公元1091年，苏轼再次回朝任吏部尚书。七个月后，他被调任颍州、扬州太守。此后，又分别当了一个月的兵部尚书和九个月的礼部尚书。如此频繁的升职贬职事实上是朝廷矛盾的表现，一方面，太皇太后十分欣赏苏轼，希望能够利用他来制衡新党；另一方面，太皇太后又对他执拗的态度十分不满。

公元1093年，太皇太后去世，十八岁的宋哲宗终于正式亲政。由于先前长期被太皇太后压制，宋哲宗的内心已经有些扭曲。所以他亲政后便展开大规模的政治反扑，疯狂打压元祐党人。而一直受到太皇太后器重的苏轼也成了宋哲宗的打击对象，他先是被调离京城，贬为定州太守，一个月后又被贬至偏远的惠州，两年半后，宋哲宗又再次将他贬到更远的地方——儋州。

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苏东坡巧讽吕微仲

相传苏轼有一次来到宰相吕微仲处做客时，恰好遇上吕大人午睡。苏轼就在客厅内等了许久，等到吕微仲睡眼蒙眬地出来接待时，苏轼心中已经十分不满了。正好他看到吕微仲客厅的鱼缸里养了一只绿毛龟，于是他佯装不经意地提道：“吕大人家中的这种六眼龟可是十分难得的。”吕微仲并不知道苏轼话里有话，就接口道：“那还请东坡说说这种乌龟的来历。”苏轼听了后装作热情地为吕微仲讲解道：“我只知道唐庄宗时期，有一个藩国给唐庄宗进献了一只这样的六眼龟，那时梨园弟子还特地编了套戏词讨庄宗开心呢。戏词是这么说的：不要闹，不要闹，听取这龟儿口号，六只眼儿分明，睡一觉抵别人三觉！”吕微仲这才听出了苏轼的话外之音，却又无法发火。