慈安太后对这个儿媳妇还是非常照顾、体贴的。但慈禧太后则事事看着阿鲁特氏不顺眼，每每加以指斥、责难。史书上所载，对皇后阿鲁特氏“孝贞（慈安太后）亦异常钟爱，而孝钦（慈禧太后）则非常忿怒。每孝哲（阿鲁特氏）入见，从未尝假以词色”，当是事实。关于慈禧太后与阿鲁特氏不和之事，爱新觉罗·溥仪在其回忆录《我的前半生》中也有记述。

所幸的是，大婚之后皇帝载淳同阿鲁特氏关系尚好。帝后之间情趣比较高雅，相亲相爱，堪称相敬如宾。有史为证“孝哲物度端凝，不苟言笑，故穆宗始终敬礼之。宫中无事，恒举唐诗以试后，后应口背诵如流。上益喜，伉俪綦笃，而居恒曾无亵容狎语”。但由于慈禧太后对阿鲁特氏心怀不满，看到皇帝载淳对她很好，便格外不高兴。于是就对皇帝的私生活横加干预，不让皇帝与阿鲁特氏同居，“欲令慧妃专夕”。小皇帝载淳也有几分倔强，偏不依母亲，干脆谁的寝宫也不去，一人独居乾清宫。

载淳与慈禧太后母子失和，更使慈禧太后迁怒于阿鲁特氏，认为是她挑唆儿子不听自己的话。这给皇后带来了更大的厄运。小皇帝与母亲斗气离开后妃，而独居乾清宫，开始还可坚持，时间一长，就有些心猿意马了。在机灵的太监和奕?的子载澄的指引下，他化装来到宫外不远的烟花柳巷行走，只一两年，便身染重病。同治十三年十二月初五日（1875年1月），小皇帝载淳病死。享年尚不足19岁。

同治虽非慈安的亲生儿子，但同治对她的尊重以及他俩的默契却不亚于亲生母子。同治十三年（1874年）十二月初五日，同治帝崩于皇宫养心殿。同治之死，传说颇多，主要有死于天花、死于梅毒两说。

据传说，皇帝载淳因梅毒导致“内陷”身亡。而“内陷”是由惊吓诱发的。十二月初四日午后，皇后阿鲁特氏到养心殿东暖阁探视皇帝病情，载淳见她脸上泪痕宛在，不免关切，便问缘由，阿鲁特氏一时忍耐不住，就把又受慈禧太后指责的经过，哭着告诉了载淳。哪知慈禧太后接到密报，已悄悄跟来躲在帷幕外面偷听。当听到皇帝安慰阿鲁特氏：“你暂且忍耐，总有出头的日子”时，慈禧太后已按捺不住心头的怒火。据说她当时的态度非常粗暴，与民间恶婆婆的行径无异，掀幕直入，一把揪住皇后阿鲁特氏的头发，劈脸就是一巴掌。皇后统摄六宫，为了维护自己的尊严，当慈禧太后来势汹汹之际但求免于侮辱，难免口不择言，所以抗声说道：“你不能打我，我是从大清门飞进来的。”此话不说还好，—说正如火上浇油。慈禧太后一生的恨事，正是不能正位中宫。阿鲁特氏的抗议正触犯了她的大忌，于是索性一不做、二不休，厉声喝令：“传杖！”“传杖”是命内务府行杖，这只是对付犯了重大过失的太监、宫女的办法，今日竟施于皇后！载淳听了大惊，顿时昏厥；这一来才免了皇后的一顿刑罚。而同治皇帝则就此病势突变“内陷”，终于第二天不治身亡。

同治皇帝究竟因何而死，实需进一步考证。本来，脉案是皇室档案记录，是官方文件，应无可非议。但事实未必尽然，中国自古就有“为尊者讳”的传统。因为在某种条件下，由于某种不可公诸于众的原因，必须回避当时的真实情况！有时也弄虚作假，以掩盖事实真相，这也是历史上屡见不鲜的手法。因此同治皇帝的脉案、用药情况的记载，也完全有伪造之可能。

亲自为载淳治病的御医李德立的曾孙李镇先生这样说：“曾祖李德立就是给同治看病的御医。50年以前，我的祖父在世时，我为此疑案当面问过他，他是德立公之长子，……关于曾祖为同治看病的亲身经历和慈禧懿旨‘屏斥治罪’的内幕，因这是与家族命运休戚相关的大事，印象极为深刻。他说：同治确是死于梅毒，并将真相告我。时在1938年。我据此查阅有关史料，拟稿投北京《文言报》，被采用披露报端。先祖父及所识前清遗老阅后均额首称是，未闻异议”。关于同治皇帝死前的情况，他的说法也与传说的基本一致。据他说：慈禧太后在亲生儿皇帝得了不治之症后，“首先传旨把同治迁到养心殿东暖阁，便于监视。阿鲁特氏皇后住在养心殿西侧的体顺堂，如要夫妻相会，晨昏省视，要事先通知首领太监禀明，才能进入暖阁面见皇帝。慈禧与皇后，婆媳之间早有不和，如今矛盾更加尖锐。据祖父面告，同治之病，经曾祖精心治疗已有起色。十二月初四日午后，阿鲁特氏来东暖阁视疾，当时载淳神志清醒，看见皇后愁眉锁目，泪痕满面，乃细问缘由。这时早有监视太监专报西太后，说皇帝与皇后阁内私语。慈禧急来东暖阁，脱去花盆底高跟鞋，悄悄立在帷幔之后窃听，并示意左右禁声，切勿声张。此时皇后毫无察觉，哭诉备受母后刁难之苦。皇帝亦亲有感受，劝她暂且忍耐，待病好之后，总会有出头的日子。可知载淳在去世前一天，所想的是病好之后的事，没有预感到明天就要死了。不料慈禧听到此处正刺所忌，竟勃然大怒，立刻推幔闯入帷内，一把揪住皇后的头发用力猛拖，一大撮头发连同头皮都被拉了下来，又劈面猛击一掌，顿时皇后血流满面，惨不忍睹。慈禧又叫太监传杖，棒打皇后。同治大惊，顿日昏厥，从**跌落在地，病势加剧，从此昏迷不醒。急传先曾祖入阁请脉，但已牙关紧闭，滴药不进，于次日夜晚死去。”后来李德立因了解内情，差一点被慈禧太后逼令自尽。

阿鲁特氏与皇帝婚后两年多的时间，同居的日子尚不足两个月。这当然主要是由于慈禧太后从中作梗的缘故。现在载淳已死，在慈禧太后**威下寡居的皇后，日子就更不好过了。

同治皇帝死后，定策迎取嗣皇帝进宫是头等大事。但这等大事慈禧太后却始终不许阿鲁特氏参预。选嗣皇帝，慈禧太后不选“溥”字辈的近支王子为同治皇帝立嗣，偏偏选中了年仅4岁的载淳堂弟、也是自己的亲侄子、亲外甥载湉为帝。用意非常明显，一是为了防止皇后仿效她扮演垂帘听政的把戏，二是能使自己可以继续以皇太后的身份合法地掌握大权。可谓老谋深算、用心良苦，年轻的阿鲁特氏绝对不是她的对手。

皇帝载淳身死，庙号定为“穆宗”，尊谥用“毅”字。穆宗毅皇帝的称号定了，穆宗皇后也须有一封号。慈禧太后在内阁拟呈的字样中，圈定“嘉顺”二字。这实际上是对阿鲁特氏的一个警告，意思是顺从始可嘉，即使是逆来也要顺从。此后，阿鲁特氏以泪洗面，过了不长时间，在光绪元年2月20日半夜三更时分香消玉殒，距离皇帝死日仅差两个半月。

在100天内皇帝皇后先后去世，这在历史上极为罕见。皇后因何而死，又有几种不同的说法。一说是因为大行皇帝之死，皇后哀伤过甚，缠绵病榻已久，并抱定必死的决心拒绝治疗而逝；一说是同治皇帝死的当天，阿鲁特氏就曾吞金自尽，遇救不死，因此这次身死依然是自裁，以报皇帝于地下；另有一说是被慈禧太后迫害致死。从大行皇帝一崩，慈禧太后就归罪于阿鲁特氏，甚至诬赖她房帷不谨，以致同治皇帝发生“痘内陷”的剧变。嘉顺皇后遭遇了这样难堪的逆境，无复生趣，恹恹成病，终于不治；再有一说是慈禧太后害死了皇后。慈禧太后认为，嘉顺皇后在世一日，便有一日的隐忧后患，决心置她于死地，于是秘密下令，断绝她的一切饮食，使皇后活活饿死。

诸种说法，孰是孰非，难以判断。阿鲁特氏死时仅22岁。她活着时，慈禧太后对她百般挑剔折磨，死后的丧仪却颇隆重。当天即发出了一道上谕，一道懿旨。派礼亲王世铎领头办理，又加派恭亲王奕?主持，很是大操大办了—番。刚死时梓宫暂时安置在隆福寺。直到光绪五年三月，惠陵修好后，才与同治皇帝合葬在惠陵，光绪皇帝给阿鲁特氏加谥。到宣统年间又加谥，谥号全称是“孝哲嘉顺淑慎贤明恭端宪天彰圣毅皇后”。

阿鲁特氏死后，慈禧太后的怒气并未全消，转而发泄到皇后父亲崇绮身上。一度革掉了他吏部侍郎的职务。后因崇绮全不记女儿被慈禧太后逼死之仇，一味巴结、效忠慈禧太后，而复被起用。先任镶黄旗汉军副都统，1878年奉命查办吉林政务，署吉林将军。次年又任热河都统，1881年升任盛京将军，1884年调任户部尚书，可谓官运亨通。后他曾与徐桐等—起主张废光绪帝，因此甚得慈禧太后宠任。1900年八国联军入侵北京，他又任留京办事大臣，随即退走保定，自缢而死。