随着国内外形势的严重化，在幕府和萨摩、土佐等藩大名及上层武士中，出现了调和朝廷与幕府间关系的幕藩改良主义——“公武合体”运动，它与尊王攘夷运动相对抗。

幕府保守派企图借迎娶孝明天皇的妹妹和宫作将军德川家茂（庆福）的夫人，以实现“公武结合”，争取天皇的权威来加强幕府地位。公卿中的公武合体派岩仓具视于1861年10月20日陪同和宫到江户，积极促成其事。萨摩藩主的父亲岛津久光，是个强烈的攘夷主义者，各藩志士曾寄望于他，要推举他为首反幕。但岛津久光从国内最富强的封建大名利益出发，认为尊攘派的活动是“浪人轻率之举”[306]，对他们打破幕藩封建秩序的行动极为不满，坚决致力于“公武合体”，企图通过改良达到攘夷和改进幕藩关系以维护封建统治的目的。1862年3月，岛津久光带领藩士千余人到达京都。他首先在4月23日晚派家臣刺杀正在京都郊外伏见“寺田屋”旅馆开会的萨摩藩尊攘派领导人有马新七等七人，以镇压尊攘派活动（“寺田屋之变”）。然后又带着天皇改革幕政的指示，与皇室公卿一起去江户，督促幕府吸收强藩参与幕政，实行幕政改革。当尊攘运动日趋高涨时，公武合体派企图聚集皇室、幕府和各藩大名及上级武士的力量，维护摇摇欲坠的幕藩体制，以便由他们分享最高权力。

尊攘派向公武合体派展开了斗争。在长州藩，尊攘派领导人久坂玄瑞等把公武合体派上级武士逐出藩政府。1862年7月召开的藩政会议上，使藩政府方针由“事朝廷以忠节，事幕府以信义，事祖先以孝道”的公武合体宗旨改变为“奉敕攘夷”。长州藩遂成为尊攘派的基地。[307]

尊攘派对付公武合体派的战术是攘夷。1860年12月5日，尊攘派浪人在三田刺杀了美国使馆翻译休斯根（H.Heusken）。1862年12月12日，长州藩的久坂玄瑞、高杉晋作等人烧毁了江户的英国公使馆。各地也陆续发生杀伤外人事件。这些攘夷事件的目的是使屈服于外国的幕府陷于困境。尊攘派还用恐怖手段打击公武合体派。1862年1月15日，宇都宫藩士菊池教中等人，在江户坂下门外袭击了首席老中安藤信正，使他负伤后被迫辞职，史称“坂下门之变”。[308]7月，尊攘志士刺杀了公武合体派公卿的家臣岛田左近及参与安政大狱的人物，又扬言将谋杀朝廷公武合体派首脑岩仓具视等人，迫使天皇罢免岩仓，任用激进的下级公卿三条实美等。8月，岛津久光在江户促成了幕政改革，[309]回到京都，当地形势大变，政权已由尊攘派左右，他不得不悄悄地返回本藩。