嘉靖皇帝在位后期迷恋道教，不去朝堂处理政务。很多大臣上书劝谏，皆因此获罪，因此无人再敢上书。海瑞在家中写了一篇《治安疏》，在文中直言批评嘉靖帝迷信巫术，不理朝政。然后买了一口棺材，并将家里的仆人遣散。他托朋友将《治安疏》呈给皇上，嘉靖帝看到此文后勃然大怒，把文章扔到地上，怒气冲冲地说：“此人居然敢如此辱骂朕，赶紧把他抓起来。”这时身边的宦官说：“皇上，不用去抓他，海瑞早就买好了棺材，安顿好了家人，就等一死了。”嘉靖听了，被海瑞的勇气震惊了，于是捡起地上的《治安疏》重新读了一遍，然后喃喃说道：“此人可与比干相比，朕不能当商纣王。”但是不惩罚海瑞，自己又没面子，于是又说：“朕缠绵病榻已久，海瑞怎么能说我不理朝政呢？”遂下旨将海瑞关进监狱。

嘉靖皇帝还没来得及说如何惩治海瑞，就驾崩了。牢狱的侍卫知道后给海瑞准备了一桌酒席，庆祝他即将脱离苦海，海瑞不知道实情，还以为自己要上断头台了，于是大吃了一顿。吃完后，牢狱头子告诉他，嘉靖皇帝驾崩了。海瑞先是一惊，然后悲痛大哭。人们都被海瑞的忠心感动，称他是尽忠如蝼蚁！

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海瑞饿死女儿

据明代姚叔祥的《见只编》记载：海瑞家中十分节俭，从来不给女儿零食吃。府里的一个男丁觉得小女孩十分可怜，就偷偷给她了一块饼。女儿刚吃两口，就被海瑞发现了。海瑞问女儿，饼是从哪里来的，女儿就说了实话。海瑞十分生气，说道：“一个好女子怎么能轻易接受男人的东西呢！”他的女儿听了这句话后，再也不肯吃东西，七天之后绝食而亡。