他便道此渊只是空的。不曾将手去探是冷温，不知道有水在里面，释氏之见正如此。”（《朱子语类》，卷百二十六）在这里，朱熹指出，在佛家所见的“空”之中，其实有个“理”在。他又说：“儒者以理为不生不灭；释氏以神、识为不生不灭。”（同上）按朱熹的意见，佛家以具体的世界为空，并不无道理，因为具体世界的一切都流动不居，因此都只是暂时的。但世界还有理，它是永恒不变的。就这一点看，世界不是空。佛家不识得理的真实性，只因理是抽象的；犹如有些人看不见池中的水，只因为水没有颜色。

王守仁也批评佛教，但批评的出发点不同。在《传习录》下卷里，王守仁说：“仙家（指道士）说到‘虚’，圣人岂能（“岂能”意为“是否可以”）‘虚’上加得一毫‘实’？佛家说到‘无’，圣人岂能‘无’上加得一毫‘有’？但仙家说虚，从养生上来；佛家说无，从出离生死苦海上来。却于本体上加却这些子意思在，便不是它虚无的本色了，便于本体有障碍。圣人只是还它良知的本色，更不著些子意思在。……天地万物，俱在我良知的发用流行中，何尝又有一物超于良知之外，能作得障碍？”（《全书》卷三）

他又说：“佛氏不著相，其实著了相（著相，意为“执著”）。吾儒著相，其实不著相。……（佛）都是为了君臣父子夫妇著了相，便须逃避。如吾儒，有个父子，还它以仁；有个君臣，还它以义；有个夫妇，还它以别。何尝著父子君臣夫妇的相？”（同上）

如果依循这种辩论的思路，可以认为，新的儒家在坚持道家和佛家的基本思想上，比道家和佛家自己更加一贯和彻底，他们是比道家更道地的道家，也是比佛家更道地的佛家。