通过岛原起义，德川幕府不单认识到对外贸易对封建经济的威胁，而且更理解到外来宗教对幕藩统治的威胁，由此实行持续200多年的锁国体制。宽永十六年（1639）幕府发布第五次也是最后一次锁国令。全面禁止外船来日，命各藩检查航行船只，提高密告外船走私入境者以3倍的奖金，并禁绝国外教会对日本教民的一切联系与影响。宽永十八年（1641），将同基督教传教无关的荷兰人一律转移到长崎的出岛，[119]限制外文书籍进口，连朱印船贸易也禁止了。日商受重大损失而破产。锁国后，幕府只限长崎一港，准许中国、荷兰船舶通航，独占了与日本的贸易。由此日本的外交和贸易全部被置于幕府统制下。输入品中占重要位置的生丝交易则被持有生丝特许证的豪商集团（“丝割符仲间”）独占。

锁国时因贸易额没有限制，所以奢侈品的输入，金银铜外流的趋势，长期没有变化。但金银铜的产量渐减，继续外流会减少国内通货，贞享二年（1685）后，不断限制贸易额并取缔走私。正德五年（1715），幕府颁布《海舶互市新例》（正德新令），对贸易限制做了全面安排。规定每年中国船限30艘，银6000贯[120]；荷兰船限2艘，银3000贯。这一限额一直实施到元禄年间（1688—1703）。此后，金银生产减少，国内产业发达，丝、糖、工艺品等重要进口货渐能自给，外贸额自然下降。

整个锁国时代（1633—1857），幕府强迫天主教徒改宗佛教。如上所述，每个日本人都必须固定一个寺庙作为他的“檀那寺”[121]，由寺院证明他是某一佛教宗派的信徒。寺院掌握了信徒的“改宗户籍”[122]，成为幕府统治人民的工具之一。当时称这样的制度为“寺请”或“檀家”制度。