朱由崧的御营人马虽然不多，但却兵种却是齐全的，有步兵，有骑兵，有轻重火器营和弓弩手，另外还有工兵营。
朱由崧当初让刘肇基训练的这一复合兵种能功能守，可以与鞑子野战，也可以攻坚，攻坚的手段之一便是动用工兵营爆破，这六百人朱由崧不能白养着他们，现在是启用他们的时候了。
工兵营包括工程兵和爆破兵，炸药和火炮应用于军事，让工程兵和爆破兵有了用武之地。
城中的清军连吃败仗，士气低靡，如惊弓之鸟。只要能把九江城炸开一个缺口，坚城优势就丧失了，朱由崧的人马能攻入城中，问题就解决了。
朱由崧立即与工兵营、辎重营、轻火器和马步营以及水师营的统领研究具体的爆破方案，因为工兵营要完成爆破作业，须得这由这几个营掩护协助。
两天后的深夜，数条小船悄悄地从江中逆流而上，然后沿着九江护城河向前划行，一直到九江南门外小舟才靠岸停下，船上装的是炸药，还有风干的柴草，另外是锹镐，再就是工兵营的将士了。
夜幕下数条黑影带着各自的应用之物弃舟上岸就爬到了城下。为了稳妥起见，这六百人在南城外选了三个爆破点，工程兵和爆破兵结合，每二百人负责一个爆破点。
九江城城高三丈五，城外的护城河又宽又深，城上的气死风灯发出昏黄的光，夜深人静，距离又高，守城的兵将和巡城的兵将一时竟然没发现他们。
不过接下来麻烦来了。工程兵要首先开始作业了，必须得在城墙下面打洞，然后由爆破兵把炸药放进去，这才能算完功，如果把炸药简单地堆到城下，对这么厚重坚固的城墙来说，这样爆破一点把握都没有，清图浪费炸药。
尽管工程兵受过这方面的训练，但挖土凿石不可能没有响动，这是一个大工程，三下五除二完工不了，最快也得半个小时左右。
工程兵叮叮当当这一开工，没几分钟城头上的兵将便知道了，因为他们即非聋子也非瞎子，因此他们一边命人飞报两位清廷的王爷和少帅左梦庚，一边往城下射箭放滚木，用这种方式来干扰工兵营的作业。
好在朱由崧早有准备，九江城头上一有动静，护城河岸伏兵四起，一时间铳炮齐鸣，城头上的清军纷纷中弹。原来，朱由崧早就命轻火器营连夜埋伏在护城河畔，以掩护工兵营作业。
轻火器营埋伏的位置正好在九江城头弓箭射范围之外，因为隔着一条宽宽的护城河，但却又在城头火炮打击的范围之外，闹了半天火炮有效射程要除去两个距离，太远了不行，太近了也不行，这五百轻火器钻的就是这个近距离空档，或者叫大炮的盲区。
因此这五百轻火营的火铳和鸟铳能有效射击城头上的清军，而城头上清军的弓箭和火炮却没办法伤及他们。半夜三更这一顿对射，自然是城头上的清军被压制住了，然而很快他们的火炮开始怒吼了。
这边朱由崧的火炮营也开火了，双方对轰，城头上的炮火自然没有朱由崧的炮火威猛，清军的炮火没放几炮便于是被压制住，六百名工兵营的将士照样在城墙下作业。
城中的尼堪和博洛、左梦庚他们已经得报了，他们从睡梦中惊醒，还以为朱由崧要大举攻城了，从被窝里爬出来，顶盔掼甲之后带着亲卫冒着炮火登上城头，借着火把的光芒一看，大明的军队并没有大举攻城，双方只是这么远距离地炮轰。
但他们手扶垛口往下仔细观看，城下面有三明军正在施工，他们挥舞着锹镐，像要把城墙挖透。
正这时，几声呼啸，火铳的子弹击中他们眼前的垛口，火星飞溅，发出刺耳的声音，吓得尼堪、博洛和左梦庚赶紧趴到了垛下面，他们预感到不妙，但城中的清军却无法有效阻止，他们想派一支军队出城消灭这些在城墙下挖墙角者，但又不敢开城，他们心里清楚，朱由崧的人马肯定在暗处已经做好了攻城的准备，这一开城，他们肯定会趁机杀进来。
清军三犹豫两不犹豫，六百工兵营的三处作业已经完成了，城墙下面被凿出三个钻下狗的大洞，工程兵收了锹镐，然后爆破兵将事先准备好的炸药放进去，然后将柴草堆到洞口处，三处的柴草均有一人来高。
然后往柴草上倒上油料，这些柴草是他们的安全火索。做完这些后工兵营把柴草点燃，三堆大火熊熊烧起来，工兵营的将士们以最快的速度纷纷往回跑。
到了护城河边，他们上了来时的小舟，然后顺河而下。
工兵营撤退的同时，轻火器也在撤退了。这时城墙处的三堆大火越烧越大，城头上的清军甚至还能听见下面烧噼啪响声，烈焰将夜空都烧红了，但他们却束手无策。
尼堪他们猜得没错，此时朱由崧集中了八万将士，御营在前面也已经做好了一切准备，此时朱由崧立马城外一隐蔽高处，双眼紧盯着九江城，看到这三堆火，便知道工兵营得手了，只等待令人期待和振奋的爆炸声了。
九江城外三里处的朱由崧炮营阵地，炮营头目李柱石看到九江城的三处火光后，用手在夜空中比划了几次，便立即把大炮的仰角和射程计算出来，然后命手下兵将调试红衣大炮的照门和准星。
一切就绪之后，李柱石对手下兵将大喊了一声：“开炮！”
“咚，叨，轰隆……”数门红衣大炮怒吼起来，一颗颗炮弹突破夜空准确地击中九江城外三处起火的柴草堆，接着便是惊天动地的三声巨响，震得朱由崧脚下的土地都在颤抖。三处起火的柴草中间的九江城墙，伴随着砖石满天飞，厚重的城墙在这里被炸开一个几米长的大豁口。
朱由崧一看大喜，立即传旨：“冲，一举拿下九江府!”