背负着艰巨的使命，汉密尔顿以最快的速度策马前往奥尔巴尼，在人类身体极限所能承受的范围内，连续五天每天坐马车飞驰将近100公里。在途中，他在哈得孙河东岸的菲什基尔停下来，自作主张向伊斯雷尔·帕特南将军宣布，需要他抽调两个旅向南去支援华盛顿将军。汉密尔顿一点也不会怯于按自己的想法行事。他自作主张地要求帕特南将军保证向华盛顿额外提供700名新泽西武装人员。他向华盛顿解释说：“我认为您不会拒绝可以加强您的部队的任何措施，尽管，在那个时候，有那么短暂的一段时间，我是按照自己的猜测行事的。”为了赶时间，他告诉华盛顿，“一位军需官会为我提供一些新马。等到这些马备好后，我就立刻重新渡过哈得孙河追上河对岸的部队，尽我所能用最快的速度赶在那三个旅的部队开拔之前抵达奥尔巴尼”。[73]

汉密尔顿在1777年11月5日到达奥尔巴尼后，他匆忙和霍雷肖·盖茨召开了一次会议。在汉密尔顿看来，萨拉托加大捷的英雄桂冠应该戴在本尼迪克特·阿诺德（Benedict Arnold）的头上，而不是被盖茨霸占。在他的眼中，盖茨是一个软弱、怯懦的不称职的将军，而后来发生的事情证实了汉密尔顿的判断。此时的盖茨头发灰白，高高的鼻梁上架着一副眼镜——后来，人们给他起了一个颇有讽刺意味的外号“盖茨奶奶”——他身材魁梧，和华盛顿相比，他的形象也同样令人难忘。盖茨是一位公爵的大管家的私生子，他曾在英国的军事学院学习军事，曾参加过法国-印第安战争。现在，他正处在由于这场伟大的胜利而带来的极度的自我膨胀之中，他可不打算交出自己手中的任何一个士兵。汉密尔顿没有温顺地听盖茨训话，相反，他用一种没得商量的口气告诉盖茨，他需要盖茨划拨出多少部队。盖茨反驳说，英军在纽约的司令官亨利·克林顿爵士仍然有可能沿哈得孙河北上威胁新英格兰，拒绝汉密尔顿提出的划拨三个旅给华盛顿的要求。出于礼节性的安慰，盖茨最后同意分配一个旅去支援华盛顿，这个旅由一位名叫帕特森的将军指挥。会后，汉密尔顿四处打探消息，发现帕特森的这个旅只有600人。“是这里的三个旅中力量最弱的一个，”他坦率地写信告诉盖茨将军，“在这种情况下，我不认为接受那个旅是符合军事需要的，也无法相信现在的状况与华盛顿阁下给我的指示一致。”[74]这是汉密尔顿非常谨慎地避免过于咄咄逼人或是恭顺驯服，他巧妙地打着华盛顿的旗号来发表自己的看法。内心极其愤怒的汉密尔顿告诉华盛顿：“我费尽了口舌去劝说他给我们派遣援军，然而他却顽固地认为在他的地盘上至少要保留两个旅的大陆军部队。”[75]后来，汉密尔顿严厉地责备盖茨是一个“厚颜无耻、流氓成性的蠢货”。[76]

让盖茨非常苦恼的是，他不得不和这个年轻气盛、自以为是的副官打交道。在一封打算写给华盛顿的信中，盖茨删掉了一段有关汉密尔顿的暗示性的话，而这段话恰恰说明了他对于当时的处境有多么的愤怒：“尽管在战争或类似的场合中，无条件服从司令官的副官口头传达的命令是合理甚至是完全必须的，然而我相信还从来没有这样的先例，居然允许一个小小的副官对在500公里外的一支军队发号施令。”[77]最终，汉密尔顿从盖茨那里得到了这样的保证：盖茨统一分配两个由汉密尔顿挑选的旅给华盛顿。这对汉密尔顿来说无疑是一次大胆的表现，他在其中表现出了高明的政治手腕。

在和盖茨形成紧张的僵局的期间，汉密尔顿在奥尔巴尼逗留了很久，这让他有机会和他的老朋友罗伯特·特鲁普见面，并有机会在菲利普·斯凯勒的府邸与斯凯勒将军本人共进晚餐。在把北方军的军权交给盖茨之后，斯凯勒将军感觉萨拉托加大捷根本就是对自己的嘲讽，因为是他为那场战役打下了胜利的基础。纳撒尼尔·格林将军也持有相同的看法，他说盖茨“根本就是个走运的小孩”，而在他看来，“北方军的胜利在他上任之前就已经是注定了的”。[78]在访问斯凯勒的府邸期间，汉密尔顿第一次遇到了将军的二女儿，当时20岁的艾丽萨。在两年后，他们将开始一段感情。

在精疲力尽地结束和盖茨的谈判之后，汉密尔顿沿哈得孙河南下打算返回司令部，然而，在路上，他发现自己的使命并没有结束。在纽约州州长乔治·克林顿位于新温莎的府邸停留期间，他发现伊斯雷尔·帕特南将军承诺的两个旅的援军并没有启程，于是他又折返回去。帕特南是一个来自康涅狄格的直率的胖乎乎的农民，他曾经经营过小旅馆。他的副官亚伦·伯尔对他无比爱戴，称呼他是“我亲爱的老将军”。[79]很可能就是这位帕特南将军在邦克山对自己的部下说：“在你看到敌人的眼白之前不要开枪，一旦看到，就立即朝他下身开火。”[80]当汉密尔顿发现帕特南违背了自己的诺言的时候，他立刻给帕特南写了一封充满愤怒的、措辞激烈的信，全然不顾一个年轻的副官应有的谨慎，毫不客气地痛斥这位要比他年长一倍的老军官：

先生，我不得不承认我惊呆了。我很吃惊地发现，华盛顿阁下的命令到现在为止都还没有得到执行。那些我曾向您提起的，应该在华盛顿将军最迫切需要增援的时刻前去增援的部队，居然现在还按兵不动，而因此将美国的事业推入无比危险的境地。我的陈述或许过于直白而不够礼貌，但是它们完全是发自我的肺腑，为的是这个大陆最根本的利益。[81]

于是，汉密尔顿不得不向帕特南下达命令，要求他将自己手下除州民兵外的全部大陆军部队都立即派到华盛顿那里。其实，这件事并不全是帕特南的错，因为当时的那两个旅已经有好几个月没有领到军饷了，士兵因此拒绝启程开赴战场。

由于处在一种尴尬的境地，汉密尔顿在他写给华盛顿的信中战战兢兢地告诉自己的老板他可能超越了自己的权限行事。不过，华盛顿却对他的工作无条件地表示支持：“我同意你所采取的一切措施，我只希望你所做的努力能够和你的热情与高尚的目的相一致。”[82]就像在9月时的费城一样，华盛顿又一次给他的这个少年得志的天才授予了便宜行事的全权，而这场赌博也同样取得了漂亮的回报。这位年轻的副官被证明是一个能够坚持自己主见、可以独当一面的将才，而不仅仅是将军的传声筒。对汉密尔顿来说，他和这两位冷酷的将军打交道的经历使他更加确信，严格的上下级关系和中央集权才是能够实现目标的不二法门。这种观点反映到政治观点上，就是他后来所强烈地主张的美国应当实行联邦中央集权而不是将权力分散到各个州去。

汉密尔顿的这段沿着哈得孙河来回奔波的生活严重伤害了他本来就脆弱的身体。11月12日，他从新温莎写信给华盛顿，解释他为什么会耽搁了返回司令部的行程：“我这两天由于发烧和严重的全身风湿性疼痛而在这里多逗留了两天。”[83]尽管此时疾病缠身，汉密尔顿依然抱病指挥各路援军赶赴华盛顿的麾下，并且坐船顺流而下来到皮克斯吉尔，对帕特南的部队施加最大的压力。11月底，已经形容枯槁的汉密尔顿倒在了丹尼斯·肯尼迪（Dennis Kennedy）家的**，似乎没有人能确信他一定能够康复。在一封写给克林顿州长的信中，I.吉布斯上尉（Captain I.Gibbs）说他担心感冒和发烧的并发症会要了汉密尔顿的命。11月25日，他报告说“种种迹象表明”，汉密尔顿“似乎已经病入膏肓，正在被严重的感冒夺去生命，然而，在坚持了两个小时之后，他活了下来”。11月27日，当寒气再次从他的双脚侵入膝盖的时候，在场的医生认为汉密尔顿一定撑不下去了。然而，“他的那种状况持续了将近四个小时，然后就退烧了。从那时起，他的健康就一天天地恢复了”。由于汉密尔顿对盖茨将军过于的苛刻，并不是所有人都为他的康复欢呼。12月5日，休·休伊斯上校（Colonel Hugh Hughes）在一封写给他的好朋友盖茨将军的信中说道：“汉密尔顿上校在皮克斯吉尔由于神经紊乱而大病了一场，他之所以能够脱离危险，我相信是因为他把自己的脾气改得温和了一些。”[84]

在圣诞节前几天，汉密尔顿开始启程，返回华盛顿的司令部，不过在莫里斯镇又一次病倒了。他被一辆雇来的马车送回了皮克斯吉尔做进一步休养，在这里他被羊肉、橘子、土豆、鹌鹑这样的丰盛的食物喂得饱饱的。直到1778年1月20日，汉密尔顿才回到了华盛顿的司令部，此时司令部已经搬到了费城附近的福吉谷——一个显然不会让这位刚刚康复的上校保持好心情的、冷得要命的地方。

在一些地方，由于霍雷肖·盖茨将军在萨拉托加所取得的无人可比的战功，所以人们谣传说他会取代华盛顿担任大陆军的总司令。人们对于华盛顿的不满也是可以理解的。华盛顿在纽约和费城的表现与萨拉托加大捷相比要相形见绌。至于他在特伦顿和普林斯顿的那两次振奋人心的胜利，在人们脑海中的记忆已经被最近的在白兰地河和日耳曼镇吃的败仗取代了。华盛顿和盖茨的斗争反映了大陆会议里的政治分裂的局面。约翰·亚当斯、塞缪尔·亚当斯、理查德·亨利·李（Richard Henry Lee）和其他一些希望大陆会议能够加强对军队控制的人站到了盖茨一边。在那年秋天所写的日记中，约翰·亚当斯对华盛顿的指挥表示了不满：“神啊，赐给我们一个伟大的灵魂吧……请赐给我们一个充满活力的，有能力的人来结束眼前的混乱，拯救这个国家吧！”[85]尽管约翰·亚当斯并不是在任何问题上都无条件地支持盖茨——他担心对华盛顿的盲目个人崇拜会导致军人统治——但他仍乐意看到萨拉托加大捷给总司令蒙上了一层阴影。而在大陆会议的另一个团体中，约翰·杰伊、罗伯特·R.利文斯顿、罗伯特·莫里斯（Robert Morris）和其他一些保守派人士则希望能够赋予总司令更大的执行权力，因此，他们坚定地站在华盛顿一边。

盖茨手下最为积极的一名党羽是一个名叫托马斯·康威（Thomas Conway）的喜怒无常的爱尔兰人，他曾在法国接受教育，并曾在法国军队服役，在那年春天，他加入了大陆军。汉密尔顿毫不遮掩地表达了对这位新上任的准将的蔑视，他写道：“世界上再也没有比他更缺德、更喜欢诽谤中伤别人、更喜欢煽动闹事的坏蛋了。”[86]康威毫无顾忌地在盖茨面前表达他对华盛顿的军事才能的不屑一顾。在萨拉托加大捷之后，他给盖茨写道：“上帝已经决定拯救你的国家了，否则它早已经被一个软弱的将军和一群愚蠢的顾问毁掉了。”[87]盖茨并没有制止这种近乎叛逆的言论。当这封信的一个副本在11月落入华盛顿手中时，他给盖茨去了一份简短而充满愤怒的函件，信中引用了那句康威所写的有关他的话，并要求盖茨做出解释。

盖茨这一次被华盛顿抓了个正着，于是他试图将注意力从自己的不忠转到追查那个泄露了这封信给华盛顿的家伙。他的同事詹姆斯·威金森少校（Major James Wilkinson）认为这个“内奸”可能是罗伯特·特鲁普。盖茨回想起和汉密尔顿打交道的那段不愉快的往事，便认定华盛顿的这个年轻的副官就是这一切的始作俑者。“汉密尔顿上校曾独自一人待在那间屋子里。”他告诉威金森，“在这段时间里，他将康威的信翻了出来，誊写了一份还将这份副本交给了华盛顿。”现在，盖茨把矛头指向了当时仍然在皮克斯吉尔养病的汉密尔顿。盖茨说他已经有了一个计划可以“迫使华盛顿将军赶走汉密尔顿”。[88]

12月8日，盖茨给华盛顿写了一封未加深思熟虑的信，在这封信中，他遮遮掩掩地指控汉密尔顿：“我恳请阁下给我提供一切帮助，以便找出那个把康威将军写给我的信摘抄出来交给您的人的真实身份。那些信是在被偷窃后复制的。”盖茨告诉华盛顿说，他有权“为了我和美国的利益，找出那个背叛了我并且严重伤害了您的权威的人”。[89]事实证明，汉密尔顿是无辜的，而泄露这条消息的人恰恰就是卑鄙地指控汉密尔顿和特鲁普的詹姆斯·威金森。在执行一项大陆会议的任务时，威金森——这个喜欢炫耀的不可救药的酒鬼、阴谋家和牛皮匠——在宾夕法尼亚的雷丁停下来喝酒，他在酒桌上将康威写给盖茨的信的内容告诉了斯特林勋爵的一个副官。斯特林勋爵得知后，将这件事告诉了他的好朋友华盛顿。汉密尔顿从此再也没有忘记盖茨曾经打算毁掉他的名誉这档子事。“我是他的私敌，”他在两年后写道，“因为他毫不公正地、无缘无故就攻击我的名誉。”[90]

是不是真的存在着策划取代华盛顿的阴谋——即所谓的“康威阴谋集团”——长期以来一直是史学家研究的绝佳素材。可以肯定，确实存在着一些暗地里的活动和松散的批评者联盟打算用盖茨取代华盛顿，尽管他们从来没有将此付诸实施。最初，这个密谋集团看起来是有可能成功的。在11月下旬，大陆会议任命霍雷肖·盖茨担任战争委员会的主席，这个委员会有权监督华盛顿的行动。到了12月中旬，尽管华盛顿强烈抗议，康威还是被晋升为总监军。汉密尔顿现在相信，这些“良心被吃了”的阴谋家已经威胁到了华盛顿。“从我见到你那时起，”他在给乔治·克林顿的信中写道：“我就发现了魔鬼的足迹，我并不怀疑它真的存在。”[91]

很快，华盛顿一边的力量开始向康威这样的阴谋家反击了。1778年1月初，汉密尔顿的好朋友约翰·劳伦斯提醒他身为大陆会议主席的父亲亨利·劳伦斯，说现在有一个针对华盛顿的阴谋。亨利·劳伦斯则向自己的儿子保证：“我将注意他们的每一个行动，并且坚决地反对任何邪恶的企图，哪怕他们从表面看有着冠冕堂皇的理由。”[92]归根究底，华盛顿在人们中的威望是无法动摇的，他的对手的喧嚣聒噪恰恰增强了华盛顿诚实的形象。到了1778年4月，大陆会议愉快地接受了康威辞去总监军职务的请求；而霍雷肖·盖茨在战场上也逐渐挥霍掉了自己的声望。这场阴谋的结局是，康威和盖茨都面对了决斗的挑战。詹姆斯·威金森背弃了自己的老上级，向盖茨发出了挑战，然而，当盖茨在决斗场上精神崩溃，跪地求饶的时候，决斗被取消了。由于康威仍然坚持不懈地诽谤华盛顿，他被约翰·卡德瓦拉德将军（General John Cadwalader）拉到了决斗场，后者一枪打穿了他的头颅，子弹从康威的嘴里射了进去，从头后钻出。不过，卡德瓦拉德一点也不后悔，当看到自己的对手在地上痛苦地挣扎时，卡德瓦拉德说：“我已经在这个王八羔子的嘴上贴了封条，他再也不能胡扯八道了。”[93]不知何故，康威成功地活了下来，但是他在大陆军的军旅生涯，从此就彻底结束了。