道光二十四年（1844），51岁的魏源终于考中礼部会试第十九名贡士，但因试卷文稿草率，被罚停殿试一科，次年才补中三甲进士，以知州用分发江苏，先后赴东台和兴化县任知县。道光二十六年，他以母丧丁忧去官，后又南游广东，至澳门、香港，与外国人接触，观其景况，深感“扩我奇怀，醒我尘梦，生平未有也”。北归途中，历游两广、两湖、江西、安徽、江苏7省，行程8000里，经时半年，道光三十年（1850），又出任北海州分司运判，协助两江总督陆建瀛改革盐政。

咸丰元年（1851），太平天国起义席卷中国南部大地，魏源时补授高邮州知州。咸丰三年，太平军定都南京，二月又攻克扬州，距高邮仅40里。魏源以知州先办团练，防御溃逃官军沿途焚掠，又镇压了湖西太平庄响应太平天国的地方起义军。三月，他被督办江北防剿的杨以增以迟误文报而奏劾革职，咸丰皇帝在上谕中饬责魏源：“于江南文报并不绕道递送，屡将急递退回，以至南北信息不通，实属玩视军务！”不久，钦差大臣周天爵又延魏源入幕参谋军务，因攻打宿州捻军有功，十一月奉旨复官。但这时的魏源却“以年逾六十，遭遇坎坷，世乱多故，无心任宦”辞归。从此举家避兵兴化，不问政事，唯手订生平著述，又潜心佛学，会译《无量寿经》等。魏源晚年辗转于清军与太平军激烈角逐的江浙地区，虽在任职时参与抵抗太平军，但总的说来态度是不积极的，甚至有传说称魏源曾被太平军聘为谋士。