皮特在1798年春向地中海派遣分舰队的决定是一次大胆的赌博。这需要抽调八艘大型战舰，也会削弱海峡舰队，使其不能对法国西部各港口的已知海军力量形成压倒性优势。当命令于4月29日发出时，英国内阁已经在六周前得知爱尔兰即将发生起义，起义领导人还希望得到法国的援助。法国人在1796年12月证明他们可以避开英国的舰队并对爱尔兰发动一场大规模远征，只是因为坏运气他们才没有登陆。三个月后，一支由被释囚犯和亡命之徒组成的小部队在彭布罗克郡沿海登陆，他们的任务是发动一场英国的朱安党运动。虽然登陆者很快就被围捕，但英国对海洋控制的脆弱暴露无遗。
所有这些都极大地鼓舞了爱尔兰革命者。从1795年以来，爱尔兰人联合会试图建立一个全国性的组织，为此它与前几十年中发展壮大的秘密农业社团网——保卫者联合起来。但保卫者并不关心政治，这些社团起源于乌尔斯特地区争夺土地的宗派斗争，它们一般是农村不满情绪的校正者，所关心的完全是地方事务，但也继承了仰仗法国支持的古老传统。由于人口激增、收成欠佳以及战争造成的经济紊乱，爱尔兰农村生计日蹙，它们觉得加入爱尔兰城市激进派起义计划的时机已经成熟，而后者现在正梦想着民族独立。虽然奥什远征的失败让人失望，但这次行动还是点燃了它们对未来的希望。1797年，宣誓参加爱尔兰人联合会的人数急剧增加。当英国的舰队发生兵变时，他们迫不及待地盼望法国人新的登陆行动。但实际上，这种希望十分渺茫，尤其是在奥什于9月死去之后。不过，当法国远征军出现在班特里湾时，爱尔兰还是没有积极响应。考虑到这一点，就算法国的战略家真的准备作进一步的尝试，他们会希望事先获得关于暴动的切实可靠的证据，而不是口头承诺。就在相互之间的不信任感消磨着爱尔兰革命的希望时，都柏林政府采取了先发制人的严厉措施——解除最危险地区的武装以杜绝任何起义。1797年春，政府开始在乌尔斯特地区行动，它纵容一些军纪散漫的兵痞横行乡间，以鞭笞、纵火和拷打来恐吓百姓。由于搜出的私藏武器十分可观，这些恐怖手法便向南继续推广。爱尔兰人联合会的领导们担心自己的组织在展开行动前就遭破坏，但听到法国人准备在1798年卷土重来这一模糊的消息后，他们还是决心暴动。然而知情者已将他们的计划泄露给政府，3月12日，他们在都柏林的领导人被逮捕。当次级梯队的领导人于5月在莱茵斯特仓促起事时，他们的行动很快就被粉碎了。几周后乌尔斯特的另一次暴动同样被镇压。此时，派系冲突的恐怖气氛已经向南蔓延到威克斯福德，这里本来很平静，谁也没想到会出问题。该地的天主教武装团伙很快便达2万之众，他们屠杀新教徒，而前来镇压的部队甚为不堪，也被他们赶跑。一支衣衫褴褛的暴动部队向北进军，但他们的行动没有突破地域局限，只是在醋山扎营。在猛烈的炮击之下，起义者部队瞬间土崩瓦解，此时距离威克斯福德暴动仅三周。到6月底，暴动基本结束，大势已去。但是，暴动成功的消息此时才传到巴黎，为了调动力量支援暴动者，各种孤注一掷的尝试都提了出来。8月22日，一支刚刚超过千人的小部队终于在遥远的梅约郡的基拉拉地方登陆。随后数百名爱尔兰人加入队伍，虽然不信神的法国人对自己被爱尔兰人当作圣母玛利亚的士兵这一现象深感困惑。当这支部队向内地深入并接近据称爱尔兰人联合会成员众多之地(康诺特地区成员稀少)时，它还在一些小冲突中取得了胜利。到了9月，驻爱尔兰的政府军已达3万，其中三分之一的部队于9月8日在巴里纳马克与安贝尔将军对垒。后者在抵抗之后投降了。与此同时，从法国出发的另一些规模更小的远征军进展也并不乐观。这其中包括沃尔夫·托恩的行动，他被俘后戴上镣铐押往都柏林，他后来引颈自刎，逃脱了被处决的命运。
1798年的爱尔兰起义没有任何真正的成功机会。爱尔兰大部分地区没有受到影响，而涉足其中的大部分人对其法国盟友的事业的认识极为模糊。后者在1798年既没有资源也没有信心去支持爱尔兰，尽管它希望爱尔兰能同英国分离，或如很多人梦想的那样，至少成为英国的旺代。在这革命的十年中，爱尔兰暴动算是规模最大的亲法起义了(如果不算1794年波兰反对列强瓜分的斗争的话)。这既让统治爱尔兰的新教势力感到恐惧，也让他们在伦敦的支持者十分担心，后者一直没有什么可兴奋的事情，直到10月初传来纳尔逊胜利的消息。另外，爱尔兰暴动中的死难者虽然不能与1794年11月4日华沙密集的大屠杀暴行相比，但它在三个半月的时间里仍造成3万人罹难。这与法国恐怖时期的数字相当，而且历时较短，更何况爱尔兰的人口仅为法国的六分之一。即使暴动以这样的或更小的代价获得成功，起义农民、受教育的城市领导者及其法国盟友的目标也并不清晰明确，或者说，他们彼此之间很难兼容。爱尔兰人联合会的密谋者喜欢作这样的设想：一旦法国的解放者帮助他们获得自由，就会任由他们主宰自己的命运。1796年7月，沃尔夫·托恩告诉一位法国将军：“如果我们成功的话，法国人毫无疑问将对我们政府的措施有十分巨大的影响，不过，如果……他们明智的话，他们就不会打算进行任何直接的干预。”[1]托恩至死仍抱有这种乐观看法，但他没有考虑到将军那并不乐观的答复：“情况可能必须如此，像现在的荷兰就是这样。不过即使在荷兰，如果没有法国持续的监护，荷兰人可能又被执政者扭断脖子了。”
在法军到过的地方里，荷兰是个独一无二的地区，当地同情法国、支持革命事业的人众多。1787年以后，爱国党人被赶入地下，普通百姓则对前来支持威廉五世的英国和普鲁士士兵无法无天的行径感到愤慨，于是大家都欢迎最初作为解放者到来的法军。1795年的惩罚性和约是一个很大的冲击，如今在荷兰掌权的那些人曾寄望于该条约发生影响力。当自由、平等、博爱的标语被从整个法国的墙壁上刷去时，第一个姊妹共和国仍在使用它们。它正着手制定一部比古老的乌德勒支联盟更合理、更民主的宪法，但决定制定宪法的方式就花了一年时间。在法国不断施压之下，他们最终达成的意见是，制定宪法的应是国民公会，而不是传统的等级会议。因此这个制宪机构于1796年选举产生，但很快就因单一制国家的支持者与联邦主义者之间的争吵而陷入僵局。更为激进的派别支持单一制，但思想更传统的议员反对，于是辩论僵持不下。这时各爱国俱乐部试图以颇为奏效的巴黎方式来向国民公会施压。这类做法中有一些引人注目，其中一次是5月阿姆斯特丹的国民卫队的兵变，它针对保守的市政当局。这次行动被成功制止，没有酿成死亡事件，但此时巴贝夫密谋恰好在法国暴露，这让占领军对荷兰激进主义提高了警惕。正如几周后沃尔夫·托恩被告知的那样，法国对巴达维亚加强控制显然很有必要。从那以后，法国便持续向荷兰施加压力以支持单一制方案，法军也日益明显地在各大城市的街头出现。所以，在1797年5月提出的宪法草案没有体现联邦主义的要求。在8月的全民公决中，这部宪法没有取悦任何人，而法国大使的公开赞同则注定了它的命运。宪法最后以108761票反对、27955票赞成而被否决。于是政府只得再次选举国民公会，让其重新开始工作，但它很快又陷入僵局。不过此时法国的果月政变已经排除了督政府和议会中的谨慎派，因此伟大民族更想在被保护者面前展现自己的权威。荷兰舰队在坎培顿被摧毁之后，巴黎对于无能的巴达维亚人的蔑视之情只会进一步加剧。果月政变本身就是走出政治僵局的优秀样本，最终也被效仿。1798年1月22日，在法国人的策划下，被军队包围的国民公会驱逐了22名联邦主义者，其他人除了抗议，无能为力。一个临时督政府宣布成立，以处理宪法生效前共和国的事务。这样一部宪法的草案实际上已经准备就绪，接下来的几周只是对草案做了一些细微的修改。4月，新宪法再次进行全民公投，这一次它以153913票对11587票获得通过。
这样，在法国征服两年之后，荷兰的旧制度终于被肃清了。等级会议及其代表的各省，都与执政制度一起告终。随之覆灭的还有一度很强势的行会、永久性的寡头市政议会以及建制教会。如今的巴达维亚共和国由八个大致相等的省构成，是一个统一且不可分割的国家。国家的立法机构采取两院制，由全体生活自立的男子选举产生。立法机构可以挑选5人督政官的行政机构。这部宪法比18世纪90年代法国的任何一部宪法都更民主。不过荷兰人在1789年之前实行某种代议制已达数世纪之久，因此宪法起草者很有信心超越新手，虽然是新手给他们发展自己传统的机会，他们不确定的是如何获得同胞的长期支持。1月时，被清洗的人还在监狱里，他们在全国各地的支持者被系统地排除出任何有影响力的岗位。5月，在法国的支持下，宪法制定者们决心用巴黎的国民公会在推行共和三年宪法时采用的办法来保障他们的宪法，即由他们继续担任议员。他们下令，第一次选举只能改选三分之一的议员，其他的议员由他们组成，即被视为已经当选，结果引**乱。在荷兰，出版自由是早已确立的传统，如今报刊开始抨击新督政府的无耻行径。在巴黎看来，荷兰人似乎再一次在建立革命政权的稳定性上遭遇失败。法国政府刚刚在国内的花月政变中处置了雅各宾主义的复兴，它当然也急于遏制国外的激进主义行为。法国政府抛弃了一年来在海牙为法国策划阴谋的大使德拉克鲁瓦，在野心勃勃的荷兰将军邓戴斯发动反对巴达维亚督政府的政变时，亦未表示反对。5月16日，邓戴斯公开与他的政治导师们争吵，随后就大肆招摇地前往巴黎游说更高的权威当局。当他于6月1日返回时，已经是万众爱戴的英雄，新政权的各色反对派都为他欢呼，新任法军司令茹贝尔也知趣地为他让道。6月12日，邓戴斯及其手下清洗督政府，逮捕了立法机构中最爱说话的成员。出人意料的是，邓戴斯自己并未掌权，而是立刻把权力交给1月被监禁的议员。这些议员也否认自己有长期连任的意愿，只是号召举行选举。到7月底，新的立法机构已经开会。巴达维亚共和国的宪政生活终于开始正常运转了，定期选举一直延续到1800年春巴黎的另一个新政权对这种状况不满意之时。
如果不是法国因为战事再起在别处碰到麻烦，这种宪政生活是否能在这段时间内延续很值得怀疑。荷兰的政治生活仍然动**多变，这个共和国始终没有达到伟大民族在各个小姊妹共和国那里期待的支持和恭顺的标准。就荷兰的情况而言，人们越来越不认为能从国家与法国的关系中获得很大好处。一份创办于1798年夏的温和派爱国党人报纸质问：“时至今日，人们从1795年冬栽种的自由树上采撷了多少果实呢？说实话，没有多少。”这些年来税收加重了，陆战溃败之外又有海上的失败。1799年8月，当哗变的荷兰海军残部向威廉五世之子所在的一支英国舰队投降后，英俄联军在荷兰北部登陆了。虽然荷兰仍按1795年的条约支付2.5万军队的军饷，当时驻扎在这个共和国的法军只有1万人。尽管如此，法荷联军还是击退了入侵者，迫使后者撤退。他们为此进行了两个月的战斗，而且英国人的表现无愧于无情掠夺者的称号。然而，同英国的战争也摧毁了荷兰的贸易，海外殖民地被无情地毁灭，共和国的各个港口也被封锁。两个世纪以来，这个国家建立起的许多工业都依赖殖民地产品，如今这些产品的供应要么完全断绝，要么代价高昂。造船业和所有与之相关的部门都潦倒不堪。这就是与一个决意进行战争的大国结盟、与英国断绝关系的代价。另外，法国也没有为他们带来任何补偿性的优惠。占领军经常目无法纪，其要求总是让人难以接受，直到1797年，它一直用毫无价值的指券来支付征用的财物。从商业方面来说，这个姊妹共和国除了兄弟般的情谊没有得到任何好处。高关税壁垒将荷兰的工场排除在欧洲最大的自由贸易区之外，也割断了1795年失去的荷兰领土与其古老的经济伙伴之间的联系。这些混乱造成的失业让一度令全欧洲艳羡的济贫体制不堪重负。被解散的教会申请资金维持运转，而此前它的开支是有一部分用于慈善事业的，牧师也不再是理所当然的救济协调人了。在较大的城市，四分之一到一半的居民需要申请救济，市政当局为此债台高筑。即便如此，民众的需要也未得到满足。一位英国旅行者在一个以前很繁盛的渔港看到的只有“贫困和衰败。港口里挤满了无人使用的渔船……码头上野草蔓生，无论我们走到哪里，都有成群凄惨的乞丐纠缠着要我们接济”。[2]
18世纪至19世纪之交，种种不幸已经使人们对法国的友谊和保护产生了普遍的幻灭感，但还没有出现要求断绝关系的重大举动。纵然有可能拒绝对一个不可一世的伙伴所负的条约义务，但实际上他们不可能有这样的选择。如果没有一支规模大得不可想象的忠诚可靠的军队，中立也是无法维系的。当共和主义失败后，召回奥兰治亲王是个很自然的解决办法，但这意味着屈从于英国，而且威廉五世从英国发出的宣言比路易十八还要强硬。1799年入侵荷兰的英军指挥官在报告中称，没有任何确切的理由让其认为荷兰人会热切地盼望奥兰治亲王，他比海牙的督政官更像他人的傀儡。这或许是因为，虽然巴黎的政局变动每每会引起新一轮的干涉，但大多数时间内，荷兰人可以按自己的方式处理内部事务。不过很难说在法国人占领的其他地方，情况也是如此。
法国革命军最早征服的是比利时，在1792年至1793年第一次占领期间，杜穆里埃的部队把比利时当作敌人的土地，极尽盘剥利用之能事。1793年春法国兼并比利时的法令来得太迟了，不久奥地利重新占领该地，因此法令没有产生任何影响。当法军于1794年6月返回时，比利时的待遇仍然像是敌对地区而非被收复的共和国土地。对于重新兼并的利弊，巴黎当然是有争论的，但与此同时，比利时再次遭受残酷的剥夺。当地人必须缴纳战争税，必须向占领军提供食品等物资，而给他们的补偿(如果有的话)像往常一样，仍然是指券。7月11日，卡诺在比利时宣布，法国人必须“竭尽所能占有物资……剥夺这里……因为这是一个效忠于皇帝的国家，它有很多东西可以用来补偿法国”。[3]任何对法国人战争有用的东西都要征走，军用征收的总额定为10 900万，不过这个目标远未完成。为协调劫掠行为而设立的“贸易与索取局”的名称便能说明问题，这个机构的贪婪甚至让特派员都感到难堪。众口一词的抗议(用的是法国人也能懂的语言)成了耳旁风。到1794年底，巴黎的决策者开始意识到，这种政策带来的长期后果可能远远大于短期效益。1795年2月，贸易局被解散。8月设立了九个省作为政府行为的渠道，不断尝试改革(无论是奥地利还是“爱国党人”的)的10年中留存下来的区划和司法版图最终趋于合理。在新的区划边界和司法管区公布时，抱怨之声不绝于耳，不过相对上一年的混乱和敲诈，情况有所好转，因此新的组织措施很快得到广泛认可。但是，在引入法国式的行政管理制度之后，所有人都知道下一步是什么。法国已经获得莱茵河口以南的一小块荷兰土地，并强迫巴达维亚共和国同意重新开放斯凯尔特河。封闭斯凯尔特河是1648年的《威斯特伐利亚和约》中的一个条款，此举旨在打击尼德兰南部(即比利时，当时的西属尼德兰)，特别是安特卫普的出海贸易。虽然卡诺等重要人物曾警告说，1793年宣布的自然疆界等于无休止的战争，但让这片无人地带留在新获得的土地之外仍不能接受。于是，国民公会在1795年10月1日下令将比利时并入法兰西共和国，这是它最后的法令之一。
物资征调和苛重的捐税此时已停止。比利时人成了自由国度的公民，并可享有一切好处。爱国党人很快就克服了不许重建独立而带来的失望感，并投身新秩序的运转工作。但是，随着一些更具争议性的法国法律的逐步引入，他们觉得自己日益成为一个孤立的工具，而他们服务的这个国家不仅仅是要进行行政重组。首先，比利时的行政官员有责任推行法国的宗教政策。法国人在征服期间并非没有注意到比利时百姓那举世闻名的虔诚，虽然在剥夺教堂(特别是修道院教堂)中的奢华装饰时难免发生渎神的暴行，但官方政策还是克制的。当共和国正式放弃非基督教化政策和做作的自然神崇拜，并宣布自己保持宗教中立时，比利时人觉得安心了。然而，由于以教会地产为抵押的纸币一路狂跌、无法控制，法国的统治者贪婪地盯上了尚未触动的比利时教会地产。于是，1796年9月，大部分修道院被解散，其地产被投放到市场上。修道院里的上万居留者被扫地出门。与此同时，教区神父失去了登记出生、结婚和死亡的职责。但是，被没收的土地却不容易找到买家。1797年，当新的省份第一次参加法国的选举时，比利时的右派候选人得势，这反映了人们对于上述政策的敌意。果月政变使得选举结果无效，接着比利时教士又因为被要求宣誓仇恨君主制而感到深受屈辱，很多人拒绝宣誓，尤其是在弗拉芒语地区。果月之后的督政府对这些抵制很不耐烦，于是它采取特别措施清洗这场运动中推定的领袖人物。近600名比利时抗拒派教士被判流放，他们的圣俸当然也没了。旺代的错误正在重现，因为这里的教区神父的权威和声望同样很强。1798年9月的《茹尔当征兵法》为旺代画面的再现添上了最后一笔。在征兵法开始实施并将体格强健的弗拉芒农民征入法军部队时，骚乱于10月初爆发了，截至月底，骚乱发展成全面的叛乱。
由于北方存在着驯服的姊妹共和国，比利时各省的驻军都很虚弱，而且也没有想到要去维持内部秩序。因此当最初的骚乱于10月底被遏制时，西部又出现了新的叛乱。当时英国人就在附近的海岸外巡航，形势显得非常危险。内地则聚集了一支农民军，最多时兵力达到1万人，他们在绘有红十字架的白旗的指引下进军。虽然英国人通过走私向他们提供装备，农民军的装备仍然很差，也没有从社会上层吸引什么领袖人物，加入他们中间的城镇居民也不多。在占领城镇后，他们会在军队到来与自己匆忙撤退之前烧毁档案，砍倒自由树，洗劫官员的寓所。他们相当自觉地以旺代叛乱者为榜样，但也和后者一样缺乏长远目标。虽然有人高呼“皇帝万岁”，但大多数人用的标语是“为了土地和宗教”。他们只希望能与自己熟悉的神父继续平静地生活，自己的儿子不要在遥远的战场上为了一个再次沉浸在渎神狂热中的共和国送死。不过他们没有旺代人那样凶狠，造成的流血情况非常少。当时在南边的卢森堡发生的另一场起义也是如此。但是法国人的回应并不是那么绅士。法军机动部队对叛乱地区的袭扰坚持到11月底，12月5日，农民武装的残部在哈赛特被包围。由于农民军没有骑兵，被法军骑兵砍死的人数超过700人，其他人则像朱安党人那样四处躲藏。1799年7月底，最后一批叛乱者被抓获，公开的反抗结束了。紧接着是严厉的镇压，手执武器的叛乱者被枪杀。这场叛乱共造成约5600人死亡，比利时的教士(总共7500名)被大批流放。被捕者总计不超过500人，但威逼措施根本不利于同叛乱者的和解。民众对征兵的消极抵抗仍在继续。比利时各省的征兵计划原为2.2万人，但到1799年底仅完成了5千多，而且兵员主要来自城镇。
因此比利时的农村仍没有屈从于法国的统治，城市的回应方式则更注重实效。虽然税收比奥地利统治时期提高了50%，而且经济出现了相当大的混乱，但自由进入法国国内市场还是让人看到了形势趋稳时恢复元气的机会。一年后这些机会成为现实。直到1814年之前，比利时的工业都没有受到战火的影响，而且可以从战争中获利。比利时的市民可不像农民那样不愿意购买国有化的教会地产。在弗拉芒语地区，他们前所未有地接受了法语。但他们对公共事务不感兴趣，仅仅满足于由法国官员管理，就像约瑟夫二世改革之前由帝国官员管理一样。他们对法国人的感受并不比从前的奥地利人坏，如果在1799年之前没有法军六年的抢劫和掠夺，巴黎统治下的和平岁月可能是另一番景象。
1795年10月1日，在兼并比利时的法令发出时，提案人杜埃的梅尔兰还建议兼并整个莱茵河左岸地区。这个地区毕竟还在自然疆界之内，而且也被法军占领。很多地方在1793年就被兼并，正如比利时一样。但是，有人曾以兼并比利时会无限延长战争为由表示不满，现在他们认为兼并莱茵地区将更为不利。奥地利人已经放弃比利时，因此只有英国反对这次兼并，但由于英国在大陆没有立足点，它的意见可以被忽略。但是，在莱茵地区有领土利益和要求的国家不可胜数，抹平这一地区将在较长时间内树敌无数。利用这块被占土地作为换取持久和平的筹码要好得多。另外，法国在当地的代理人也不能确信兼并真的能带来好处。驻桑布尔-默兹地区的占领军的文职官员写道：“所有人打心底里厌恶我们，他们只热爱自己的神父、诸侯和皇帝。我们跟他们打交道就像是对付被征服的敌人……此外，将这一地区并入法国究竟为了什么呢？”这样的看法在1795年占据主流，因此莱茵地区仍处在共和国的边境之外。1797年春，曾有人建议成立“莱茵河内”姊妹共和国。这个主意来自奥什，当时他控制着莱茵河，正在寻找机会平衡波拿巴日益增长的个人领地，于是便想到创建一个自己的傀儡国家同阿尔卑斯山南共和国竞争。这个想法因奥什于1797年9月死去而告终，同月，自然疆界论的主要反对者卡诺也被排除出督政府。在剩下的督政官中，来自阿尔萨斯的吕贝尔一直主张兼并莱茵地区，但他的要求也没有立刻得到满足。虽然奥地利在10月的康博福米奥条约中承认左岸地区属于法国，但神圣罗马帝国(包括在左岸地区拥有领地的普鲁士)的认可要留待赖斯塔德会议解决。直到1798年12月，法国才靠威胁获得这一认可。但直到法国于1801年战胜第二次反法同盟，认可仍然是临时的。实际的兼并工作在这之前很久就开始了。1798年1月，被占地区分为四个省，此后这里几乎完全被视为法国的一部分。
但莱茵地区与比利时不一样。在法国人到来之前，它并没有抵抗现存权威的历史。这里也几乎没有地方雅各宾派或同情大革命的自封爱国党人，因此难以依赖这些人的合作。这里没有以法语为母语的居民，懂法语的人也很少。尤为重要的是，莱茵地区作为战争前线的时间长短与敌对行动持续的时间等同。当比利时的驻军缩减到几千人之后，这里还要长期负担庞大的法国军队。比利时经受的军事剥削持续了三年时间，但在德国，这种不幸的日子至少要长一倍。18世纪90年代以前，莱茵地区繁荣富庶，但遭受了反复的、有步骤的财富掠夺之后，它已变成一具虚弱不堪的空壳。因为法国政府无法为驻军买单，于是它积极怂恿当地驻军就地谋生。
一名在莱茵地区作战的老兵回忆说：“我们没有任何财政来源……我们没有任何行政组织来应对军事征调工作。我们不得不为生活而竭尽全力，不得不依靠我们能在当地找到的资源。但这些资源很快就耗尽，特别是在军队来回穿越该地好几次之后……部队的困境可以想见，它只有靠打家劫舍才能生存下来。”[4]
对一支机动部队有用的所有东西都被拿走：马匹、草料、马车、粮食、牲畜。部队驻扎在居民家中，并毫无愧疚地抢劫虐待自己的房东。体格强健的男子和男童被调去强迫参加劳动，如挖掘防御工事、构筑营房。更有秩序的局面的到来仅仅意味着剥削变得更为体系化。强制性借款和军事税收就在此时实施，军事征调现在有了付款，不过支付的是指券。当然，用指券缴纳新税是不受欢迎的。莱茵地区通往被兼并的道路(即比利时的解决方案的道路)，只是加剧了法国的德意志臣民的困难。1798年7月，法国在莱茵河沿岸设立关税所。这一举措无异于将一条连接两岸的商业大动脉变成一条分隔线，就像在尼德兰南部一样。莱茵当地的评论者指出，此举比任何其他措施都更有效地疏远了莱茵人与法国统治者，唯有走私者能获得些许好处。不过沿河两岸的居民很多成了走私者，与海关官员的持续冲突使得他们对新秩序的敌意制度化了。
在革命之前，莱茵地区的经济生活很大程度上以服务于教会诸侯的奢华宫廷为中心，如特里尔和科隆大主教及其所在的“驻跸城市”。法国的入侵永久性地摧毁了这种模式。主教诸侯、宫廷及主教堂教士都逃亡向莱茵河另一边，他们的财产和土地则被入侵者没收。数以千计的人在一夜之间失去了工作，因为奢侈业和服务业是这些小都城的经济命脉。即便是希望从众多教会地产的世俗化中牟利的人也失望了。法国人将付给前领主的封建捐税一直维持到1798年春天，因为这项收入实在太丰厚了，政府无法为了普遍原则而牺牲它。什一税同样如此，不过其征收不再是为了供养教士，而是为了养法军。正如在法国一样，当什一税于1798年3月被废除时，一笔与此相等的款项被加在了地租上。因此，教会及其建筑和习俗遭受的亵渎没有得到任何补偿，而作为亵渎者的侵略军总是非基督化的最后堡垒，尽管这场运动在法国已经结束。1797年以后，当地的法律逐步与法国的法律一致化，但是，当时督政府推行激烈的反教权政策，因而莱茵天主教信仰特有的宗教游行活动被禁止。这些政策首先打击的当然是教士，而法国人对他们是抵抗运动的主要头目的猜疑也完全被证实。在整个占领时期，德国神父被驱逐、流放和逮捕。尽管规模比不上比利时，但足以长期维持信众的怨恨之情。
不过，莱茵地区没有发生类似于比利时和卢森堡的群众起义。关于这些起义的传言很快就于1798年秋天传到德国，不过引发的结果是出现大量违反和无视法国权威的行动。自由树被砍倒，官员受到恫吓，鼓舞善良的德国人挺身反抗压迫者的煽动性传单四处流播。当局的确很惶恐，但当地没有出现全面的反叛。这里有太多的法国士兵，而且比利时事件中最后的败笔——征兵——并没有被引入这块还不完全属于法国的土地。德国人的方式是消极抵抗，这种方式足以让法国官员将莱茵的某些地区比作旺代。1792年来到这里的一位法国将军报告说：“我还没有发现某个地区确实是希望自由的。”[5]五年后局面没有丝毫转变。一位民事官员警告说：“绝不要期待得到一个渴望奴役的人民的好感。”显然，大革命甚至对语言作了篡改，如果法国人在德国的统治经历是自由的话，语言也就失去了普遍接受的意义。
在一次又一次针对立法机构的政变之后，步履蹒跚的伟大民族仍然认为，自由只能属于法国人。不过，当它面对拥有自己独特传统和自由话语的人民时，一些特别的问题出现了。荷兰人就是一个例子，瑞士人是另一个例子。瑞士联邦是一些主权邦国的松散联盟，各邦国在所有方面都是不相等的。它的复杂程度非笔墨所能形容，而且也没有一个中央权威来赋予它条理性。因为任何这样的权威都会给每个邦国那种自负的自由设置难以忍受的限制。在瑞士人的鲜活记忆中，没有任何外部威胁致使他们产生这样的想法：这种权威因为某些其他原因可以设立。直到1796年，欧洲各大国中没有谁垂涎这一重峦叠嶂的欧洲心脏，而且它也没有重大的战略意义。法国人对意大利北部的征服使局面发生了转变。瑞士雄踞阿尔卑斯山各隘口，而这些隘口如今已成为连接法国与其附庸国及波河平原最方便的通道，当时波河平原已是法国重要的外国战利品来源地。较为敏锐的瑞士人立刻意识到，这意味着法国对其事务的干预将日益加深。为了不致受人支配，巴塞尔市政贵族的一位领导人彼得·奥克斯提议，联邦应改组为单一制国家。这就不可避免地采用很多法国式的制度和原则，放弃很多神圣的传统和自由。但是，如果瑞士不在某种程度上模仿法国，它可能会任人宰割而无能为力，宰割者不仅仅是法国，同样也可能是它的竞争对手奥地利。实际上，康博福米奥条约墨迹未干，督政府就把注意力转向了瑞士。流亡巴黎的拉哈尔普一直赞成法国的干预，为的是解放受讲德语的伯尔尼监护的法语区沃州。于是他敦促吕贝尔邀请奥克斯前往巴黎商讨瑞士的改革事宜，当时的督政府已经把瑞士的体制视为“各种没有任何联系的政府的胡乱拼凑，有的是寡头制，有的是民主制，但所有政府都是专制的，是法兰西共和国的敌人”。[6]当奥克斯于1797年12月抵达巴黎时，他发现波拿巴也是会谈的参加者。人们请奥克斯为“统一而不可分割的”瑞士共和国起草一部宪法，而这个共和国将在瑞士人听到来自法国的信号后发动起义推翻旧体制时诞生。这个信号就是法国兼并瑞士北部和西部的偏远地带、牟罗兹和日内瓦城。
1798年1月28日，牟罗兹城被如期兼并。3月26日，日内瓦紧随其后。在巴塞尔和苏黎世的内地发生反抗城市统治的农村起义的同时，沃州爱国党人宣布不再受伯尔尼支配。但是，除了巴塞尔之外，这些事件都与建立单一制共和国无甚关系，它们主要涉及一些很古老的矛盾。沃州的起义者宣布成立袖珍的“莱芒共和国”，但对更大范围的忠诚他们毫不在意。另外，除了巴塞尔之外，城市贵族对于镇压叛乱者都表现出始料未及的劲头。法国人不得不直接介入。2月份，布吕恩将军接到了占领伯尔尼的命令，混乱随之而来。最初给布吕恩下达的命令是建立至少三个单独的姊妹共和国，国家的划分应大致符合语言区分。在天主教山区，农民在神父的带领下反抗法国侵略者，数百人被杀。在巴黎，惊恐的瑞士爱国党人抗议说，只有一个单一的、中央集权的姊妹共和国才有望长期遏制此类暴动，督政府对他们的呼吁作出了让步。3月22日，布吕恩宣布成立海尔维蒂共和国，并宣布奥克斯及其法国合作者起草的宪法为该共和国的宪法。他没有召集会议来批准该宪法，而荷兰的例子表明，这种做法很危险。23个大小相等的州、两院制立法机构和5名督政官组成的立法机构就这样确定下来。一个月后立法机构开会时，奥克斯成为了参议院主席，但只有10个州派出了代表，其他的州拒绝接受一个未与它们商讨的制度。法军再度介入，强迫它们就范。这个新国家的第一次国际行动是于8月2日同法国签署一项条约，条约同意法国永久使用阿尔卑斯山各隘口，并确保法军在可预见的未来留驻瑞士。
海尔维蒂共和国不是一个被征服的敌人(如荷兰)，而是一个无法根治法国占领军造成的持久破坏的国家。在奥克斯和拉哈尔普的压力下，督政府承诺不强行征调。但是，瑞士各大城市丰厚的公共金库却被没收，用以支付驻意大利军队的开销，并装备正在土伦筹备的埃及远征军。战争税还是开征了，而且像别的地方一样，抢劫只是间或得到控制。早在1798年6月，在法国人的坚持下，两名督政官被撤换，原因是他们对其保护者采取了不合作的态度。但到1798年底，法国人甚至无法担负起保护者的责任——11月，奥地利军队占领东部各州。几个世纪以来，瑞士首次成为战场。很快俄国人也在瑞士的土地上作战。法国人要求瑞士征召1.8万民兵作为法军的辅助部队，然而，尽管奥克斯和新共和国其他缔造者表示支持，立法机构却拒绝了这一要求。议会只同意成立一支志愿军，而且人数绝不可达到要求人数的四分之一。瑞士人依然记得在法国服役的最后几个瑞士军团的悲惨命运，1792年8月，它们在杜伊勒利宫惨遭屠戮。不过在别的方面，新的权威机构很愿意听从法国的指导。共和国宣布了大规模的合理化方案，包括废除内部通行税和关税壁垒、行会和职业团体、什一税以及封建捐税。教会地产交由国家控制，修道院禁止招募新的见习修士。在新教地区，这些措施深受赞许但影响甚微。但在天主教地区，这则引起很深的怨怼情绪，这样的地方包括一些最遥远的山谷地带，那里的自治传统在欧洲最具民主色彩。有个山区神父宣称：“新宪法试图抢走我们的神圣宗教、我们平静地享受了数百年的自由，还有我们远在天国的祖先留下的民主宪政。”[7]1798年5月，瓦莱州的农民组织了一支小起义军，虽然很快就被法军肃清，但游击战仍在继续，而且很不好对付，特别是当战斗深入乡间并不引起法国人优先考虑时。在游击战地区，最初禁止征调的法令很快就被破坏，于是前来保卫共和国的法军与敌军几乎没有分别。而敌军就是1799年从东部穿越蒂罗尔边境的奥地利军队以及从意大利经阿尔卑斯山口源源不断地涌入的俄国军队。
决定瑞士命运的是波拿巴对意大利的征服。瑞士改组的模式同样来自意大利。然而，当1796年春天法军穿越阿尔卑斯山时，虽然已经有了第一个姊妹共和国——巴达维亚共和国，但似乎没有人(甚至包括波拿巴在内)想在别的征服土地上建立类似的附庸国。在首次横越阿尔卑斯山的征途中，波拿巴横扫皮埃蒙特的维克多·阿玛多斯三世的军队，这位国王的一小批赞同法国理想的臣民在阿尔巴宣布成立共和国。但他们被忽视了，波拿巴只关心从军事博弈中排除皮埃蒙特军队，于是他与战败的国王签订了停战协定，后者则可以腾出手来对付那些反对自己权威的叛乱者。的确，在1795—1976年冬天，在邦纳罗蒂的协调下，流亡法国的各色意大利人都齐声歌颂“解放的”意大利的前景。他们试图让督政府相信，自己可以在皮埃蒙特组织一次起义，以推动法军的进展。但是，1796年5月，邦纳罗蒂涉足巴贝夫密谋一事被揭穿，这使督政府对他和他的朋友失去了信任。无论是在被占地区还是在法国，他那激进的社会和政治观念都会带来危险。督政府不无根据地担心，意大利亲法派真正同情的是雅各宾主义和共和二年的理想，而不是督政府的温和取向，这种情况将妨碍法国在第一次占领的三年期间的规划。法国人同样有充分根据地认为，意大利雅各宾派得到的群众支持微乎其微。一位领事在波拿巴胜利的前夜报告说：“共和派的意大利根本就是不可能的。人民完全没有接受自由的意向，他们也无法享有自由的福祉。鉴于他们的堕落，我们所能指望的唯有源于胆怯的沉默和源于恐惧的尊重；他们咒骂我们的原则，因为这有悖于他们的**和偏见。”[8]不管怎样，督政府入侵意大利的战略仅仅是占领它、剥削它，并利用它在最后的和约中交换莱茵地区。
不过，在伦巴第，欢迎法国人的群众比法军侵略过的任何地方都更多，除了荷兰共和国。在各城市中，中产阶级知识分子热烈欢迎外来干涉，他们认为这是打破最近教会和贵族对意大利生活的强力遏制的工具。自1748年以来，意大利经历了前所未有的半个世纪的和平与相对繁荣。意大利北部的思想生活也兴盛起来，改革派君主，如托斯卡纳的利奥波德和他的长兄约瑟夫二世皇帝(统治米兰公国)的举措使得很多有思想的意大利人深信：启蒙运动很快就会在整个半岛取得胜利。但在18世纪90年代早期，这些希望已经破灭。约瑟夫已经死去，利奥波德返回维也纳继承帝位，不久也撒手人寰。而且，随着可怕的消息从法国汹涌而至，改革终于被抛弃，政府对独立的精神生活严加控制。帕尔马和那不勒斯的波旁君主国已陷入歇斯底里的境地，教皇则诅咒改革是对信仰的威胁。对资产阶级激进派来说，更为不祥的是，这场反动浪潮显然得到了某些群众支持。当利奥波德二世离开托斯卡纳时，兴高采烈的**者高呼“玛利亚万岁”!他们驱逐利奥波德安排在教会中的詹森派教士，并重新请回改革派试图禁止的神像、圣骨和宗教装饰品。
但在1796年，当法军源源不断地进入伦巴第平原并粉碎所有前来阻止他们的奥地利军队时，垂头丧气的意大利知识分子兴奋不已。他们深信入侵者将会支持他们。在逃脱皮埃蒙特的迫害之后，阿尔巴共和国的流亡者便尾随波拿巴踏上了胜利的征途。与此同时，追随波拿巴的雅各宾派粗暴地废黜了当地的统治者，并宣布了自由平等的法则。波拿巴到达米兰时，发现一个俱乐部正在等待迎接他。这个俱乐部拥有800名成员，其中大部分是律师和商人。不到一周，这个“自由平等之友社”就开始出版自己的报纸了。又过了几个星期，它开始倡导一个当时大部分人都认为是乌托邦的理想：意大利的统一。波拿巴知道如何利用这些情感和表达情感的工具。在5月1日发出的一项声明中，他谴责了国王、富人和特权者，并含糊其辞地提到了实现“伦巴第的独立，此举将给它带来幸福”。[9]但是他补充说，如果法国军队不能获得它已无法取得的供应，它便不可能实现这些崇高的目标。因此这些原属奥地利的省份被要求为法军的开支提供“微不足道的捐助”，米兰的新当权者们则被委以收取此项捐助的任务。
对意大利及法国的意大利友人的不可避免的剥夺就这样开始了。当这支破衣烂衫的军队攻入世界上最富饶的平原时，它的将军曾以无数的战利品为许诺，如今他打算信守诺言，至少对自己的部下要这样。波拿巴在声明中提到的“微不足道的捐助”是指2000万的战争税。与此同时，军队所到之处，食品征用也无情地展开。他们为储存抢劫来的粮食和葡萄酒而专门设立了物资仓库，此外还计划建立容纳4000头牲口的围栏。各地市政府的金库被没收，意大利各城市中别具一格的公共当铺中的货物也遭到搜刮。法军还满心欢喜地破坏托斯卡纳的中立，借口是莱霍恩贮存着大批英国货物。英国人事先得到警报，并以惊人的速度从水陆两栖撤走了大部分货物，但这个城市的其他物资被洗劫一空。艺术品被成批从教堂和宫殿中搬出，然后整车装船运往法国。此外还有金银，仅1796年一年，波拿巴上缴给巴黎的金银价值大约4500万里弗。米兰当局每月靠非常规征收获得100万里弗，有了这笔钱，波拿巴才能以硬通货为士兵支付薪饷，而在当时的法国，硬通货已经完全绝迹。至于征调的物资，如需有偿付款也是用信誉扫地的土地券来支付。不消说，这位司令和他的主要副手也发了大财，但抢劫行动很快就遭到抵抗。5月25日，愤怒的农民推翻了帕维亚的雅各宾行政当局，这个机构本是法军如成群的蝗虫过境时建立起来的。在战斗前线发生变化时，被过分的反宗教暴行激怒的起义农民便开始行动了。波拿巴不得不转而对付起义，他下令对该城进行24小时无限制的抢劫。其他的抵抗不那么引人注目，但更难对付，因为它们大多发生在农村。大多数城镇都有雅各宾派的活动中心，这些人在开始时是打算欢迎法国人的，他们还与法国人合作，组织对同胞的掠夺活动。但在农村，法国人完全被视为目无神明的外国强盗，乡民一有机会就对其进行抵抗、伏击和骚扰。1796年夏天，整个伦巴第平原到处是农民暴动，有的还曾歼灭零星的法军部队。不过这些行动基本是地方性的，从未汇聚在一起，而战线的来回推移使得交战各方的士兵都成了农民的敌人。
即使在城市中，雅各宾派与法军的蜜月也未能长久延续。在6月被法军占领的教皇领地博洛尼亚和费拉拉，两年来镇压颠覆分子留下了深刻的反教会情绪。在博洛尼亚，最后一次处决就发生在法军到来前两个月。因此博洛尼亚的雅各宾派受到鼓舞，他们决心为自己的邦国起草一部独立的宪法，在当年余下的日子里，他们满心感激地为此忙碌着。最终的草案严格地以共和三年宪法为基础，这并不奇怪。但在米兰，躁动不安的激进派并没有获得这样的自由。5月底，他们成立仅两个星期的俱乐部被解散，只能在两个月后出现的“爱国社”中再次举行谨慎的聚会。9月，俱乐部经波拿巴批准后重建，不过名称被改为“文学与公共教育科学院”。但是，当它为召开志在使整个意大利获得新生的国民大会而展开活动，并采用有别于法国的红白绿三色徽时，法国再次进行抵制。无论是巴黎的督政府还是波拿巴本人，都对意大利的统一不感兴趣。11月，奥地利的新攻势可能会赶走法国人。在这种情形下，这家俱乐部准备在法军撤走时接管政权。有人组织了在市中心栽种自由树的集会，并以法律形式宣布伦巴第国家的独立。但奥地利人再度败北，法军的控制较以前有所加强，它粉碎了这场运动及发起该运动的俱乐部。
这时波拿巴意识到，漠视意大利人的这种理想就是背弃法国最可靠的给养源，如果可能的话，意大利爱国党人的能量应被利用而非排斥。基于这种考虑，当年秋天，他鼓励在博洛尼亚、费拉拉和摩德纳(这个公国也被法军攻占)被法国当局扶上台的人采取共同行动，以对抗地方保守势力的抵制。12月底，这些人的代表在雷焦举行会议，并宣布成立一个统一且不可分割的波河以南共和国(奇斯帕达纳共和国)，对此波拿巴并未提出异议。实际上，为了加快新国家的宪法起草，他还亲自参与。这部宪法最终于1797年3月27日公布。就这样，第一个意大利姊妹共和国诞生了，并得到了教皇的承认。根据2月的托伦蒂诺条约，这个国家很大程度上正是依靠教皇的让步才得以建立的。
看到这些进展，伦巴第的激进派的热情日甚一日，尽管波拿巴拒绝他们派代表参加雷焦会议。波河以南的人们采用的新三色徽以去年冬天米兰的三色徽为榜样，他们还建立国民卫队或“意大利军团”，为新的国家提供武装支持。在伦巴第人看来，所有这些都清晰地表达着同样的理想。根据新宪法于1797年4月举行的首次选举严格参照法国的模式，但选举结果也同样令人吃惊。由于教会的巨大影响，大量保守派当选。对此波拿巴也颇感意外。从2月以来，他一直忙于从阿尔卑斯山谷地向维也纳方向对奥地利人做最后的追击，所以无法控制意大利人第一次自由的意见表达。他抱怨说：“像伦巴第一样，波河以南共和国三四年内还需要一个临时政府，以便用这段时间削弱教士的影响力。否则，赋予自由就等于一事无成……不过……我的第一个步骤是合并伦巴第及波河以南共和国，建立一个单独的临时政府。”[10]这番话是5月1日写下的。几周之后(6月29日)，阿尔卑斯山南共和国建立，短命的波河以南共和国被并入其中。
在巴黎看来，此举就像是蓄意制造一个附属于个人的被保护国。这个将军以专横跋扈的姿态给这个国家制定宪法，整个夏天他都在显贵簇拥的蒙贝罗宫中颁布各种政令。所有这些都表明，他为这个目标早有预谋。但实际上，波拿巴的上述想法可能更多是无计划的，在他行动的每个阶段，战略上的考虑压倒一切。波河以南共和国是抵挡来自南方的攻击的缓冲带，它有可资利用的自然边界。在伦巴第还没有类似的战略行动，直到奥地利人被驱逐出曼图亚。这次行动之所以意义重大，是因为与威尼斯领地接壤的法国占领区的东部和北部边界纯粹是管区界限而没有任何战略价值。威尼斯在这场冲突中保持中立，但是，由于它横跨奥地利与意大利的主要联系通道，因此在整个战争期间，它的领地都是重要的战场。当波拿巴前往北方的莱奥本时，他在贯穿整个陆地的交通线沿线留驻了守军，但不久后方爆发了针对这些守军的激烈行动。4月17日，暴动达到**，维罗纳有400名法军被屠杀。作为回应，波拿巴向威尼斯总督和元老院发出令人毛骨悚然的威胁。不过，当奥地利人在莱奥本谈判中要求法国对他们在比利时和伦巴第的损失作出补偿时，这些骇人听闻的暴行成了绝佳的外交筹码。威尼斯将被交给哈布斯堡家族，但其边缘地带的一些土地应割让出来，以巩固法军在西部的征服成果。因此，当阿尔卑斯山南共和国于两个月后诞生时，它至少在东部已有一条连续的边界，即阿迪杰河一线。对此奥地利人表示接受，他们在10月的《康博福米奥条约》中获得了威尼斯的剩余土地。
在这种条件下，建立统一的意大利姊妹共和国便顺理成章了。另一种选择，即把被占领土并入法国，但这可能很难行得通，而且会激怒法国的意大利友人，看情形他们已经足够愤怒。意大利人希望按波河以南共和国的方式起草自己的宪法，但宪法是波拿巴给他们指定的。除了那些最温和的人士，所有人都被排除在新国家的权力部门之外。7月9日颁布的新宪法尽管规定的是选举制，但波拿巴下令，为使军事体制向宪政体制的过渡“免于混乱及震**”，他将在宪法实施的第一年中任命所有的行政及立法机构成员。该宪法只维持了14个月，共和国的寿命仅比它长7个月。在存在的那段岁月里，共和国成了一个笑柄，原因既在于法国人对其盟友的剥削(当法国人的征调开始时，一个瑞士官员抱怨说：“我们可不愿意变成山南人。”)[11]，也在于当时激进派的**。来自威尼斯、皮埃蒙特、教皇国和那不勒斯的雅各宾流亡者很快会聚到了米兰，他们一直为意大利共和国、出版自由、反教会和反贵族的立法躁动不安。在意大利时，波拿巴尚能果断处置这类行动。宪法没有关于俱乐部的明确条款。1797年11月，人们仿照果月之后的法国成立宪政协会，于是数天之后，俱乐部就被当作“无政府主义者”的温床封闭了。一个月后，当波拿巴离开时，俱乐部重新开放，但这时它已成为波拿巴所担心的各种观点和言论的宣传工具。米兰的雅各宾派梦想着意大利的共和二年以扫除一切障碍，这一点再清楚不过了。一个热心的妇女甚至声称，谁要能提着教皇的头自己就嫁给谁。法国强加给这个最年轻的姊妹共和国的条款步步都在为自己盘算。1798年2月，双方签署同盟条约。条约规定2.5万法军将驻扎在这个共和国，并由共和国承担费用。条约还规定，共和国自身应征召并维持一支2.2万人的部队，而这除非采用必定会招致民怨的征兵制，否则根本不可能实现。法国货物享受优惠关税，而英国货物则被完全禁止。如果考虑到这个共和国是法国的创造品，并且它的生存完全仰赖于法国，这样的条款也许不是那么不堪忍受，但在很多人的意识中，这样的条款让人难以接受。米兰和其他城市的俱乐部谴责这一条约，而立法机构则拒绝批准。最终它们还是让步了，不过让步并非发生在巴黎的命令发出之前，当时阿尔卑斯山南共和国的大使曾在巴黎暗示“山南的果月”。于是，在1798年4月，这个共和国的议会和行政机构被清洗，大部分波拿巴任命的保守派被排除(这让他大为光火)，得势的是那些更同情俱乐部中的激进派人士。
统一意大利的呼声再度高涨。由于各个孤立的姊妹共和国散布在整个半岛，统一的问题便更加紧迫了。古老的城市共和国热那亚难以抵挡法国的势力。1797年6月，在热那亚爱国党人和他们的法国伙伴的起义被镇压之后，这个国家被改为利古里亚共和国。新共和国的宪法就地起草，并在12月的全民公决中通过，这与阿尔卑斯山南共和国的经历恰成对比。同月月底，罗马的一场骚乱造成一个法国将军意外死亡。惊恐万状的法国大使、波拿巴的哥哥约瑟夫逃往佛罗伦萨。果月政变以后，法国的督政府再次涌起反教权主义情绪，下令入侵托伦蒂诺条约留给教皇国的那点残山剩水。因为教皇没有军队，1798年2月10日，法军未经抵抗即占领罗马。5天之后，一小批雅各宾派宣布成立罗马共和国，但这些人并非罗马本地人，而是来自北方各姊妹共和国的冒险家。法军指挥官当即承认这个共和国，教皇被流放。但是，直到一场群众起义，即所谓“罗马晚祷起义”于2月25日被镇压之后，这个新国家才算稳定下来。在这里当然不可能由当地意大利人起草自己的宪法，巴黎派来了一个法学家委员会。他们设计了一个充斥着罗马术语的结构，如执政官、元老院和保民官，但其体制是现代的、巴黎式的。像山南的宪法一样，宪法实施的第一年也是任命而非选举官员。没有法国司令官的许可，任何事情都不能通过。此外，这位司令官还有权制定任何他认为合适的法律。这一规定最为露骨地表明，意大利各新生共和国的存在首先是为了伟大的法兰西民族的方便。
这一点突出体现在姊妹共和国星群中的迟来者的待遇方面。热那亚人是传统的国际银行家，利古里亚共和国被视为这一角色的继承人，于是法国对它的第一个要求是贷款80万法郎。当议会拒绝这个要求后，法国大使策划了一次政变(1798年8月31日)，清除了主要的反对者。当米兰的**仍在持续，而且受到4月清洗之后掌权的激进派的鼓励时，巴黎再次向其代理人施加压力，要求他们维护自己的权威。1798年6月，一位新大使被告知，阿尔卑斯山南共和国的目的是“完全服务于法兰西共和国的利益，帮助它成为整个半岛的所有政治纷争的仲裁者。阿尔卑斯山南共和国必须强大到对我们有用，但绝不可强大到对我们有害”。[12]因此，一些更为保守的、敌视意大利统一观念的人士应该上台。于是有人提出了一部以罗马共和国宪法为范本的新宪法，它将选举权严格局限在纳税最高者的范围之内。布吕恩将军被责令以武力确保宪法的实行，但这违背了他的意愿，于是他事先透露了宪法的内容，米兰和巴黎顿时开了锅，在巴黎，重新抬头的雅各宾派担心这部宪法是在为法国的宪政改革做实验。尽管如此，宪法还是于8月30日通过，布吕恩被责令确保这一变更在初选大会中获得批准。但是，他获得认可的行动是从政府中大量驱逐温和派。这是在蓄意违抗巴黎的命令，实际上也是阿尔卑斯山南共和国在一年之内的第三次政变。他被召回在所难免，而第四次政变也接踵而至，8月30日的宪法最终确立下来，12月，雅各宾派再次被驱逐。这一次的反响变弱了，因为第二次反法联盟战争已经开始，它的结局左右着所有姊妹共和国的命运。
实际上，最初的枪声在意大利响起。11月12日，那不勒斯军队入侵罗马共和国，两周之内占领它的都城，并受到激动的群众的欢迎，因为共和国十个月来的反宗教暴行让他们深感憎恶。在这段时间里，教堂被洗劫，宗教兄弟会被解散，新的修道立誓被禁止，很多宗教机构被关闭。在一个以宗教和旅游为唯一资源、成群的穷人依赖教士施舍的国家，这些改革无疑是灾难性的。新政府的纸币几乎刚一发行就开始暴跌，于是困难进一步加剧。几周之后，重整旗鼓的法军发动反攻，将入侵者赶回那不勒斯，更糟糕的情况发生了。再次露面的罗马雅各宾派比以前更为好战，他们禁止任何公开的宗教活动，限制宗教圣职的授任，并进行强制借款。法国人的敲诈也加强了，其总价值可能达7000万。
这种统治模式已经没有时间推广到最后也是最短命的姊妹共和国，即尚皮奥内于1799年1月26日在那不勒斯宣布成立的那不勒斯共和国。这时法国的督政官们已不再需要这样的卫星国了。由于奥地利人和俄国人准备进军瑞士和意大利，法军的战线已经拉得很长，风险很大，因此贫穷而遥远的那不勒斯王国的战略价值很有限。尚皮奥内了解这一点，在费迪南德四世的军队逃跑之后，他很满足于签订停战协定，该协定规定他占领北方各省，但不包括那不勒斯城——这个意大利首屈一指的最大城市。他的全部要求是应防止纳尔逊及其英国的分舰队登陆。但是惊慌失措的国王和王后放弃了那不勒斯，与纳尔逊一起渡海前往西西里。这时那不勒斯激动暴躁的穷人，即臭名昭著的拉扎罗尼，拿起武器开始对抗法国人。整个城市陷入混乱，最后贵族被私刑处死，王宫也被洗劫一空。自从俱乐部于1795年瓦解，这个城市的雅各宾派经历了三年谨慎而默默无闻的蛰伏期，如今他们再度兴起，并呼吁尚皮奥内介入那不勒斯的局势。尚皮奥内无法抗拒这一赶超波拿巴的良机，但是，当那不勒斯共和国的蓝、红、黄三色旗终于在该城上空飘扬时，1000名法军和3000名拉扎罗尼人为此送命或受伤。雅各宾派临时政府着手起草宪法，但一个致力于“公共教育”的俱乐部拟订了一系列乌托邦改革方案。然而，当尚皮奥内以十足的波拿巴风格驱逐一名批评他的文职特派员之后，他失去了信任并被召回。他的离职是督政府时期文官对武官的最后一次胜利，但这次胜利未能坚持到底，因为军事法庭在6月宣布尚皮奥内无罪。然而，他在南意大利创立的共和国此时已经消失，俄国人到达了伦巴第。为了防止被分割包围，那不勒斯的新任法军司令麦克唐纳放弃该城向北急行军。他的合作者唯一可以依靠的兵力是驻守在各要塞中的100名法军。这支力量足够控制拉扎罗尼，但它肯定不能与正在向那不勒斯进发的南方保王党部队匹敌，这支“基督教神圣信仰军”的领导人是好战的教会王公卢佛枢机主教。
卢佛是卡拉布里亚人，曾服务于教廷，但在那不勒斯宫廷更受优待。在与王室一起逃往西西里的船上，他主动请缨，要赶在法国人到达之前让自己的家乡举起义旗。费迪南德四世觉得自己已没有可失去的东西，于是答应了他的请求。2月7日，卢佛和他的少数随从举着绘有十字架和王室徽章的旗帜在卡拉布里亚登陆。数周之内，他的追随者发展成为一支总数1.7万人的军队，并控制了整个意大利西南角。不久，邻近的阿普亚和巴西利卡塔省也落入他们手中。卢佛的策略是有针对性地利用社会对抗情绪，因为这个地区刚刚遭受自然灾害，人口过剩、贫困现象十分严重，而且不堪间接税和封建捐税的重压。他宣布废除间接税和封建捐税，而那不勒斯的雅各宾派只是在玩弄观念，于是人们得出这样的推论：法国人和他们的朋友代表的是富人及有权势者。他还激发农民对城市根深蒂固的反感，因为他知道，虽然不是所有城里人都是雅各宾派，但所有雅各宾派都是城里人。像所有地方一样，政治标签与当地长期存在的数不清的对抗和旧仇宿怨紧密相连，并为继续这些对抗和仇怨提供了依据。“神圣信仰”军的行动是一场农民的反叛，如果在其他情况下，它很容易成为反对波旁政府的斗争。像其他叛乱一样，它也是混乱无序的，其动机和影响主要局限于当地。卡拉布里亚的法律和秩序数十年未能恢复。尽管如此，还是有很多叛乱者准备和卢佛一起向防御空虚的那不勒斯进军。6月13日他们到达那里，同日英国舰队从海上威胁该城。随后的一个星期是混乱的围城战和无政府状态。失控的暴行让卢佛深感恐惧，他记载说：“老百姓，以及前来为国王作战的很多非法之徒……肆无忌惮地抢劫。所有体面人都逃离了这个国家。我们老实一点的士兵会站在门口制止抢劫，但起不到作用。抢劫往往以雅各宾为借口——但这是抢劫者的说法，实际上，他们常常为了打劫而称呼有钱人是雅各宾派。我发现小地方也是这样。他们一边高喊‘国王万岁’，一边啥都敢做，不用担心惩罚。”[13]