忽必烈当时正驻扎在察罕脑儿，听闻阿合马被杀的消息后大为震怒，立刻赶回上都，同时还命令枢密副使孛罗、司徒和礼霍弥、参政阿里等到大都平定骚乱。

事发后的第十七天，忽必烈在高梁河抓住了高和尚，并把起事的王著与高和尚一同诛杀。王著临刑前愤怒地大喊：“我为天下除害，虽然现在会被你们杀死，但是将来，一定会有人为我讲明真相！”

阿合马死后，忽必烈依然没有查明事情的真相，也不知阿合马究竟犯了什么罪，还命令中书省不要追查阿合马的妻儿。但是群情激愤，孛罗便向忽必烈说明实情，忽必烈这才知道阿合马的十恶不赦，并大怒道：“王著杀得对。”

为了以示惩戒，忽必烈下令掘墓开棺，在通玄门外斩戮阿合马的尸体，并任由野狗吃掉了阿合马的肉。朝廷百官和士人百姓看见后，无不拍手称快。

相关链接：

敛财专家阿合马

忽必烈自封帝国大汗后，就面对着来自其他汗国的不断攻击，他还要在中原地区开疆拓土，所以需要大量钱财来支撑自己的战争需要。而阿合马在敛财方面的“天分”，恰恰是忽必烈重视他的根本原因。

阿合马为了从老百姓手中搜刮粮食，先是没收了一批铁矿，然后做起了皇家铁矿生意，一年之内产铁一百万斤，又铸造出农具二十多万件。农具怎么变成粮食呢？他想了一个绝招，让老百姓拿家里的粮食来换农具。但是老百姓家都有农具，那该怎么办呢？这还不简单，拿过来当废铁廉价卖给国家呗。可是家中的农具还能用啊？那不行，阿合马说你的农具是废铁，那就是废铁。你要是不拿粮食来换农具，那就治你的罪。

就这样，阿合马一年之内就给忽必烈弄回来四万石粮食，给忽必烈的征伐战争提供了充足的资源。