在万历这一朝里，有一件宫廷中的争端，后来竟影响了外廷，那就是因储位问题而引起来的议储、立储、废储等事的明争暗斗。这些事情还导出了明末有名的三案：梃击案、红丸案、移宫案。这三案后来竟被人用到门户之争中去，作为加罪于人的法宝，直争到明代已亡还没有停止，到了南明，偏安于江南一隅时，还有人在争着拿它来作为争权夺利的工具。
万历的皇后姓王，她是在万历六年（1578）被册立为皇后的。王皇后为人端谨，但却不为万历所爱。她正位中宫达四十余年，却一直无出，没有生过子女。万历的长子朱常洛生于万历十年（1582），《明史·神宗纪》说他生在九月，而《后妃传》则说他生在八月。皇长子的生母也姓王，原本是在李太后所住的慈宁宫里服役的一名宫女。万历在去慈宁宫向李太后问安时，和这位宫女偶然发生了关系，并使她怀了孕的。万历事后并没有挂心，到后来竟全忘了，更不知道那个宫女已经怀上了孩子。但是李太后对这件事却极关心，在看到这个宫女像是已经有孕，便非常高兴。她把万历召来，并问他将如何安置。但她没想到，万历对他干过的那件事却不肯认账，想把它推掉。李太后无奈，才叫人到敬事房把《起居注》取来，翻出那上面的记载，拿给万历看。原来这敬事房中的《起居注》，是专门用来记载皇帝御女之事的专册，不拘是何人，凡经承幸，都要一一照书无误。万历看到了这《起居注》上的记载，只好承认了。李太后这才告诉万历，她早就为着他久婚不育而心焦了，如今王姓宫女有了孩子，是件极大的好事，如果能生下个男孩，不但使她有了早已盼望着的孙子，而且继承皇位也就有人了。她见万历一直默默无语，似乎面有难色，便又说：“你不要以为她是个宫女就轻视她，如今母以子贵，她比什么人都不差，往后你可以封她。如果生下了皇子，除了皇后，就得属她了。”万历被逼无奈，只好先将王姓宫女封为才人，后来她生下了皇子，才又把她晋封为恭妃。
皇长子朱常洛出生后，在万历的心目中倒很平常，而在李太后和朝臣们的心目中，这位皇长子可太不同寻常了，他们早就把他看成了皇位的继承人。原来依照封建的礼法来说，最看重的便是嫡子和长子，在一般人家，凡是正室夫人所生，便是嫡子。在皇室则是皇后所生的才得称为嫡子。嫡子是皇位的法定继承者，不论他排行第几，皇位都应归他继承。但如皇后无子，则应由皇长子来继承皇位，这叫“有嫡立嫡，无嫡立长”。朱常洛出生时，王皇后已经册立有年，却一直无所出，正合了“无嫡立长”的条件，所以李太后和群臣，早就把他当成皇位的继承人来看待了。
最初，皇长子朱常洛的这种被当成皇位继承人的特殊地位，一直都很稳定，一点儿受威胁的情势都没有。在他之后虽然又生过一个早夭了的皇次子朱常溆，但对他也并没有丝毫的影响。可是到了万历十四年（1586），皇三子朱常洵降生，却给皇长子朱常洛带来了很大的危机。皇三子朱常洵的生母是最为万历宠爱的郑贵妃，这位郑贵妃是所有妃嫔中生得最美，又最能言善道的一个，所以入宫见宠，很早就被封为贵妃，地位已居于生下了皇长子的王恭妃之上，在她生下了皇三子之后，万历又把她晋封为皇贵妃，地位仅次于皇后，比王恭妃高得更多了。这种情况使诸臣很不平，因为他们认为，皇长子乃是元子，是皇位的继承人，母以子贵，晋封皇贵妃的应该是皇长子的生母才对。皇三子不过是个一般的皇子，没有什么可称道的，郑贵妃生下了他，怎么能晋封为皇贵妃呢，这件事太不合乎礼法了。正在大家纷纷议论、极为王恭妃不平之时，忽又传出了一个消息，说万历已经答应了郑贵妃，将来要把她的儿子朱常洵立为皇太子。并说，万历还为此赐给了郑贵妃一枚金合，把这件事称为他们的“金合密约”。人们还说，郑贵妃之所以晋封为皇贵妃，就是因为有这个密约，因为，既然母可以子贵，子，也就可以母贵。皇贵妃的地位已接近了皇后，她的儿子也就差不多可以算是嫡子了。这些消息引起了很多人的担心，他们一直以来便为皇长子没有被确立为东宫太子而担心，如今又听到了万历有废长立爱之说，就更为不安。他们都想，一定要把这件事弄个明白才行。
为此事发出最初一击的是户科给事中姜应麟。他的疏文是以郑贵妃的晋封不切当而立说的，他在疏中说，王恭妃生下了应继位为帝的元子，其地位应仅次于皇后，被晋封为皇贵妃的应该是她，而不该是别人。郑贵妃虽说才生了皇三子，但这是平常的小事，她忽然得晋封为皇贵妃，则叫人觉得费解，这件事“揆之理则不顺，质之人心则不安，传之万世则不正”。他在把事情论定了以后，才笔锋一转，归入了正题。他说，这些事，所关者还小，而立储却是天下之本，储位一定，则一切都将依礼而解了。万历因为姜应麟看重王恭妃，而轻视郑贵妃，很为愤怒，并没有细想姜应麟主要的用意何在，他怀着怒气，便在原疏后面批道：“贵妃敬奉勤劳，特加殊封。立储自有长幼，姜应麟疑君卖直，可降极边杂职。”根据御批，姜应麟马上就被降为大同广昌典史了。这一降，可以说是降得很重，但是姜应麟却显得非常高兴，马上便兴冲冲地离京上任去了。他之所以如此，乃是因为，万历每逢涉及立储一事，说话总是含含糊糊，从来没有露出一点可以让人抓住的话头，正是因为如此，所以朝臣们才老是猜疑不定。不料，这次万历由于激动，却在姜应麟的疏末批上了“立储自有长幼”一语，很明白地确定了皇长子的地位，这可是重逾泰山的一笔，太难得了！姜应麟便是为此而高兴，其余诸臣也紧紧抓住了这一点而不肯放，他们为此而上疏，都重复着“立储自有长幼”一语，并且还要求万历尽快地把这个话兑现。万历在不断地看到群臣们在疏文里都引用他的那一句话时，才感到他那句“立储自有长幼”实在是授人以柄，于他想要立爱的事太不利了。然而话已写出，笔迹具在，后悔也无法了。不过万历也并不想就如诸臣所请，马上依实照办。他设法拖着，郑贵妃的一家人和一些逢君希宠的人也都帮着万历，想抹掉他的这句话，从此就开始了长达十余年、被人称为立储之争的僵持不下的斗争。
在立储之争上相互对立的两派，其实是很不相当的两派，无论从人数上说，还是从气势上说，都是如此。从人数上来说，主张皇长子应被立为储君的，几乎是举朝尽是，而站在郑贵妃那一边，主张立皇三子的人却少得可怜。从气势上来说，两相比较，就差得更远了。在拥立皇长子的这一边，不但人多势众，而且人人都想大喊大叫，让别人知道他是站在哪一边的。想以拥立皇三子捞点好处的人，他们生怕站出来，说明他们想怎么干，他们只会在背后捣鬼，耍点儿见不得人的花招。如此强弱悬殊，他们又如何能斗得起来呢？那是因为在弱的那一边，也有个强处，在他们里面，有一位在位的皇帝，有了他，两边便旗鼓相当了。
由于拥立皇长子的人数太多，声势太大，万历在这方面采取了拖的办法，且不谈该立哪一个，却说皇长子还太年幼，此时便谈立储，实在并非所宜。他的这个说法，才一提出便被群臣给驳倒了。他们是用本朝的故事来驳他的。他们以明英宗为例，说明英宗才四个月时便被立为皇太子了，岂不是比如今的皇长子小很多吗。群臣中还有人即以万历为例来反驳他。他们说万历本人便是才只六岁便被立为皇太子的，如今的皇长子已是六岁有余，比万历被立为皇太子时，已经是有过之而无不及了，如何能说他的年龄还太小呢！这些例子都举得扎实，让万历无话可说。但是，万历还有最后一手，便是假作痴呆地予以硬拖，让人们对他无可奈何。
在这个硬加拖延的时期里，双方也都不闲着，各自想尽方法，要有所表现。拥立皇长子的诸臣，总要想方设法地表明皇长子不同于诸子，要把那不同处突出地显出来。相反的一方则又要拼命设法把对方所突出的各点都尽力抹去，要让皇长子与众皇子并没有什么两样。即以称呼而论，双方便各不相同，各有心意。拥立派的人称皇长子为“元子”，甚至还称之为“元嗣”，把视之为皇位继承人的意念很明显地显示出来了。但在对立的一方，则只称之为“皇长子”，与皇三子、皇四子并没有什么区别。到了皇长子已属读书之年，双方的斗争就更加激烈。为皇长子的身份而争的人，认为这是个很好的机会，一定要在这上面显出元子与众子的不同之处。他们多方宣说，这次皇长子的预教，一定要办成与东宫太子的出阁无异。站在郑贵妃那一边的人，则一力认为，既然没被立为太子，就不能办成像太子出阁那样。双方相持不下，时间不断地拖了下去。然而预教不能久延，而且管理和安排这件事情的人又都是拥护皇长子的，他们一面争持，一面赶办，结果把皇长子的预教办得竟与皇太子的出阁无异。这些朝臣们为胜势所鼓舞，心气更高，他们马上又催着那时的首辅王锡爵，让他加紧催问立储之事。
王锡爵是继申时行而为首辅的，他与申时行都是嘉靖四十一年（1562）壬戌科的进士，而且两人的名次相连，申时行是一甲一名的状元，王锡爵则是一甲二名的榜眼。二人的名次虽然紧密相连，但作为阁臣却很不相若，申时行干事精敏，对于繁难的事总能找出一条巧妙避开的办法；王锡爵可就不行，他粗枝大叶，常会碰到麻烦。这次王锡爵入宫去探询立储之事，见到了常在万历身边的内监，那人给了他一道万历亲手所书的手诏。诏中是说，立储事且可不谈，等皇后生了嫡子，自然就可解决。如今宜先将皇长子、皇三子、皇五子各自封王。手诏的最后则命王锡爵即就此事拟出谕旨，以便周知。这待嫡之说与三王并封的办法，都是郑贵妃一方的人想出来的暗计，由万历出面推行。待嫡之说作用有二：一是说明众子皆非嫡子，储位全都无份；二是可以把立储推迟，甚至推至无期。三王并封是进一步的做法，一时并封为王，自是完全无异，将来待嫡落空，再从三王中随便选出一个立为太子，人们便不能再说什么了。王锡爵平素倒也是站在众臣一边，倾心于拥护皇长子的人，但他做事不耐深思，奉到万历的手诏，并没有看出内中的机关，下来便将谕旨拟就，递了进去。万历也就将此旨发往礼部，命部里从速将诸事应具的仪式，详细拟就报来。
事情到了礼部，当然诸臣尽已得知，有很多人完全看透了内中暗藏的机关，于是辗转相告，通朝立即大哗。还有很多人认为王锡爵拟出这道谕旨，定然知道一些内情，问他是否可有什么办法补救。先后便有给事中史孟麟、礼部尚书罗万化等多人来到王锡爵家，向他探问。与此同时，各处的谏疏也不断飞向朝中，都认为待嫡之说荒唐、愚蠢，而且并不可靠，而三王并封是出于某些人的奸计，万万不可施行。那时内阁中共有三位阁臣：王锡爵、赵志皋、张位。王锡爵在拟旨时并没有会同赵、张二人，如今便以此为由，与赵、张二人合疏，力请发还前诏，再行拟具。万历知道，如果发还前诏，事情便算完了，只有且自拖着，或许还能成功。然而拖却难以拖过，外面群情鼎沸，不断有人闯进朝房，逼着王锡爵，要他快些想个办法。王锡爵无奈，只得要求请万历将此事付诸廷议。万历知道，交付廷议也不会有什么好事，还是拖着为妙，所以仍是不予理会。这样只顾拖着，把王锡爵逼上了绝路，只好用出了最后的一手，自劾办事多误，请求予以罢斥。这是作为首辅的最后一招了，万历已到了不能再拖的地步，而且外间的压力也实在太大，因此他只好作出让步，取消了前命。不过他的取消前命是附有条件的，那便是立储一事实在烦人，必须暂且不谈，让他安静一些时候再说。归根到底，他用的还是“拖”的办法。
立储一事，就这样拖着，不觉已经拖到皇长子15岁的时候了。15岁已到了冠婚之年，是应该为皇长子办理婚事了。在这件事情上，相对的双方又开始了一场争斗。因为冠婚与预教不同，皇太子与一般皇子的冠婚，在仪节等方面相去很远，一个没有被立为太子的皇子，是无法套用属于皇太子的仪节的，想到这一点，站在郑贵妃那一边的人，便想从冠婚上让皇长子把弱点全显出来，他们叫嚷着，皇长子已经到了冠婚的年龄了，且把储位的争议放一放，先给他把婚事办了再说！维护皇长子的人们知道这一手的厉害。皇长子的冠婚是无法用东宫太子的仪节的，只要依照一般皇子的仪节一办，他在储位之争上的优势就全丧失了。为了抵住这要命的一着，朝臣们纷纷立论，说一切当以储位为先，储位未决，不能先行冠婚。这个问题由于朝臣们的主张几乎是一致的，所以就耽搁下来了。万历本来原是以耽搁为能的，但这一次的耽搁，对他似乎并不有利。因为依照惯例，皇子们的婚事都要依序而行，排行在先的未娶，在他以后的也不能完婚。皇长子的冠婚长久拖下去，最先受累的，便是万历所最钟爱的皇三子，他也得跟着苦熬。这样，熬到了万历二十九年（1601），皇长子的年龄已有20岁，而皇三子也有16岁，再熬下去，可太不像话了。万历也看出了，只有先立定了太子，皇子冠婚的事才能解决，他出于无奈，只好就在当年，先把皇长子朱常洛册立为皇太子，然后才于次年二月，为他举行了婚礼。至此立储之争才终于结束。万历和郑贵妃，为了想册立皇三子朱常洵为皇太子，和群臣们钩心斗角地暗斗了十多年，终于以失败告终了。
皇长子朱常洛，最后虽然终于被立为皇太子，立储之争总算是告一段落了，但他的储位并不坚牢，总现出一种摇摆不定的样子。这时从内廷到外廷，忽然又吹起了一股废立风，说皇长子之被立乃是万历被逼无奈才生出的结果，就是皇帝本人都不甘心，早晚还是得把朱常洛废了，另立他早就想立的皇三子。这些话都是想要废立的人打着万历的旗号来说的，其实万历却已不像以前争立储时那样有干劲儿了。他一向便是个懒散惯了的人，在争立储时，他被郑贵妃缠着，出面使计和群臣斗了那么长时间，早已筋疲力尽，不想再多管了。在想要废立皇太子这件事上，干得最出力的就是郑贵妃一家和他们带领着的那一伙。他们觉得，和皇长子朱常洛相争，已经干了这么多年，彼此早已成仇，如果就这么退了下去，将来朱常洛一旦登基，还能有他们的好日子过吗？为了避免以后会碰到那种倒霉的日子，他们只有尽心竭力，大家一致地拼命干了。他们开始是到处去煽风点火，造谣惑众，后来终于造成了“妖书”一案。
所谓“妖书”，说来倒还有点曲折，它在立储之争以前便有了端倪了。那时宫中派出了一个名叫陈矩的太监，叫他到各处去搜寻图书，在他收集回来的书籍中，有一本名叫《闺范图说》的小书，是刑部左侍郎吕坤在山西做按察使时所写的，是一本图文兼具的小册子，书中所讲的，全都是历代的一些贤德的女人。万历见它是本讲妇德的书，便把它赐给了郑贵妃，让她去看看。郑贵妃读完了那书，另外又添上了12个人的图说，还为那书作了篇序，交给了她的伯父郑承恩，让他拿去刻印成书，流传到外间。那时有个名叫戴士衡的给事中，因与吕坤有仇，便疏劾吕坤，说他进书入宫掖，包藏着祸心。这时又有人为《闺范图说》写了一篇名为《忧危竑议》的跋。之所以有这么个跋名，乃是因为吕坤曾进过一篇名为《忧危》的奏疏。跋文便是因疏文而发，用以攻击吕坤。跋文说，《闺范图说》一书以汉明德马皇后为开端，是因为马皇后是宫女出身，以次递升，渐渐升成皇后的。这分明是暗示郑贵妃还要往上升，终会升到皇后的地位。郑贵妃所以要刻出这本书，是由于深深领会了书中的用意，要让它为她的儿子、皇三子朱常洵被立为皇太子，做一个很好的先例。跋中笔锋一转，又转到吕坤身上，说他的《忧危》一疏，无事不谈，唯独不谈建储之事，他的用心，更为显见。这跋文和戴士衡一疏，虽然都指向吕坤，却也带上了郑贵妃，原不合于作为宣扬废立之用的东西，但有些热衷于废立的人，却异想天开，用借尸还魂的办法，写出了一篇名为《续忧危竑议》的文章，大谈其废立之事。这是一篇答客问式的文章，文中借用一个名叫郑福成的人之口，说出了所要说的话。那时皇三子朱常洵已被封为福王，所以本文主人公的名字表现得极为显然，不过是郑贵妃和福王，必定成功而已。在这篇文章里还提到了当时的阁臣朱赓，说万历忽然以朱赓入阁，也不是偶然的。赓者更也，也暗藏着要更换太子的用意。大学士朱赓因为文中指名提到了他，为了避嫌，便将那篇《续议》进呈，请由圣断。万历看了这些，极为愤怒，立即严饬锦衣卫，务要查明主犯，予以严办。这一来，锦衣卫和东厂都立即出动，抓捕了不少的人，闹得市上很乱，还有些人，乘机挟嫌诬告，更添了不少麻烦。甚而至于，连当时的首辅大学士沈一贯，也想在这上面插上一手，借此打击他所忌恨的次辅沈鲤、东宫讲官郭正域等人。由于妄告和滥捕，这事竟闹得京城内外人心惶惶，乱成一团，甚至连本案也无法审结了。搞到最后，由于上面又催得紧，只好采用快刀斩乱麻的办法，把一切罪名都算在已捕到的一名无赖皦生光的头上，把他凌迟处死，草草作了了结。
和外面相应，郑贵妃和她那一家人，在宫里也不断安排着许多策划。他们想着，最痛快的事情，应该是万历皇帝自己能挺身而出，学他的祖上宣宗皇帝，干脆废了王皇后，改立郑贵妃为后，那么福王就成了嫡子，一了百了，什么都解决了。但是，这只是想着痛快，真的干起来就难了。万历对于王皇后虽然很平常，没有什么不肯废后的，但是慈圣李太后却极喜爱王皇后，说她端庄恭谨，持身有节，是个很好的皇后。想把她废了，李太后头一个就不能答应，皇帝也绝不敢向太后提这件事。废立皇后行不通，他们就盼着王皇后早点儿死，只要她一死，郑贵妃马上就会被册立为皇后，事情也就解决了。王皇后的身子看上去并不好，给她的供奉一向又差，希望她快点儿死，也并非无望。但是这一宗更使他们失望，王皇后身子虽弱，供奉虽差，但是却很能静以自处，怡然自适，连生病的时候都少。实际上，王皇后和万历是在同一年里去世的，他们都死在万历四十八年（1620），王皇后倒是先死的，可是她死后才几个月，万历便也死了。当然，这些巴望着郑贵妃的人，也想过要加害王皇后或是皇长子，但是，他们还是害怕李太后，总没敢动手。万历对于皇长子，一向都极平常，但是李太后却与他大不相同，她自始便极看重他，认为他是皇位的继承人。一次，李太后和万历谈起了才被立为皇太子的皇长子，太后问万历，为什么他总不大喜欢皇长子。万历没有细想，脱口便说道：“彼都人子也！”李太后闻言大怒，厉声斥责道：“尔亦都人子也！”万历这才惶恐不安，伏地请罪。所谓“都人”，是宫中对宫女的称呼。李太后也是宫女出身的，所以她不禁要发怒，万历自觉惶恐，也是因为竟忘了太后也是宫女出身这一点。
废立的事，断断续续地，一直闹到李太后去世以后，才有了新的变化。李太后是在万历四十二年（1614）的二月里去世的，到了次年，万历四十三年的五月里，便发生了梃击一案。
这梃击一案原本是这样的：在万历四十三年五月初四的晚间，有个手持枣木棍的人，悄悄地闯到了皇太子居住的慈庆宫前，用棍将守门的内监李鉴击伤，又闯到前殿的屋檐下，由于那里守护的人多，这个人被内监韩本用等捉住了。这件事显然是郑贵妃那一伙所干的，但他们竟干得如此荒唐粗陋，有如儿戏，却又很出乎人们的想象。