前海军医生彼得·克兰接到一项紧急召唤，赶赴大西洋上的一个遥远的石油钻井平台，参与对那里流行的一种怪病的诊断和调查。可当克兰到达那里之后，才得知真正的疫情来自于幽深水下的名为“深海风暴”的尖端科学研究站，这个研究站建在两英里深水下的海床上，属于美国军方所有。建造这个绝密的研究机构的目的是：对最新发现的远古遗址进行发掘，以找到神秘莫测的亚特兰蒂斯文明存在的证据。在宣誓保守秘密之后，克兰医生进入了“深海风暴”研究站。此时的研究站正受到一连串怪病的袭扰，在这里的科研人员和工人们中间，发生了一系列的怪病——从简单的疲劳症一直到严重的精神疾患都有。信心十足的克兰满以为自己能够顺利地开展疫情调查工作，可从一开始他就发觉障碍不断，研究站上无处不在的保密氛围使他难以施展手脚，军方情报官员的干扰和掣肘更是使他怒不可遏……孤立无援的克兰只好把他的疑问和烦恼向他的引路人——研究站首席科学家霍华德？阿舍诉说和求助，然而阿舍也有自己的苦衷。一次偶然的科学实验推翻了人们对海底遗址是亚特兰蒂斯文明的美好期盼，进一步的调查加上发掘工作中发生的严重事故，又使阿舍从发掘工程的鼓吹者变成了一个理性的怀疑论者。但是军方却一意孤