公元前350年，商鞅又实行了第二次改革，有了第一次成功变法做基础，这一次商鞅的动作很大。

秦国当时实行的还是从西周开始盛行的井田制。井田制就是土地划分为许多方块，且形似“井”字，田块之间有宽阔的大路。商鞅为了最大限度地使用土地，就废除井田制，把这些大路挖开铲平，也用来种庄稼。再鼓励开荒，谁开垦的荒地就归谁所有。这就是所谓的“废井田、开阡陌(43)”。

另外，为了方便秦王管理，他还建立了县的组织，由国家直接派人进行管理。

他还在秦国范围内统一度量衡(44)，这个措施有利于商品的长途交流，对秦国的经济有很大的促进作用。

商鞅所进行的变法是战国时期持续时间最长、涉及面最广、对社会触动最大的一次变法。如此大规模的改革，自然会引起激烈的斗争。

他所进行的几项措施对于许多贵族和大臣来说都是不利的，这些人一直都处心积虑地想要反对商鞅，包括太子和太子师傅等。

商鞅是一个执法严明的人，他明知道太子不喜欢自己，但是他并没有向太子妥协。有一次，太子犯了法，商鞅对秦孝公说道：“国家的法令必须上下一律遵守。要是上头的人不能遵守，那下面的人就不信任朝廷了。太子犯法，他的师傅应当受罚。”于是，他把太子和太子的师傅都治了罪，太子因为不能受墨刑，所以就处罚了他的师傅，在脸上刺字。其他人见商鞅连太子和太子师傅的面子都不给，就再也不敢触犯新法了，使新法得以顺利推行。

过了十年，秦国果然越来越富强，周天子派遣使者送祭肉给秦孝公，封他为方伯，中原的各诸侯国纷纷向秦国道贺。商鞅变法为秦国成为战国中期以后最为强大的国家奠定了坚实的基础。

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商鞅之死

由于商鞅制定的法令过于严苛，所以他在秦国的上层人士中十分招人怨恨。公元前338年，秦孝公去世，秦惠王即位。商鞅想要告老退休，却有人对秦惠王说：“商鞅的新法深入民心，老百姓都知道他的新法，根本不知道大王您。如今商鞅想离开，请您尽快下决断。”

秦惠王听了这话，还在犹豫要不要杀掉商鞅，这时候公子虔等人告发商鞅谋反。秦惠王就派人捉拿商鞅。商鞅连夜逃跑，到边关的时候想要投宿旅店，却因为出来得急没有带凭证，店家因为怕犯了商鞅制定的连坐法被治罪，不敢收留他。商鞅没想到，自己竟然是被自己制定的法令所害。

他又想去魏国避难，却被魏国拒绝，因为他之前攻打过魏国。无奈之下，他只好偷偷潜回自己的封地商邑。商鞅虽然带着邑兵反抗，但最后还是被秦惠王杀掉了，并且还把他的尸身带回咸阳，处以车裂之刑。商鞅的家人也都被杀害。商鞅虽死，但他所推行的新法并没有被废除，而是一直影响着秦国乃至以后的秦朝。